More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3456 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3456  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 138 aa  285  1e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.962591  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1663  Endoribonuclease L-PSP  68.66 
 
 		 140 aa  182  2.0000000000000003e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.526711  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0376  Endoribonuclease L-PSP  66.42 
 
 		 149 aa  180  5.0000000000000004e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3227  endoribonuclease L-PSP  61.48 
 
 		 140 aa  177  4e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.841476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4515  endoribonuclease L-PSP  58.39 
 
 		 137 aa  168  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2367  Endoribonuclease L-PSP  55.56 
 
 		 145 aa  157  6e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.308002  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5405  endoribonuclease L-PSP  56.3 
 
 		 149 aa  155  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0585911 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2388  endoribonuclease L-PSP  56.3 
 
 		 145 aa  155  2e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0443  endoribonuclease L-PSP  55.56 
 
 		 139 aa  154  5.0000000000000005e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6992  endoribonuclease L-PSP  54.81 
 
 		 145 aa  153  7e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.615821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6043  endoribonuclease L-PSP  54.07 
 
 		 145 aa  153  7e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0143152  hitchhiker  0.000408683 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6178  hypothetical protein  54.81 
 
 		 140 aa  153  8e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71200  YjgF family translation initiation inhibitor  54.81 
 
 		 140 aa  153  8e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2046  L-PSP family endoribonuclease  51.82 
 
 		 136 aa  152  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3465  hypothetical protein  53.33 
 
 		 145 aa  152  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.589893 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3267  endoribonuclease L-PSP  53.68 
 
 		 138 aa  152  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.431089  normal  0.0317231 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6423  endoribonuclease L-PSP  54.81 
 
 		 145 aa  152  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.954317 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7080  endoribonuclease L-PSP  54.81 
 
 		 145 aa  152  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3031  endoribonuclease L-PSP  53.33 
 
 		 144 aa  151  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00544929  normal  0.808496 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2961  endoribonuclease L-PSP  54.07 
 
 		 138 aa  151  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.211045  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5674  endoribonuclease L-PSP  54.07 
 
 		 145 aa  151  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.171739  normal  0.201016 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2200  endoribonuclease L-PSP  53.33 
 
 		 138 aa  151  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2347  endoribonuclease L-PSP  52.59 
 
 		 138 aa  149  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.977249 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3574  endoribonuclease L-PSP  51.94 
 
 		 130 aa  141  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2576  endoribonuclease L-PSP  54.48 
 
 		 139 aa  136  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.289994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1855  endoribonuclease L-PSP  40.43 
 
 		 141 aa  103  1e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.570502  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0351  endoribonuclease L-PSP  31.58 
 
 		 132 aa  76.3  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000170484  normal  0.265808 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0561  endoribonuclease L-PSP  35.96 
 
 		 133 aa  72.8  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1984  hypothetical protein  35.85 
 
 		 128 aa  68.2  0.00000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0617  Endoribonuclease L-PSP  31.4 
 
 		 131 aa  67.4  0.00000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1989  hypothetical protein  35.85 
 
 		 128 aa  67.4  0.00000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4213  endoribonuclease L-PSP  29.85 
 
 		 137 aa  65.5  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.381709  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3893  Endoribonuclease L-PSP  30.77 
 
 		 134 aa  65.5  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0362  putative endoribonuclease L-PSP  36 
 
 		 127 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  29.13 
 
 		 129 aa  62.8  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0935  Endoribonuclease L-PSP  34.31 
 
 		 128 aa  62.8  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3282  endoribonuclease L-PSP  34.86 
 
 		 126 aa  62.8  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.925015  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2374  endoribonuclease L-PSP  36.47 
 
 		 132 aa  62  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3436  YjgF-like protein  35 
 
 		 127 aa  61.6  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1312  putative endoribonuclease L-PSP  33.93 
 
 		 128 aa  61.6  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02800  Endoribonuclease L-PSP family protein  33.02 
 
 		 127 aa  61.6  0.000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140231  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5552  endoribonuclease L-PSP  31.13 
 
 		 126 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0170  endoribonuclease L-PSP  31.13 
 
 		 126 aa  60.5  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0281593 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4700  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 136 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5509  endoribonuclease L-PSP  35.14 
 
 		 186 aa  60.5  0.000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0853  endoribonuclease L-PSP  35.29 
 
 		 129 aa  60.1  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.287208 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5351  endoribonuclease L-PSP  31.13 
 
 		 126 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120193  normal  0.233615 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5303  endoribonuclease  31.13 
 
 		 126 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5212  putative endoribonuclease L-PSP  31.13 
 
 		 126 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.36615 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1346  hypothetical protein  33.33 
 
 		 129 aa  59.7  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.703391 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2099  Endoribonuclease L-PSP  34.23 
 
