More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_4191 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_3881  RNA polymerase factor sigma-32  100 
 
 
290 aa  574  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.382692  normal  0.0609598 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4191  RNA polymerase factor sigma-32  100 
 
 
290 aa  574  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.262321  normal  0.154969 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4338  RNA polymerase factor sigma-32  98.28 
 
 
290 aa  568  1e-161  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.239407  normal  0.531435 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4806  RNA polymerase factor sigma-32  88.15 
 
 
293 aa  508  1e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0484047  hitchhiker  0.000291044 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1717  RNA polymerase factor sigma-32  88.46 
 
 
293 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3709  RNA polymerase factor sigma-32  91 
 
 
291 aa  494  1e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.126139 
 
 
-
 
NC_004310  BR1763  RNA polymerase factor sigma-32  64.47 
 
 
311 aa  365  1e-100  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00750009  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1137  RNA polymerase factor sigma-32  65.2 
 
 
311 aa  365  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3380  RNA polymerase factor sigma-32  64.26 
 
 
284 aa  363  1e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0000950238  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1701  RNA polymerase factor sigma-32  64.47 
 
 
311 aa  363  2e-99  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000437901  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3813  RNA polymerase factor sigma-32  65.09 
 
 
287 aa  355  3.9999999999999996e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.674997  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3111  RNA polymerase factor sigma-32  64.06 
 
 
288 aa  355  5e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.58748  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4142  RNA polymerase factor sigma-32  65.09 
 
 
287 aa  355  5.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000322567  normal  0.133894 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4270  RNA polymerase factor sigma-32  62.18 
 
 
285 aa  345  3e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0126  RNA polymerase factor sigma-32  60.22 
 
 
303 aa  331  1e-89  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1693  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  57.97 
 
 
298 aa  295  5e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.199349 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2297  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  56.52 
 
 
305 aa  293  2e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000241193  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0482  RNA polymerase factor sigma-32  50.56 
 
 
292 aa  251  7e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540946  normal  0.173001 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2978  RNA polymerase factor sigma-32  50.56 
 
 
293 aa  249  3e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0601  RNA polymerase factor sigma-32  50.19 
 
 
292 aa  249  5e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.907617  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2254  RNA polymerase factor sigma-32  50.19 
 
 
292 aa  249  5e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.142039  normal  0.411948 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0906  RNA polymerase factor sigma-32  48.33 
 
 
292 aa  247  1e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0456  RNA polymerase factor sigma-32  50.18 
 
 
292 aa  247  1e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.369824  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.69 
 
 
340 aa  241  1e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  44.64 
 
 
295 aa  237  2e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  46.57 
 
 
297 aa  237  2e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  47.92 
 
 
300 aa  236  3e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  47.51 
 
 
295 aa  236  3e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  48.65 
 
 
306 aa  236  4e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  44.4 
 
 
296 aa  233  2.0000000000000002e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  46.21 
 
 
297 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  48.65 
 
 
303 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  48.26 
 
 
296 aa  232  6e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  48.26 
 
 
296 aa  231  7.000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  46.21 
 
 
297 aa  232  7.000000000000001e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  46.21 
 
 
297 aa  231  8.000000000000001e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  46.99 
 
 
299 aa  231  1e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  44.57 
 
 
295 aa  231  1e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  48.65 
 
 
299 aa  227  2e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  44.89 
 
 
298 aa  226  4e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  44.89 
 
 
298 aa  226  4e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  46.15 
 
 
301 aa  224  1e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  43.64 
 
 
299 aa  224  1e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  43.64 
 
 
298 aa  224  2e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  45.38 
 
 
300 aa  223  4e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  46.25 
 
 
303 aa  221  8e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  43.48 
 
 
303 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  44.24 
 
 
298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  46.25 
 
 
303 aa  219  3.9999999999999997e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  45.95 
 
 
301 aa  219  5e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  45.45 
 
 
302 aa  217  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  45.17 
 
 
299 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  45.56 
 
 
308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  45.85 
 
 
303 aa  215  5e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  46.72 
 
 
300 aa  216  5e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  45.56 
 
 
299 aa  215  9e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  45.09 
 
 
302 aa  214  9e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  44.36 
 
 
301 aa  214  9.999999999999999e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  43.38 
 
 
298 aa  213  1.9999999999999998e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  44.4 
 
 
299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  44.4 
 
 
299 aa  212  7e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  45.63 
 
 
299 aa  212  7e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  43.46 
 
 
299 aa  211  7.999999999999999e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  44.02 
 
 
299 aa  210  2e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.79 
 
 
290 aa  207  2e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  43.77 
 
 
299 aa  206  3e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  37.17 
 
 
297 aa  198  9e-50  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  40 
 
 
307 aa  194  2e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  40.89 
 
 
307 aa  193  3e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0570  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.33 
 
 
291 aa  192  7e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  40.52 
 
 
307 aa  190  2e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.52 
 
 
307 aa  190  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2134  sigma 32 (RpoH)  38.81 
 
 
283 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000728638  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1197  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  39.42 
 
 
300 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0858  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  41.64 
 
 
350 aa  187  2e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000347952  normal  0.310936 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2515  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  41.24 
 
 
389 aa  186  3e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.244142  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  39.42 
 
 
300 aa  186  3e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1935  RpoH  39.64 
 
 
287 aa  186  3e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.42 
 
 
300 aa  187  3e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  40.3 
 
 
281 aa  186  4e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  38.99 
 
 
299 aa  186  6e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0486  RNA polymerase factor sigma-32  40.15 
 
 
311 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2302  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.89 
 
 
287 aa  182  4.0000000000000006e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.962406  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6145  RNA polymerase factor sigma-32  39.78 
 
 
311 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  37.12 
 
 
300 aa  182  7e-45  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2875  RNA polymerase factor sigma-32  40.22 
 
 
311 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2733  RNA polymerase factor sigma-32  40.22 
 
 
311 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.328689  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  39.16 
 
 
286 aa  181  9.000000000000001e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  40.36 
 
 
283 aa  181  1e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2826  RNA polymerase factor sigma-32  39.78 
 
 
311 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00277  RNA polymerase factor sigma-32  38.75 
 
 
285 aa  180  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0197  sigma 32 (RpoH)  41.95 
 
 
329 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2201  RNA polymerase factor sigma-32  39.78 
 
 
311 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.66943  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3948  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  37.09 
 
 
289 aa  180  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00908242  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1545  RNA polymerase factor sigma-32  39.11 
 
 
280 aa  181  2e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.197254  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2815  RNA polymerase factor sigma-32  39.78 
 
 
311 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1525  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.38 
 
 
326 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0301  RNA polymerase factor sigma-32  39.78 
 
 
311 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3977  RNA polymerase factor sigma-32  35.87 
 
 
285 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000239264  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  39.78 
 
 
281 aa  178  8e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>