More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8162 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8162  ABC transporter substrate binding protein (peptide)  100 
 
 		 522 aa  1070    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.164688  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2475  extracellular solute-binding protein  63.85 
 
 		 521 aa  711    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0955412  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4344  extracellular solute-binding protein  43.98 
 
 		 526 aa  447  1.0000000000000001e-124  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4458  opine ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  44.17 
 
 		 526 aa  438  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.124294  hitchhiker  0.0000632484 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4335  extracellular solute-binding protein  45.05 
 
 		 526 aa  437  1e-121  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.83307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0239  extracellular solute-binding protein  28.95 
 
 		 529 aa  207  5e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.884064 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.06 
 
 		 510 aa  177  5e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  30.66 
 
 		 509 aa  172  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3255  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  29.18 
 
 		 540 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.433609  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3988  extracellular solute-binding protein  28.78 
 
 		 540 aa  163  6e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3275  hypothetical protein  29.39 
 
 		 540 aa  163  7e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.349389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1751  extracellular solute-binding protein  28.9 
 
 		 538 aa  162  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150343  normal  0.0954392 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  28.83 
 
 		 528 aa  162  2e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4392  extracellular solute-binding protein  28.96 
 
 		 521 aa  159  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3863  extracellular solute-binding protein family 5  31.11 
 
 		 523 aa  157  4e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00142419 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1288  extracellular solute-binding protein  30.58 
 
 		 492 aa  155  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213997  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0855  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  29.31 
 
 		 512 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  27.35 
 
 		 493 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  29.09 
 
 		 522 aa  154  5e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0212  extracellular solute-binding protein  28.33 
 
 		 538 aa  153  5.9999999999999996e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0260102  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  29.01 
 
 		 512 aa  153  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0981  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  29.12 
 
 		 512 aa  153  8e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2518  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  29.12 
 
 		 512 aa  153  8e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4201  extracellular solute-binding protein family 5  29.17 
 
 		 508 aa  153  8.999999999999999e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  29.11 
 
 		 510 aa  153  8.999999999999999e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2812  extracellular solute-binding protein family 5  29.12 
 
 		 512 aa  152  1e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.431185  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00814  hypothetical protein  29.12 
 
 		 512 aa  152  1e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.840204  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 		 510 aa  152  1e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0901  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  29.12 
 
 		 512 aa  152  1e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1324  extracellular solute-binding protein  30.23 
 
 		 512 aa  152  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.725738 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0888  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  29.12 
 
 		 512 aa  152  1e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  26.79 
 
 		 521 aa  151  2e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  27.93 
 
 		 521 aa  152  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1000  glutathione-binding protein GsiB  29.23 
 
 		 512 aa  151  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0950  glutathione-binding protein GsiB  28.63 
 
 		 512 aa  151  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0917  glutathione-binding protein GsiB  28.63 
 
 		 512 aa  151  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0979  glutathione-binding protein GsiB  28.63 
 
 		 512 aa  151  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  28.29 
 
 		 512 aa  150  4e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00797  predicted peptide transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  29.28 
 
 		 493 aa  150  5e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.719474  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.73 
 
 		 521 aa  150  6e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3755  extracellular solute-binding protein family 5  28.54 
 
 		 547 aa  150  6e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  28.41 
 
 		 526 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  27.94 
 
 		 508 aa  149  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  26.58 
 
 		 521 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  26.58 
 
 		 521 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.58 
 
 		 521 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  26.58 
 
 		 521 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  28.51 
 
 		 512 aa  149  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2814  extracellular solute-binding protein  28.93 
 
 		 512 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.993061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  28.51 
 
 		 512 aa  149  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  28.51 
 
 		 512 aa  149  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1012  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.41 
 
 		 492 aa  148  2.0000000000000003e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.622148  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  26.83 
 
 		 524 aa  147  6e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  27.73 
 
 		 516 aa  146  7.0000000000000006e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1605  extracellular solute-binding protein  27.38 
 
 		 595 aa  145  2e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0954  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.05 
 
 		 479 aa  145  3e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  30.02 
 
 		 538 aa  144  4e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  27.8 
 
 		 525 aa  144  4e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2920  extracellular solute-binding protein family 5  27.51 
 
 		 515 aa  144  4e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0263  extracellular solute-binding protein family 5  27.99 
 
 		 516 aa  144  5e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0801202  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0181  ABC dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  28.11 
 
 		 547 aa  144  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  27.64 
 
 		 515 aa  144  6e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  29.23 
 
 		 540 aa  143  8e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  26.89 
 
 		 532 aa  142  9.999999999999999e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  27.77 
 
 		 520 aa  142  9.999999999999999e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2633  twin-arginine translocation pathway signal  29.89 
 
 		 515 aa  142  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.192046  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3130  extracellular solute-binding protein family 5  27.67 
 
 		 520 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  28.45 
 
 		 520 aa  142  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0836  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  27.33 
 
 		 520 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.385717  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3570  extracellular solute-binding protein family 5  25.91 
 
 		 506 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  30.87 
 
 		 534 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1867  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC periplasmic ligand-binding protein  27.27 
 
 		 520 aa  141  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.30378  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  29.48 
 
 		 542 aa  141  3e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1686  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  28.91 
 
 		 516 aa  141  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0387  extracellular solute-binding protein family 5  27.8 
 
 		 503 aa  140  4.999999999999999e-32  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000219856  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13240  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.5 
 
 		 504 aa  140  6e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0803154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  27.54 
 
 		 511 aa  140  7e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1977  extracellular solute-binding protein  28 
 
 		 506 aa  139  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.719795 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3174  dipeptide ABC transporter substrate-binding protein  26.91 
 
 		 523 aa  139  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3437  extracellular solute-binding protein  31.58 
 
 		 492 aa  138  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.58601  normal  0.852102 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2532  extracellular solute-binding protein family 5  29.41 
 
 		 525 aa  137  3.0000000000000003e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  27.75 
 
 		 509 aa  138  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5111  ABC transporter periplasmic binding protein  28.6 
 
 		 532 aa  137  4e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.914948  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2347  extracellular solute-binding protein  27.17 
 
 		 516 aa  137  6.0000000000000005e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6371  extracellular solute-binding protein family 5  29.65 
 
 		 504 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.37487 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  28.29 
 
 		 522 aa  136  8e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  28.29 
 
 		 522 aa  136  9e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2342  extracellular solute-binding protein family 5  26.67 
 
 		 580 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  29.18 
 
 		 546 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01445  D-ala-D-a la transporter subunit  28.43 
 
 		 516 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3906  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  27.04 
 
 		 526 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  28.9 
 
 		 538 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1572  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  28.43 
 
 		 516 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3842  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  27.04 
 
 		 526 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3950  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  27.04 
 
 		 526 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  28.42 
 
 		 489 aa  135  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0817  extracellular solute-binding protein  26.37 
 
 		 549 aa  135  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22663  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2160  extracellular solute-binding protein family 5  28.43 
 
 		 516 aa  135  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0024579  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1769  extracellular solute-binding protein family 5  26.4 
 
 		 589 aa  134  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2099  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  28.22 
 
 		 516 aa  134  3e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>