More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0239 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0239  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 529 aa  1085    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.884064 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4344  extracellular solute-binding protein  32.23 
 
 		 526 aa  241  2e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8162  ABC transporter substrate binding protein (peptide)  28.95 
 
 		 522 aa  207  4e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.164688  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4458  opine ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  29.27 
 
 		 526 aa  207  4e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.124294  hitchhiker  0.0000632484 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4335  extracellular solute-binding protein  30.39 
 
 		 526 aa  207  4e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.83307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2475  extracellular solute-binding protein  29.01 
 
 		 521 aa  198  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0955412  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  27.11 
 
 		 520 aa  152  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  29.98 
 
 		 528 aa  146  8.000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  29.15 
 
 		 510 aa  146  9e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1288  extracellular solute-binding protein  32.85 
 
 		 492 aa  142  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213997  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3863  extracellular solute-binding protein family 5  30.81 
 
 		 523 aa  142  1.9999999999999998e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00142419 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  30.19 
 
 		 510 aa  141  3.9999999999999997e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2769  extracellular solute-binding protein  30.37 
 
 		 507 aa  140  4.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.12042  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  28.45 
 
 		 505 aa  138  3.0000000000000003e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0263  extracellular solute-binding protein family 5  25.71 
 
 		 516 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0801202  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  29.3 
 
 		 531 aa  136  9e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3437  extracellular solute-binding protein  35.26 
 
 		 492 aa  135  9.999999999999999e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.58601  normal  0.852102 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1878  extracellular solute-binding protein  27.95 
 
 		 536 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.419127 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  26.73 
 
 		 509 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  29.73 
 
 		 512 aa  134  5e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  29.73 
 
 		 512 aa  134  5e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  29.73 
 
 		 512 aa  134  5e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4381  extracellular solute-binding protein  30.46 
 
 		 510 aa  133  6e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.582693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0459  extracellular solute-binding protein  30.75 
 
 		 504 aa  133  6.999999999999999e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.435025  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1012  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.28 
 
 		 492 aa  132  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.622148  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  27.49 
 
 		 511 aa  131  3e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0954  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.37 
 
 		 479 aa  131  3e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1751  extracellular solute-binding protein  27.29 
 
 		 538 aa  131  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150343  normal  0.0954392 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0558  extracellular solute-binding protein  26.43 
 
 		 561 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.760139  hitchhiker  0.00152331 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  31.04 
 
 		 528 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1235  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.41 
 
 		 542 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.650831  normal  0.763441 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  25.36 
 
 		 521 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  27.47 
 
 		 512 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  25.36 
 
 		 521 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.36 
 
 		 521 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  25.36 
 
 		 521 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  25.36 
 
 		 521 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0112  extracellular solute-binding protein family 5  28.61 
 
 		 524 aa  129  1.0000000000000001e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.214652  normal  0.175509 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  29.14 
 
 		 502 aa  129  1.0000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  28.32 
 
 		 495 aa  128  2.0000000000000002e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  31.34 
 
 		 519 aa  129  2.0000000000000002e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 		 515 aa  128  3e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1749  extracellular solute-binding protein family 5  27.04 
 
 		 538 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.483604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  27.72 
 
 		 532 aa  127  5e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  25.95 
 
 		 535 aa  127  6e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  33.74 
 
 		 494 aa  127  7e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2006  transport binding transmembrane protein  29.71 
 
 		 528 aa  126  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  27.05 
 
 		 532 aa  126  1e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2974  extracellular solute-binding protein  30.97 
 
 		 530 aa  124  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0342651 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  29.97 
 
 		 524 aa  123  7e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  25.76 
 
 		 544 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.6 
 
 		 521 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2078  extracellular solute-binding protein  29.31 
 
 		 550 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0155484  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3653  extracellular solute-binding protein family 5  31.27 
 
 		 513 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0310608  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1671  extracellular solute-binding protein  32.82 
 
 		 538 aa  122  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.901467 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  26.15 
 
 		 544 aa  121  3e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  29.7 
 
 		 493 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  28.21 
 
 		 526 aa  120  6e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4392  extracellular solute-binding protein  29.38 
 
 		 521 aa  120  7.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  25.46 
 
 		 520 aa  119  9.999999999999999e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  27.61 
 
 		 521 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  31.22 
 
 		 566 aa  119  1.9999999999999998e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.70881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2161  extracellular solute-binding protein family 5  29.26 
 
 		 532 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.283164 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1965  extracellular solute-binding protein family 5  32.53 
 
 		 556 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4615  4-phytase  29.87 
 
 		 502 aa  119  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13240  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  31.23 
 
 		 504 aa  119  1.9999999999999998e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0803154  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1837  extracellular solute-binding protein family 5  29.26 
 
 		 532 aa  118  3e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350378  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0790  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26.78 
 
 		 554 aa  118  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  26.47 
 
 		 522 aa  118  3e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4147  extracellular solute-binding protein  30.31 
 
 		 518 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3892  ABC di/oligopeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  30.31 
 
 		 518 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.206545  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.63 
 
 		 520 aa  117  5e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  29.25 
 
 		 534 aa  117  5e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1324  extracellular solute-binding protein  28.9 
 
 		 512 aa  117  6e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.725738 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0723  hypothetical protein  26.09 
 
 		 527 aa  116  7.999999999999999e-25  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.703564  normal  0.46015 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8313  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  27.29 
 
 		 516 aa  116  8.999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.291124  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3175  extracellular solute-binding protein family 5  24.51 
 
 		 554 aa  116  8.999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000918408 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2998  extracellular solute-binding protein family 5  25.91 
 
 		 610 aa  116  1.0000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.869563  normal  0.0845343 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3666  extracellular solute-binding protein family 5  30.69 
 
 		 563 aa  116  1.0000000000000001e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0453  4-phytase  27.38 
 
 		 526 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132073  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0111  extracellular solute-binding protein family 5  26.29 
 
 		 517 aa  115  2.0000000000000002e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1615  extracellular solute-binding protein  25.52 
 
 		 541 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.577375  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0094  extracellular solute-binding protein  26.75 
 
 		 498 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3102  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 		 549 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.522775  hitchhiker  0.0000411022 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2739  extracellular solute-binding protein family 5  25.52 
 
 		 541 aa  115  3e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.941667  normal  0.188577 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3635  extracellular solute-binding protein  26.95 
 
 		 515 aa  114  3e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.014259  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2920  extracellular solute-binding protein family 5  25.58 
 
 		 515 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  28.5 
 
 		 508 aa  114  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0750  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  29.04 
 
 		 559 aa  114  5e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0146598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  27.42 
 
 		 516 aa  114  5e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5037  extracellular solute-binding protein  27.46 
 
 		 534 aa  114  5e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal  0.963466 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1604  extracellular solute-binding protein  26.08 
 
 		 525 aa  114  6e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1638  extracellular solute-binding protein  26.08 
 
 		 525 aa  114  6e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.547791 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2056  periplasmic dipeptide transport protein precursor  28.86 
 
 		 532 aa  114  6e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.184376  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5416  extracellular solute-binding protein  27.65 
 
 		 534 aa  113  7.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3824  extracellular solute-binding protein  30.79 
 
 		 524 aa  113  8.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.41836 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6191  extracellular solute-binding protein family 5  28.61 
 
 		 504 aa  113  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.172417  normal  0.779113 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0138  extracellular solute-binding protein  27.92 
 
 		 535 aa  113  9e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0855  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  29.01 
 
 		 512 aa  113  9e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2552  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 		 541 aa  113  9e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0329561 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>