More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0492 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_0492  transport protein  100 
 
 
369 aa  761    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0468  ABC transport protein  72.58 
 
 
372 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1208  extracellular solute-binding protein  57.3 
 
 
366 aa  431  1e-119  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.139759  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1074  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  32.74 
 
 
358 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1540  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.8 
 
 
353 aa  118  1.9999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.713242  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3926  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 
374 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.808306  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1360  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  28.73 
 
 
377 aa  110  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0349752 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5429  extracellular solute-binding protein  27.19 
 
 
370 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835836  normal  0.485743 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4390  extracellular solute-binding protein  28.96 
 
 
374 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.243685  normal  0.0624884 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5951  extracellular solute-binding protein family 1  29.25 
 
 
382 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3242  extracellular solute-binding protein  28.8 
 
 
340 aa  102  8e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3878  extracellular solute-binding protein  27.2 
 
 
376 aa  102  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5813  extracellular solute-binding protein  27.2 
 
 
376 aa  102  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4491  extracellular solute-binding protein  27.2 
 
 
376 aa  102  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2187  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  28.23 
 
 
316 aa  99.8  8e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4157  extracellular solute-binding protein  28.02 
 
 
374 aa  98.2  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.194913  normal  0.672619 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  26.77 
 
 
350 aa  88.2  2e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  26.2 
 
 
345 aa  86.7  7e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  26.2 
 
 
345 aa  86.7  7e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  26.58 
 
 
349 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  25.51 
 
 
345 aa  82.8  0.000000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3572  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like  23.72 
 
 
357 aa  82.4  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0154888  normal  0.0251545 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1330  extracellular solute-binding protein family 1  27.24 
 
 
349 aa  81.3  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.93 
 
 
349 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.93 
 
 
349 aa  82  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.93 
 
 
349 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.93 
 
 
349 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3635  extracellular solute-binding protein  25.82 
 
 
358 aa  81.6  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.248377 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  27.22 
 
 
349 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  27.45 
 
 
349 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1769  extracellular solute-binding protein family 1  25.15 
 
 
351 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  27.8 
 
 
349 aa  79.7  0.00000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3366  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  22.78 
 
 
361 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.424876  normal  0.320471 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  26.12 
 
 
373 aa  75.9  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  24.73 
 
 
341 aa  75.1  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5285  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  24.18 
 
 
360 aa  74.3  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.416451  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2390  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  22.16 
 
 
373 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.951238 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1703  extracellular solute-binding protein family 1  25.49 
 
 
398 aa  73.9  0.000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1036  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.71 
 
 
366 aa  73.6  0.000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000359474  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  23.61 
 
 
354 aa  73.2  0.000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0345  extracellular solute-binding protein  25.94 
 
 
357 aa  72.8  0.000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0892  extracellular solute-binding protein family 1  24.32 
 
 
350 aa  72.4  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.388428  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6036  extracellular solute-binding protein family 1  25.1 
 
 
358 aa  71.6  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.62779 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2234  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  21.62 
 
 
377 aa  72  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  29.06 
 
 
363 aa  71.6  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.14 
 
 
360 aa  71.2  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0148  extracellular solute-binding protein family 1  28.41 
 
 
389 aa  70.9  0.00000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.934394  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3222  extracellular solute-binding protein  27.11 
 
 
355 aa  70.5  0.00000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0132  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.56 
 
 
343 aa  69.7  0.00000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02286  hypothetical protein  24.28 
 
 
343 aa  69.3  0.00000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2417  extracellular solute-binding protein family 1  26.59 
 
 
386 aa  68.9  0.0000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003484  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  24.51 
 
 
343 aa  68.6  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000109214  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3886  extracellular solute-binding protein  25.98 
 
 
358 aa  68.6  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.768061 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1801  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  24.47 
 
 
375 aa  68.2  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.563755  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2444  extracellular solute-binding protein family 1  22.63 
 
 
401 aa  67.4  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.512848  normal  0.268088 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  23.38 
 
 
345 aa  67.8  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  29.91 
 
 
374 aa  67.8  0.0000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  25.64 
 
 
357 aa  67.8  0.0000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1583  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  26.97 
 
 
362 aa  67.8  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0473653  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0894  extracellular solute-binding protein  26.63 
 
 
370 aa  67  0.0000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  23.44 
 
 
351 aa  67.4  0.0000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0574821 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4236  extracellular solute-binding protein  23.92 
 
 
383 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4132  extracellular solute-binding protein  23.92 
 
 
383 aa  66.6  0.0000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  24.58 
 
 
360 aa  67  0.0000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3308  extracellular solute-binding protein  22.92 
 
 
383 aa  66.2  0.0000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.033715 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0124  extracellular solute-binding protein  26.71 
 
 
364 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.996565  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0979  extracellular solute-binding protein  24.24 
 
 
366 aa  65.5  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  23.86 
 
 
359 aa  66.2  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2968  extracellular solute-binding protein family 1  24.1 
 
 
356 aa  64.7  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.897922 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1643  extracellular solute-binding protein  24.66 
 
 
357 aa  65.1  0.000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0747  extracellular solute-binding protein  26.7 
 
 
354 aa  65.5  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.389252  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  23.78 
 
 
357 aa  65.1  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3216  extracellular solute-binding protein  23.68 
 
 
405 aa  64.7  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.018285  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1486  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  24.46 
 
 
381 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0980554 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1091  extracellular solute-binding protein  23.39 
 
 
383 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1584  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  22.88 
 
 
347 aa  64.3  0.000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00366918  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3137  extracellular solute-binding protein  23.28 
 
 
393 aa  63.9  0.000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.713269  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3388  extracellular solute-binding protein  23.32 
 
 
393 aa  63.5  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.645484 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1619  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.9 
 
 
381 aa  63.5  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1524  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.9 
 
 
381 aa  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1145  hypothetical protein  24.9 
 
 
340 aa  63.5  0.000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01397  predicted spermidine/putrescine transporter subunit  23.9 
 
 
381 aa  63.2  0.000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2206  extracellular solute-binding protein family 1  23.9 
 
 
381 aa  63.2  0.000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.313197  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01408  hypothetical protein  23.9 
 
 
381 aa  63.2  0.000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2045  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.4 
 
 
381 aa  63.2  0.000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.600032  hitchhiker  0.000000000000249454 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2219  extracellular solute-binding protein  23.9 
 
 
381 aa  62.8  0.000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1048  extracellular solute-binding protein  26.05 
 
 
383 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357098  normal  0.451266 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.08 
 
 
348 aa  62  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1734  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.35 
 
 
381 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000404923 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0319  extracellular solute-binding protein family 1  23.23 
 
 
380 aa  62.8  0.00000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.245975  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3377  extracellular solute-binding protein family 1  24.23 
 
 
414 aa  61.2  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0107966  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003485  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  24.42 
 
 
345 aa  61.6  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00749522  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2804  extracellular solute-binding protein  26.6 
 
 
353 aa  61.6  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.336498 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  24.05 
 
 
401 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5240  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 
364 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3646  extracellular solute-binding protein  23.8 
 
 
384 aa  60.8  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2146  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.6 
 
 
348 aa  60.5  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00543395 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1962  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.6 
 
 
348 aa  60.5  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1322  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.6 
 
 
348 aa  60.5  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0110419 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1337  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.6 
 
 
348 aa  60.5  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0644011 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>