 		 133 aa  60.1  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0885  YjgF-like protein  30.97 
 
 		 129 aa  60.1  0.00000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4387  putative endoribonuclease L-PSP  34.91 
 
 		 128 aa  60.1  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4178  endoribonuclease L-PSP  32.46 
 
 		 136 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.18793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2126  endoribonuclease L-PSP  32.41 
 
 		 130 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.158455  hitchhiker  0.000014394 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1171  endoribonuclease L-PSP  30.56 
 
 		 136 aa  58.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.468535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70480  hypothetical protein  30.19 
 
 		 126 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2283  endoribonuclease L-PSP  33.63 
 
 		 126 aa  58.5  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000755149  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4670  endoribonuclease L-PSP  31.93 
 
 		 146 aa  58.5  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.758014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0512  endoribonuclease L-PSP  32.41 
 
 		 135 aa  58.5  0.00000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5244  Endoribonuclease L-PSP  34.26 
 
 		 130 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.677365  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0072  endoribonuclease L-PSP, putative  30.19 
 
 		 126 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00156  Endoribonuclease L-PSP family protein  33.63 
 
 		 128 aa  57.8  0.00000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2343  putative endoribonuclease L-PSP  32.97 
 
 		 143 aa  57.8  0.00000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435007  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1301  endoribonuclease L-PSP  30.36 
 
 		 130 aa  57.8  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1288  YjgF family translation initiation inhibitor  34.62 
 
 		 128 aa  57.4  0.00000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.633e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0382  endoribonuclease L-PSP  30.97 
 
 		 133 aa  57.4  0.00000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.395966  normal  0.101256 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4936  endoribonuclease L-PSP  28.46 
 
 		 150 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.309405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0915  endoribonuclease L-PSP  31.3 
 
 		 140 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4391  endoribonuclease L-PSP  30.19 
 
 		 126 aa  57  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0665991 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5488  endoribonuclease L-PSP  30.43 
 
 		 140 aa  57  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.236112 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2408  hypothetical protein  35.8 
 
 		 128 aa  57  0.00000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0314271  normal  0.0494567 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4795  endoribonuclease L-PSP  30.43 
 
 		 140 aa  57  0.00000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3572  endoribonuclease L-PSP  30.43 
 
 		 140 aa  57  0.00000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.800436  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  29.81 
 
 		 125 aa  56.6  0.0000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0968  putative endoribonuclease L-PSP  30.97 
 
 		 130 aa  56.2  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.18464  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1773  Endoribonuclease L-PSP  34.15 
 
 		 118 aa  56.6  0.0000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00826992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0304  Endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 143 aa  56.6  0.0000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.4542  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1523  endoribonuclease L-PSP  33.02 
 
 		 128 aa  56.2  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.383106 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7162  Endoribonuclease L-PSP  35.4 
 
 		 131 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0743912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0051  endoribonuclease L-PSP  33 
 
 		 128 aa  56.2  0.0000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6115  hypothetical protein  29.25 
 
 		 126 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0668  endoribonuclease L-PSP  33.02 
 
 		 131 aa  56.6  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4240  endoribonuclease L-PSP  32.81 
 
 		 136 aa  55.8  0.0000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.209705 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0637  putative endoribonuclease L-PSP  30.11 
 
 		 128 aa  55.8  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0208  YjgF-like protein  30.19 
 
 		 126 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0263  YjgF-like protein  32 
 
 		 127 aa  55.5  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.668867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0333  putative endoribonuclease L-PSP  31 
 
 		 127 aa  55.5  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2314  YjgF-like protein  31.58 
 
 		 143 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3601  endoribonuclease L-PSP, putative  28.46 
 
 		 134 aa  55.5  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4835  endoribonuclease L-PSP  37.33 
 
 		 129 aa  55.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0350  putative endoribonuclease L-PSP  29.91 
 
 		 128 aa  55.5  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2024  endoribonuclease L-PSP, putative  34.91 
 
 		 128 aa  55.1  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3553  endoribonuclease L-PSP  30.83 
 
 		 159 aa  55.1  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.405643  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4466  endoribonuclease L-PSP  32.74 
 
 		 134 aa  55.5  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136863 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3876  Endoribonuclease L-PSP  22.41 
 
 		 127 aa  54.7  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.873675  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00762  endoribonuclease L-PSP family protein  32.38 
 
 		 127 aa  54.7  0.0000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4550  endoribonuclease L-PSP  34.31 
 
 		 128 aa  54.7  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal  0.946176 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3500  putative endoribonuclease L-PSP  31 
 
 		 127 aa  54.7  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0725  Endoribonuclease L-PSP  30.51 
 
 		 136 aa  54.3  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.107947 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>