More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2278 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 256 aa  520  1e-146  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2218  short chain dehydrogenase  59.51 
 
 		 268 aa  275  5e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.43112  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1233  short chain dehydrogenase  55.38 
 
 		 255 aa  271  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.320103  hitchhiker  0.0000168053 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1087  short chain dehydrogenase  54.58 
 
 		 255 aa  260  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.717683  hitchhiker  0.0000440763 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2521  short chain dehydrogenase  55.34 
 
 		 258 aa  251  6e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2311  short chain dehydrogenase  53.91 
 
 		 256 aa  249  4e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0239566 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.22 
 
 		 258 aa  248  9e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.435519  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0643  short chain dehydrogenase  53.52 
 
 		 263 aa  247  1e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4344  short chain dehydrogenase  53.25 
 
 		 250 aa  244  9e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.866495 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0783  short chain dehydrogenase  50.2 
 
 		 254 aa  238  6.999999999999999e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.36858  normal  0.0521945 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1559  dehydrogenase  49.8 
 
 		 259 aa  237  1e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.639568  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2736  short chain dehydrogenase  52.92 
 
 		 257 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.654094  normal  0.0783581 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1075  short chain dehydrogenase  52.92 
 
 		 266 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2858  short chain dehydrogenase  53.23 
 
 		 286 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.301146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3920  short chain dehydrogenase  51.17 
 
 		 257 aa  234  1.0000000000000001e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2588  short chain dehydrogenase  47.18 
 
 		 264 aa  232  5e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2912  short chain dehydrogenase  51.44 
 
 		 261 aa  229  4e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.07408 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1974  short chain dehydrogenase  47.58 
 
 		 256 aa  229  4e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.98 
 
 		 264 aa  221  7e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.501804 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0691  short chain dehydrogenase  47.18 
 
 		 331 aa  218  5e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.57593  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0700  short chain dehydrogenase  47.18 
 
 		 251 aa  218  1e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0792  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.01 
 
 		 258 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0415559 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0046  short chain dehydrogenase  46.09 
 
 		 272 aa  192  5e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0156  short chain dehydrogenase  46.3 
 
 		 267 aa  192  6e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0049  short chain dehydrogenase  45.7 
 
 		 272 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.307047 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0182  short chain dehydrogenase  45.17 
 
 		 266 aa  187  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.98 
 
 		 247 aa  185  6e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 		 255 aa  181  1e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0742579  normal  0.257249 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0225  short chain dehydrogenase  41.96 
 
 		 277 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.839345  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0103  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.44 
 
 		 270 aa  174  9.999999999999999e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000861363 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 		 290 aa  172  5.999999999999999e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02487  pteridine reductase  42.91 
 
 		 249 aa  172  5.999999999999999e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.19 
 
 		 255 aa  170  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0552  putative oxidoreductase protein  42.62 
 
 		 259 aa  166  4e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.404038 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.47 
 
 		 273 aa  166  5e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195877 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 		 264 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1995  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.76 
 
 		 273 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 		 255 aa  162  4.0000000000000004e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.41021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 		 261 aa  162  5.0000000000000005e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2894  short chain dehydrogenase  42.04 
 
 		 276 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0656517 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1649  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 		 254 aa  161  8.000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0496  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 		 261 aa  160  1e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0473977 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 		 262 aa  160  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.541973  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3732  short chain dehydrogenase  40.41 
 
 		 272 aa  156  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00386128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0229  pteridine reductase  37.96 
 
 		 250 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.597283 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0204  short chain dehydrogenase  40 
 
 		 272 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2701  pteridine reductase  39.27 
 
 		 246 aa  153  2e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.685419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.88 
 
 		 241 aa  151  8e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.68 
 
 		 253 aa  150  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.443115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.34 
 
 		 252 aa  149  6e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.981045  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.17 
 
 		 253 aa  146  3e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.317588 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2919  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.33 
 
 		 237 aa  145  6e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0336  pteridine reductase  38.96 
 
 		 246 aa  144  1e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.08 
 
 		 253 aa  144  1e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.538738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0328  pteridine reductase  40.08 
 
 		 252 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 		 264 aa  140  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.67622  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2986  pteridine reductase  38.75 
 
 		 251 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 		 242 aa  137  1e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.605305  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.85 
 
 		 248 aa  135  6.0000000000000005e-31  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.175608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.54 
 
 		 247 aa  133  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0129  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  36.29 
 
 		 246 aa  132  5e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.933318  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 		 246 aa  132  5e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000612243 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 		 246 aa  130  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0800  pteridine reductase  37.65 
 
 		 245 aa  129  4.0000000000000003e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0711  pteridine reductase  37.65 
 
 		 245 aa  129  6e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04308  pteridine reductase  39.92 
 
 		 260 aa  126  3e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0195  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.97 
 
 		 231 aa  125  9e-28  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.02 
 
 		 267 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1479  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.02 
 
 		 267 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1548  pteridine reductase 1  39.02 
 
 		 267 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.888486  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0063  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.02 
 
 		 267 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.233488  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1195  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.02 
 
 		 267 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.350594  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0052  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.02 
 
 		 267 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.62 
 
 		 263 aa  124  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0132  putative dehydrogenase with different specificities (related to short-chain alcohol dehydrogenase)  35.71 
 
 		 231 aa  123  3e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 		 246 aa  123  3e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0726  pteridine reductase  34.27 
 
 		 246 aa  122  5e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.52 
 
 		 267 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0050  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.75 
 
 		 267 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 		 267 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.53578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3430  pteridine reductase  38.15 
 
 		 245 aa  119  3e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.425485  decreased coverage  0.00917749 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0696  pteridine reductase  36.29 
 
 		 255 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.454716  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 		 267 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.214741  normal  0.199786 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.44 
 
 		 245 aa  118  9e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00032435  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.22 
 
 		 267 aa  118  9e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0548217  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.52 
 
 		 267 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.16 
 
 		 256 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.224395  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.16 
 
 		 256 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.94 
 
 		 255 aa  116  3e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.09 
 
 		 267 aa  115  5e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.616892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 256 aa  115  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.367673  normal  0.166116 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 		 254 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.15 
 
 		 237 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.324662 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2951  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 		 254 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.162076 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1710  Dehydrogenase-like protein  39.55 
 
 		 251 aa  112  4.0000000000000004e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0470  enoyl-(acyl carrier protein) reductase  33.2 
 
 		 249 aa  112  5e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000863447  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1369  pteridine reductase  31.1 
 
 		 267 aa  111  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000175176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.08 
 
 		 254 aa  111  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.818797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3561  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.34 
 
 		 233 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.888825  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.12 
 
 		 257 aa  110  3e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.129082  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>