More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2989 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_2989  MotA/TolQ/ExbB proton channel  100 
 
 
450 aa  905    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.347147  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02813  TonB system biopolymer transport component  80.76 
 
 
343 aa  558  1e-158  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000924577  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3755  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  57.4 
 
 
449 aa  521  1e-147  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1518  MotA/TolQ/ExbB proton channel  50.33 
 
 
451 aa  449  1e-125  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.298092  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2651  MotA/TolQ/ExbB proton channel  48.79 
 
 
451 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.12619  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1572  MotA/TolQ/ExbB proton channel  48.79 
 
 
451 aa  437  1e-121  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0356539  hitchhiker  0.00010475 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2625  MotA/TolQ/ExbB proton channel  51.45 
 
 
451 aa  432  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00264646  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1663  MotA/TolQ/ExbB proton channel  51 
 
 
451 aa  434  1e-120  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0204687  normal  0.14505 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1626  MotA/TolQ/ExbB proton channel  50.56 
 
 
451 aa  432  1e-120  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.171295  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1641  MotA/TolQ/ExbB proton channel  50.56 
 
 
451 aa  432  1e-120  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0893157  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2717  MotA/TolQ/ExbB proton channel  51.22 
 
 
451 aa  433  1e-120  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0125203  decreased coverage  0.0000000188451 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2533  MotA/TolQ/ExbB proton channel  50.78 
 
 
451 aa  431  1e-119  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0106655  unclonable  0.0000291193 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2625  MotA/TolQ/ExbB proton channel  50.11 
 
 
451 aa  428  1e-119  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000348965  hitchhiker  0.00000191471 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2424  MotA/TolQ/ExbB proton channel  51.79 
 
 
450 aa  429  1e-119  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00633842  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2463  MotA/TolQ/ExbB proton channel  50.33 
 
 
451 aa  428  1e-119  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00080951  hitchhiker  0.00000350745 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2477  MotA/TolQ/ExbB proton channel  49.01 
 
 
451 aa  425  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.373641  hitchhiker  0.000065853 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1825  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  49.67 
 
 
451 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3078  MotA/TolQ/ExbB proton channel  50.11 
 
 
451 aa  412  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00501831  hitchhiker  0.0000206592 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1255  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  50.78 
 
 
451 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.429171  unclonable  0.0000153929 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3975  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  42.53 
 
 
457 aa  351  2e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0353  TonB system biopolymer transport component  43.26 
 
 
460 aa  350  4e-95  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.899068  normal  0.349209 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0607  MotA/TolQ/ExbB proton channel  43.3 
 
 
478 aa  345  8e-94  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00882438  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001857  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  43.05 
 
 
453 aa  342  5.999999999999999e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03434  putative Tol protein  42.56 
 
 
454 aa  340  2e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00636  biopolymer transport protein  43.05 
 
 
453 aa  337  1.9999999999999998e-91  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1061  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.82 
 
 
469 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297335  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3871  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.04 
 
 
449 aa  324  2e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0869  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.35 
 
 
462 aa  298  2e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1153  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  39.82 
 
 
457 aa  283  4.0000000000000003e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0904  Biopolymer transport protein TolR  38.15 
 
 
453 aa  278  1e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0112  biopolymer transport protein TolR  38.1 
 
 
451 aa  278  2e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06759  hypothetical protein  36.82 
 
 
455 aa  275  1.0000000000000001e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000847  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  34.98 
 
 
455 aa  245  9.999999999999999e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0436  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  36.9 
 
 
403 aa  211  2e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0887055  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1616  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.97 
 
 
469 aa  207  4e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2153  transport protein TolQ-like  27.05 
 
 
474 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.337835  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1738  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.21 
 
 
576 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000125272  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0453  biopolymer transport proteins-like  29.03 
 
 
465 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.204978  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0848  TolR-like transport protein  26.9 
 
 
470 aa  124  3e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.638917  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1654  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30 
 
 
480 aa  124  3e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.759397  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2157  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.2 
 
 
488 aa  87.8  4e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1737  MotA/TolQ/ExbB proton channel  50 
 
 
201 aa  84  0.000000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0638355  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1369  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.41 
 
 
206 aa  84  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2815  biopolymer transport proteins-like  30.81 
 
 
464 aa  84  0.000000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00525326  hitchhiker  0.00000294383 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3524  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28 
 
 
469 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2673  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.62 
 
 
253 aa  81.3  0.00000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2154  biopolymer transport protein (ExbB)-like  48.98 
 
