More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_3380 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008254  Meso_3380  RNA polymerase factor sigma-32  100 
 
 
284 aa  577  1e-164  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0000950238  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4142  RNA polymerase factor sigma-32  66.19 
 
 
287 aa  371  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000322567  normal  0.133894 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4806  RNA polymerase factor sigma-32  64.26 
 
 
293 aa  372  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0484047  hitchhiker  0.000291044 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1137  RNA polymerase factor sigma-32  66.67 
 
 
311 aa  372  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3813  RNA polymerase factor sigma-32  65.83 
 
 
287 aa  371  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.674997  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1701  RNA polymerase factor sigma-32  66.3 
 
 
311 aa  370  1e-101  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000437901  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1763  RNA polymerase factor sigma-32  66.3 
 
 
311 aa  369  1e-101  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00750009  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1717  RNA polymerase factor sigma-32  63.9 
 
 
293 aa  369  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3111  RNA polymerase factor sigma-32  64.03 
 
 
288 aa  359  2e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.58748  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4270  RNA polymerase factor sigma-32  61.87 
 
 
285 aa  352  5e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3709  RNA polymerase factor sigma-32  65.22 
 
 
291 aa  350  1e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.126139 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4338  RNA polymerase factor sigma-32  63.93 
 
 
290 aa  344  8e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.239407  normal  0.531435 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3881  RNA polymerase factor sigma-32  64.26 
 
 
290 aa  343  1e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.382692  normal  0.0609598 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4191  RNA polymerase factor sigma-32  64.26 
 
 
290 aa  343  1e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.262321  normal  0.154969 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0126  RNA polymerase factor sigma-32  57.76 
 
 
303 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1693  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  54.87 
 
 
298 aa  296  2e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.199349 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2297  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  55.15 
 
 
305 aa  295  6e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000241193  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0456  RNA polymerase factor sigma-32  50.54 
 
 
292 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.369824  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2978  RNA polymerase factor sigma-32  47.84 
 
 
293 aa  244  9.999999999999999e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0482  RNA polymerase factor sigma-32  48.33 
 
 
292 aa  243  3e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540946  normal  0.173001 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2254  RNA polymerase factor sigma-32  48.33 
 
 
292 aa  242  6e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.142039  normal  0.411948 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0601  RNA polymerase factor sigma-32  48.33 
 
 
292 aa  242  6e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.907617  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0906  RNA polymerase factor sigma-32  46.4 
 
 
292 aa  240  2e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.01 
 
 
340 aa  229  4e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  44.06 
 
 
295 aa  224  1e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  45.85 
 
 
303 aa  223  2e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  45.45 
 
 
303 aa  224  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  45.45 
 
 
303 aa  221  8e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  45.63 
 
 
296 aa  221  8e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  44.24 
 
 
300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  44.44 
 
 
295 aa  220  1.9999999999999999e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  43.75 
 
 
303 aa  219  3e-56  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  45.63 
 
 
306 aa  218  6e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  43.3 
 
 
299 aa  219  6e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  44.7 
 
 
295 aa  218  1e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  42.91 
 
 
299 aa  218  1e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  42.91 
 
 
299 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  44.23 
 
 
300 aa  218  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  45.95 
 
 
299 aa  217  2e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  42.91 
 
 
299 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  42.91 
 
 
299 aa  215  5e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  44.7 
 
 
300 aa  215  5.9999999999999996e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  45.32 
 
 
298 aa  215  7e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  42.91 
 
 
299 aa  214  9.999999999999999e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  42.05 
 
 
297 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  43.24 
 
 
308 aa  214  9.999999999999999e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  41.98 
 
 
296 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  43.48 
 
 
299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  42.37 
 
 
299 aa  212  5.999999999999999e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  41.44 
 
 
301 aa  212  7e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  43.7 
 
 
298 aa  212  7e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  41.98 
 
 
296 aa  212  7e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  43.7 
 
 
298 aa  212  7e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  41.29 
 
 
297 aa  210  2e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  42.53 
 
 
299 aa  210  2e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  43.4 
 
 
301 aa  210  2e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.91 
 
 
303 aa  210  2e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  43.73 
 
 
298 aa  210  3e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  41.29 
 
 
297 aa  209  4e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  41.29 
 
 
297 aa  209  4e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  41.26 
 
 
302 aa  209  5e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  41.26 
 
 
302 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  44.66 
 
 
301 aa  205  6e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  41.73 
 
 
298 aa  202  4e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.31 
 
 
299 aa  199  3e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2515  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  41.64 
 
 
389 aa  199  3e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.244142  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  41.67 
 
 
286 aa  199  5e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  38.22 
 
 
297 aa  198  9e-50  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1197  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  42.91 
 
 
300 aa  196  3e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.91 
 
 
300 aa  196  3e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  42.91 
 
 
300 aa  196  3e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.47 
 
 
290 aa  194  1e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  41.79 
 
 
299 aa  194  2e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  38.81 
 
 
300 aa  192  4e-48  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  36.71 
 
 
297 aa  188  9e-47  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  38.78 
 
 
307 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  38.78 
 
 
307 aa  186  3e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  38.4 
 
 
307 aa  186  4e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  37.64 
 
 
307 aa  185  6e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0858  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  40.51 
 
 
350 aa  185  8e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000347952  normal  0.310936 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2115  sigma-70 region 2 domain-containing protein  41.2 
 
 
326 aa  184  2.0000000000000003e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000423948  unclonable  0.00000794083 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  39.93 
 
 
281 aa  181  1e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2302  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.93 
 
 
287 aa  181  2e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.962406  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  38.31 
 
 
279 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3542  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  37.1 
 
 
313 aa  179  4e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000381173 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0197  sigma 32 (RpoH)  40.07 
 
 
329 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0570  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.47 
 
 
291 aa  178  9e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0486  RNA polymerase factor sigma-32  36.5 
 
 
311 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2662  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  38.72 
 
 
285 aa  176  3e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148114 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2151  RNA polymerase factor sigma-32  36.98 
 
 
288 aa  176  4e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.370706  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  37.83 
 
 
281 aa  176  5e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3603  RNA polymerase factor sigma-32  39.03 
 
 
285 aa  176  5e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000309877  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  37.87 
 
 
283 aa  175  6e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0341  RNA polymerase sigma-32 factor  37.79 
 
 
288 aa  175  7e-43  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788591  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2240  RNA polymerase factor sigma-32  37.74 
 
 
288 aa  175  9e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1525  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  38.29 
 
 
326 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3171  RNA polymerase sigma-32 factor  36.24 
 
 
319 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.171654  normal  0.223351 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0356  RNA polymerase factor sigma-32  37.5 
 
 
372 aa  173  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000321506  hitchhiker  0.000547654 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0731  RNA polymerase factor sigma-32  36.13 
 
 
311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0988064  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2733  RNA polymerase factor sigma-32  36.13 
 
 
311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.328689  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>