More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4270 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_4270  RNA polymerase factor sigma-32  100 
 
 
285 aa  581  1.0000000000000001e-165  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3813  RNA polymerase factor sigma-32  75.44 
 
 
287 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.674997  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4142  RNA polymerase factor sigma-32  75.09 
 
 
287 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000322567  normal  0.133894 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3111  RNA polymerase factor sigma-32  72.28 
 
 
288 aa  426  1e-118  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.58748  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4806  RNA polymerase factor sigma-32  64.86 
 
 
293 aa  358  6e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0484047  hitchhiker  0.000291044 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1717  RNA polymerase factor sigma-32  64.86 
 
 
293 aa  358  6e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1701  RNA polymerase factor sigma-32  65.69 
 
 
311 aa  357  9.999999999999999e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000437901  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1763  RNA polymerase factor sigma-32  65.69 
 
 
311 aa  356  1.9999999999999998e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00750009  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1137  RNA polymerase factor sigma-32  64.34 
 
 
311 aa  356  1.9999999999999998e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3380  RNA polymerase factor sigma-32  61.87 
 
 
284 aa  352  5e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0000950238  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0126  RNA polymerase factor sigma-32  61.82 
 
 
303 aa  343  2e-93  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4338  RNA polymerase factor sigma-32  61.87 
 
 
290 aa  324  1e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.239407  normal  0.531435 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4191  RNA polymerase factor sigma-32  62.18 
 
 
290 aa  322  3e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.262321  normal  0.154969 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3881  RNA polymerase factor sigma-32  62.18 
 
 
290 aa  322  3e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.382692  normal  0.0609598 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3709  RNA polymerase factor sigma-32  61.68 
 
 
291 aa  317  2e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.126139 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1693  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  53.05 
 
 
298 aa  291  7e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.199349 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2297  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  52.81 
 
 
305 aa  271  1e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000241193  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  49.81 
 
 
303 aa  235  6e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  47.15 
 
 
340 aa  233  3e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0906  RNA polymerase factor sigma-32  46.74 
 
 
292 aa  233  3e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0482  RNA polymerase factor sigma-32  47.08 
 
 
292 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540946  normal  0.173001 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0456  RNA polymerase factor sigma-32  46.86 
 
 
292 aa  229  4e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.369824  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0601  RNA polymerase factor sigma-32  46.35 
 
 
292 aa  228  6e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.907617  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2254  RNA polymerase factor sigma-32  46.35 
 
 
292 aa  228  6e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.142039  normal  0.411948 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2978  RNA polymerase factor sigma-32  44.95 
 
 
293 aa  228  7e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  46.47 
 
 
300 aa  228  8e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  47.17 
 
 
295 aa  224  9e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  45.17 
 
 
299 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  48.03 
 
 
303 aa  223  3e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.56 
 
 
299 aa  222  4e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  44.79 
 
 
297 aa  221  9e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  44.4 
 
 
299 aa  221  9e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  47.64 
 
 
303 aa  221  1.9999999999999999e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  46.79 
 
 
301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  45.42 
 
 
297 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  44.4 
 
 
299 aa  219  3e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  45.42 
 
 
297 aa  219  3e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  45.28 
 
 
295 aa  220  3e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  46.56 
 
 
300 aa  219  3.9999999999999997e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  45.42 
 
 
297 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  44.4 
 
 
296 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.8 
 
 
303 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  45.56 
 
 
308 aa  219  3.9999999999999997e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  44.4 
 
 
296 aa  219  5e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  46.95 
 
 
302 aa  219  5e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  44.02 
 
 
299 aa  218  6e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  44.02 
 
 
299 aa  218  7e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  44.66 
 
 
299 aa  218  8.999999999999998e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  47.24 
 
 
303 aa  217  2e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  46.56 
 
 
302 aa  217  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  45 
 
 
296 aa  214  9e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  44.66 
 
 
299 aa  214  9.999999999999999e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  44.11 
 
 
300 aa  212  4.9999999999999996e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  44.15 
 
 
301 aa  211  7.999999999999999e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  44.79 
 
 
299 aa  211  9e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  44.62 
 
 
295 aa  211  1e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  43.89 
 
 
298 aa  209  3e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  43.89 
 
 
298 aa  209  3e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  44.02 
 
 
298 aa  207  1e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  43.94 
 
 
299 aa  207  2e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  43.3 
 
 
299 aa  204  2e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  44.78 
 
 
306 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  43.08 
 
 
301 aa  199  5e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  43.13 
 
 
298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  40.93 
 
 
298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.15 
 
 
290 aa  188  1e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  40.68 
 
 
281 aa  180  2e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  37.41 
 
 
286 aa  179  4e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  40.86 
 
 
283 aa  179  4e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  38.61 
 
 
300 aa  179  5.999999999999999e-44  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1525  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.92 
 
 
326 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3666  RNA polymerase factor sigma-32  40 
 
 
291 aa  178  7e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  37.36 
 
 
297 aa  178  9e-44  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  37.21 
 
 
297 aa  177  1e-43  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0197  sigma 32 (RpoH)  40.67 
 
 
329 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  37.4 
 
 
307 aa  178  1e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0486  RNA polymerase factor sigma-32  38.89 
 
 
311 aa  178  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3138  RNA polymerase factor sigma-32  39.18 
 
 
311 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1481  RNA polymerase factor sigma-32  39.18 
 
 
311 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0731  RNA polymerase factor sigma-32  39.18 
 
 
311 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0988064  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2909  RNA polymerase factor sigma-32  39.18 
 
 
311 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2733  RNA polymerase factor sigma-32  38.52 
 
 
311 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.328689  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0547  RNA polymerase factor sigma-32  39.18 
 
 
311 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.118318  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0107  RNA polymerase factor sigma-32  39.18 
 
 
311 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.811048  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2875  RNA polymerase factor sigma-32  38.52 
 
 
311 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0563  RNA polymerase factor sigma-32  39.18 
 
 
311 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1935  RpoH  38.64 
 
 
287 aa  176  4e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00277  RNA polymerase factor sigma-32  36.26 
 
 
285 aa  176  5e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2662  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40 
 
 
285 aa  176  5e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148114 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0456  RNA polymerase factor sigma-32  39.18 
 
 
311 aa  175  6e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002141  RNA polymerase sigma factor RpoH  36.26 
 
 
285 aa  175  8e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000181562  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0325  RNA polymerase factor sigma-32  39.39 
 
 
309 aa  175  9e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4062  RNA polymerase factor sigma-32  38.38 
 
 
285 aa  174  9.999999999999999e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3894  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  37.63 
 
 
313 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6145  RNA polymerase factor sigma-32  37.97 
 
 
311 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03711  RNA polymerase factor sigma-32  37.79 
 
 
282 aa  173  1.9999999999999998e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  36.79 
 
 
285 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  40.23 
 
 
281 aa  173  2.9999999999999996e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1545  RNA polymerase factor sigma-32  37.59 
 
 
280 aa  173  3.9999999999999995e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.197254  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2815  RNA polymerase factor sigma-32  38.15 
 
 
311 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>