 
208 aa  80.9  0.00000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0591  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.68 
 
 
214 aa  78.6  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0990686 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1436  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.66 
 
 
218 aa  77  0.0000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.383265  normal  0.726638 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0485  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  32.26 
 
 
206 aa  75.1  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.18294  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0645  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.26 
 
 
206 aa  75.1  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.557109  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0539  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.43 
 
 
222 aa  74.7  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.977509  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1226  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.77 
 
 
217 aa  73.6  0.000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02770  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  28.93 
 
 
246 aa  73.2  0.000000000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1743  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.19 
 
 
208 aa  72.4  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2061  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.01 
 
 
209 aa  72.8  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.590103 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2957  biopolymer transport proteins-like  33.61 
 
 
242 aa  71.6  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2150  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.17 
 
 
208 aa  70.1  0.00000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.162411  normal  0.347505 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4455  MotA/TolQ/ExbB proton channel  25.37 
 
 
226 aa  69.7  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3563  ATPase  27.18 
 
 
220 aa  69.3  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.363023  normal  0.586206 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1731  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.17 
 
 
207 aa  69.7  0.0000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25490  putative tolQ-type transport protein  33.07 
 
 
211 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0178753  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0242  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.41 
 
 
218 aa  68.9  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.246943  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1248  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.27 
 
 
210 aa  68.9  0.0000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2178  putative tolQ-type transport protein  33.07 
 
 
211 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0631  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  32.12 
 
 
204 aa  68.2  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.793155  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4446  MotA/TolQ/ExbB proton channel  25.37 
 
 
224 aa  67  0.0000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4465  MotA/TolQ/ExbB proton channel  25.37 
 
 
224 aa  67  0.0000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.163965  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4310  MotA/TolQ/ExbB proton channel  25.37 
 
 
224 aa  67  0.0000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1721  MotA/TolQ/ExbB proton channel  26.53 
 
 
241 aa  67  0.0000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0001524  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2988  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.19 
 
 
174 aa  67  0.0000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.649663  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0608  MotA/TolQ/ExbB proton channel  57.89 
 
 
174 aa  66.6  0.0000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00236146  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06758  hypothetical protein  27.65 
 
 
184 aa  66.2  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0903  TonB system transport protein ExbB3  39.24 
 
 
177 aa  65.9  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0113  TonB system transport protein ExbB2  41.46 
 
 
169 aa  65.5  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1152  TonB system transport protein ExbB2  43.66 
 
 
180 aa  65.9  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0226  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.86 
 
 
240 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00635  biopolymer transport protein  49.21 
 
 
175 aa  65.5  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0172  TonB system transport protein ExbB  33.98 
 
 
253 aa  64.7  0.000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001858  ferric siderophore transport system biopolymer transport protein ExbB  49.21 
 
 
175 aa  65.1  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000846  ferric siderophore transport system biopolymer transport protein ExbB  27.65 
 
 
184 aa  64.7  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0349  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.44 
 
 
226 aa  65.1  0.000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.931428  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1396  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.63 
 
 
220 aa  64.3  0.000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.739677  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0569  MotA/TolQ/ExbB proton channel  49.3 
 
 
230 aa  64.3  0.000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.728472  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2890  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.83 
 
 
257 aa  64.3  0.000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000981257 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0262  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.38 
 
 
243 aa  63.9  0.000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0861801  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1189  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.82 
 
 
223 aa  63.9  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.503443  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1598  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.29 
 
 
221 aa  63.9  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.506582  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1810  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.26 
 
 
235 aa  63.9  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.894281  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2391  biopolymer transport protein  34.48 
 
 
234 aa  63.9  0.000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0387  biopolymer transport protein  44.16 
 
 
220 aa  63.5  0.000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0580  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35 
 
 
235 aa  63.5  0.000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00547042  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0351  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.16 
 
 
220 aa  63.5  0.000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0442  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.31 
 
 
211 aa  63.2  0.000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0270  biopolymer transport protein ExbB, putative  36.54 
 
 
235 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0561  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.36 
 
 
199 aa  63.2  0.00000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.305166 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4090  MotA/TolQ/ExbB proton channel  26.89 
 
 
280 aa  63.2  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0752  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.94 
 
 
268 aa  62.8  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00339966  normal  0.664237 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1809  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.5 
 
 
216 aa  62.4  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1062  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.29 
 
 
173 aa  62  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.641565  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>