More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1693 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_1693  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  100 
 
 
298 aa  611  9.999999999999999e-175  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.199349 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2297  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  59.86 
 
 
305 aa  323  2e-87  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000241193  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1717  RNA polymerase factor sigma-32  56.84 
 
 
293 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4806  RNA polymerase factor sigma-32  56.84 
 
 
293 aa  306  3e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0484047  hitchhiker  0.000291044 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4142  RNA polymerase factor sigma-32  58.57 
 
 
287 aa  306  3e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000322567  normal  0.133894 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3813  RNA polymerase factor sigma-32  58.21 
 
 
287 aa  305  9.000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.674997  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3380  RNA polymerase factor sigma-32  54.87 
 
 
284 aa  296  2e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0000950238  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4270  RNA polymerase factor sigma-32  53.05 
 
 
285 aa  291  8e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3111  RNA polymerase factor sigma-32  53.29 
 
 
288 aa  291  1e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.58748  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0126  RNA polymerase factor sigma-32  55.11 
 
 
303 aa  286  2.9999999999999996e-76  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1137  RNA polymerase factor sigma-32  53.9 
 
 
311 aa  284  1.0000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1701  RNA polymerase factor sigma-32  52.94 
 
 
311 aa  282  6.000000000000001e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000437901  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3709  RNA polymerase factor sigma-32  57.97 
 
 
291 aa  280  2e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.126139 
 
 
-
 
NC_004310  BR1763  RNA polymerase factor sigma-32  52.6 
 
 
311 aa  279  5e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00750009  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4338  RNA polymerase factor sigma-32  57.3 
 
 
290 aa  275  7e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.239407  normal  0.531435 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3881  RNA polymerase factor sigma-32  57.97 
 
 
290 aa  272  5.000000000000001e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.382692  normal  0.0609598 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4191  RNA polymerase factor sigma-32  57.97 
 
 
290 aa  272  5.000000000000001e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.262321  normal  0.154969 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0456  RNA polymerase factor sigma-32  50.18 
 
 
292 aa  263  3e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.369824  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  45.12 
 
 
300 aa  253  2.0000000000000002e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2978  RNA polymerase factor sigma-32  49.64 
 
 
293 aa  251  1e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.88 
 
 
340 aa  249  3e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  45.42 
 
 
299 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  46.13 
 
 
295 aa  246  4.9999999999999997e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0906  RNA polymerase factor sigma-32  47.45 
 
 
292 aa  245  6e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0482  RNA polymerase factor sigma-32  48.34 
 
 
292 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540946  normal  0.173001 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  48.31 
 
 
299 aa  243  3e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  45.07 
 
 
299 aa  242  3.9999999999999997e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0601  RNA polymerase factor sigma-32  47.97 
 
 
292 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.907617  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2254  RNA polymerase factor sigma-32  47.97 
 
 
292 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.142039  normal  0.411948 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  46.35 
 
 
295 aa  240  2e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  44.37 
 
 
299 aa  239  5e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  44.01 
 
 
299 aa  238  9e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  43.66 
 
 
299 aa  238  9e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  45.49 
 
 
300 aa  238  1e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  43.66 
 
 
299 aa  236  3e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  44.49 
 
 
301 aa  236  5.0000000000000005e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  43.21 
 
 
301 aa  234  2.0000000000000002e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  43.31 
 
 
299 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.48 
 
 
303 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  42.7 
 
 
298 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  42.7 
 
 
298 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  44.48 
 
 
303 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  44.44 
 
 
296 aa  232  6e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  45.93 
 
 
308 aa  231  9e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  44.13 
 
 
303 aa  230  2e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  43.91 
 
 
299 aa  230  2e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.19 
 
 
299 aa  230  3e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  45.19 
 
 
297 aa  229  3e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  43.16 
 
 
303 aa  229  4e-59  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  42.65 
 
 
298 aa  229  6e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  45.19 
 
 
297 aa  227  1e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  43.33 
 
 
295 aa  228  1e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  43.77 
 
 
303 aa  227  2e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  45.19 
 
 
297 aa  227  2e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  44.07 
 
 
296 aa  226  3e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  44.81 
 
 
297 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  44.07 
 
 
296 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  44.81 
 
 
301 aa  225  6e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  41.55 
 
 
298 aa  224  1e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  44.44 
 
 
306 aa  224  2e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  43.7 
 
 
302 aa  223  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  43.7 
 
 
302 aa  223  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  43.7 
 
 
300 aa  223  4e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  40.71 
 
 
298 aa  221  9.999999999999999e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  39.93 
 
 
299 aa  216  5e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  39.1 
 
 
300 aa  211  2e-53  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.42 
 
 
290 aa  209  5e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  37.17 
 
 
297 aa  202  4e-51  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  38.52 
 
 
297 aa  200  3e-50  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  40.15 
 
 
286 aa  193  4e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0570  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.48 
 
 
291 aa  191  2e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0341  RNA polymerase sigma-32 factor  39.85 
 
 
288 aa  187  1e-46  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788591  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0197  sigma 32 (RpoH)  43.28 
 
 
329 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0161  RNA polymerase factor sigma-32  37.87 
 
 
285 aa  184  1.0000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  39.11 
 
 
281 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  35.02 
 
 
285 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  37.93 
 
 
299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4379  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.93 
 
 
313 aa  183  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.202105  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3542  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  38.65 
 
 
313 aa  183  3e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000381173 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2370  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  38.52 
 
 
286 aa  183  3e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.228679  hitchhiker  0.0000736942 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2750  RNA polymerase sigma-32 factor  38.52 
 
 
286 aa  183  3e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  38.32 
 
 
283 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0292  RNA polymerase factor sigma-32  34.16 
 
 
285 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000107182  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3771  RNA polymerase factor sigma-32  34.75 
 
 
285 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000120601  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3844  RNA polymerase factor sigma-32  34.75 
 
 
285 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000172859  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3969  RNA polymerase factor sigma-32  34.75 
 
 
285 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000340759  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  36.59 
 
 
307 aa  182  5.0000000000000004e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1935  RpoH  38.49 
 
 
287 aa  182  7e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4583  RNA polymerase factor sigma-32  34.75 
 
 
285 aa  181  1e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0207  RNA polymerase factor sigma-32  37.63 
 
 
341 aa  180  2e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00507389  hitchhiker  0.000595744 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0227  RNA polymerase factor sigma-32  37.63 
 
 
287 aa  181  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0140317  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1525  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.12 
 
 
326 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3603  RNA polymerase factor sigma-32  33.7 
 
 
285 aa  180  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000309877  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0573  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  38.71 
 
 
285 aa  181  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000689788  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0356  RNA polymerase factor sigma-32  37.41 
 
 
372 aa  180  2.9999999999999997e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000321506  hitchhiker  0.000547654 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  38.6 
 
 
300 aa  179  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  38.15 
 
 
281 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  38.6 
 
 
300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1197  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  38.6 
 
 
300 aa  179  4e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  38.08 
 
 
279 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>