More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_3813 on replicon NC_011369
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011369  Rleg2_3813  RNA polymerase factor sigma-32  100 
 
 
287 aa  580  1.0000000000000001e-165  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.674997  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4142  RNA polymerase factor sigma-32  99.3 
 
 
287 aa  578  1e-164  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000322567  normal  0.133894 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4270  RNA polymerase factor sigma-32  75.44 
 
 
285 aa  447  1.0000000000000001e-124  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3111  RNA polymerase factor sigma-32  75.09 
 
 
288 aa  439  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.58748  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3380  RNA polymerase factor sigma-32  65.83 
 
 
284 aa  371  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0000950238  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1763  RNA polymerase factor sigma-32  67.51 
 
 
311 aa  369  1e-101  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00750009  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1137  RNA polymerase factor sigma-32  66.79 
 
 
311 aa  365  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1701  RNA polymerase factor sigma-32  67.51 
 
 
311 aa  367  1e-100  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000437901  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4806  RNA polymerase factor sigma-32  66.67 
 
 
293 aa  361  1e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0484047  hitchhiker  0.000291044 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1717  RNA polymerase factor sigma-32  66.67 
 
 
293 aa  360  1e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0126  RNA polymerase factor sigma-32  62.99 
 
 
303 aa  344  8.999999999999999e-94  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4338  RNA polymerase factor sigma-32  65.47 
 
 
290 aa  340  2e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.239407  normal  0.531435 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3709  RNA polymerase factor sigma-32  64.66 
 
 
291 aa  338  7e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.126139 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3881  RNA polymerase factor sigma-32  65.09 
 
 
290 aa  336  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.382692  normal  0.0609598 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4191  RNA polymerase factor sigma-32  65.09 
 
 
290 aa  336  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.262321  normal  0.154969 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1693  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  58.21 
 
 
298 aa  305  8.000000000000001e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.199349 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2297  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  55.48 
 
 
305 aa  298  5e-80  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000241193  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0482  RNA polymerase factor sigma-32  47.64 
 
 
292 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540946  normal  0.173001 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0601  RNA polymerase factor sigma-32  47.45 
 
 
292 aa  240  2e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.907617  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2254  RNA polymerase factor sigma-32  47.45 
 
 
292 aa  240  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.142039  normal  0.411948 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0456  RNA polymerase factor sigma-32  48.7 
 
 
292 aa  238  9e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.369824  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  48.28 
 
 
300 aa  236  3e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  47.37 
 
 
340 aa  235  6e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0906  RNA polymerase factor sigma-32  45.65 
 
 
292 aa  232  4.0000000000000004e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2978  RNA polymerase factor sigma-32  46.95 
 
 
293 aa  231  1e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  47.1 
 
 
299 aa  231  1e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  46.18 
 
 
301 aa  230  2e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  47.1 
 
 
299 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  46.72 
 
 
299 aa  229  5e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  46.95 
 
 
299 aa  228  8e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  46.72 
 
 
299 aa  228  8e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  46.56 
 
 
299 aa  226  4e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  48.03 
 
 
303 aa  225  5.0000000000000005e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  47.64 
 
 
303 aa  224  1e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  44.62 
 
 
295 aa  224  1e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  47.17 
 
 
300 aa  223  2e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  46.54 
 
 
303 aa  224  2e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  46.92 
 
 
302 aa  223  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  46.33 
 
 
299 aa  223  4e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  45.77 
 
 
308 aa  223  4e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  47.64 
 
 
303 aa  222  6e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  46.54 
 
 
302 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  45.77 
 
 
296 aa  220  1.9999999999999999e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  46.79 
 
 
306 aa  219  5e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  45.8 
 
 
301 aa  218  1e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  46.39 
 
 
298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  46.39 
 
 
298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  45.86 
 
 
299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  44.66 
 
 
300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  47.53 
 
 
303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  43.75 
 
 
295 aa  216  4e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  45.17 
 
 
296 aa  216  4e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  45.17 
 
 
296 aa  215  5e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  44.74 
 
 
295 aa  215  5.9999999999999996e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  45.17 
 
 
297 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  44.83 
 
 
299 aa  213  1.9999999999999998e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  45.17 
 
 
297 aa  212  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  45.17 
 
 
297 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  45.17 
 
 
297 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  45.98 
 
 
298 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  45.59 
 
 
301 aa  208  9e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.04 
 
 
299 aa  207  1e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  42.47 
 
 
299 aa  204  1e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  42.86 
 
 
298 aa  203  3e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  44.87 
 
 
298 aa  201  9.999999999999999e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  40.82 
 
 
281 aa  191  1e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.7 
 
 
290 aa  189  5.999999999999999e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  42.59 
 
 
283 aa  187  2e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  42.26 
 
 
281 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  35.59 
 
 
297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  38.17 
 
 
307 aa  182  5.0000000000000004e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3977  RNA polymerase factor sigma-32  37.31 
 
 
285 aa  180  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000239264  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  36.43 
 
 
286 aa  181  2e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0197  sigma 32 (RpoH)  41.96 
 
 
329 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  35.85 
 
 
297 aa  180  2e-44  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1330  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  38.11 
 
 
285 aa  181  2e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000387324  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1935  RpoH  40.51 
 
 
287 aa  180  2.9999999999999997e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0161  RNA polymerase factor sigma-32  38.38 
 
 
285 aa  179  4e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0356  RNA polymerase factor sigma-32  39.62 
 
 
372 aa  178  7e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000321506  hitchhiker  0.000547654 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4062  RNA polymerase factor sigma-32  39.42 
 
 
285 aa  178  9e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3603  RNA polymerase factor sigma-32  37.5 
 
 
285 aa  177  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000309877  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  37.45 
 
 
285 aa  176  3e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3874  RNA polymerase factor sigma-32  39.42 
 
 
285 aa  176  3e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.81201  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  36.26 
 
 
300 aa  176  4e-43  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3837  RNA polymerase factor sigma-32  38.89 
 
 
286 aa  176  5e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265332  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0204  RNA polymerase factor sigma-32  37.4 
 
 
283 aa  175  7e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000789244  decreased coverage  0.00000216818 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0249  RNA polymerase factor sigma-32  38.11 
 
 
309 aa  175  7e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0222  RNA polymerase factor sigma-32  37.79 
 
 
285 aa  175  8e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.281933  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0230  RNA polymerase factor sigma-32  38.11 
 
 
309 aa  175  8e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2515  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  38.55 
 
 
389 aa  174  9.999999999999999e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.244142  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0227  RNA polymerase factor sigma-32  38.58 
 
 
287 aa  174  9.999999999999999e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0140317  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  37.83 
 
 
307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  37.4 
 
 
307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  37.83 
 
 
307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0272  RNA polymerase factor sigma-32  39.33 
 
 
311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3542  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  38.97 
 
 
313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000381173 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0207  RNA polymerase factor sigma-32  38.2 
 
 
341 aa  173  2.9999999999999996e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00507389  hitchhiker  0.000595744 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0486  RNA polymerase factor sigma-32  38.26 
 
 
311 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4146  RNA polymerase factor sigma-32  38.49 
 
 
307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1545  RNA polymerase factor sigma-32  38.2 
 
 
280 aa  173  2.9999999999999996e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.197254  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>