235 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2687 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2687  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 		 301 aa  629  1e-179  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00433  Twin-arginine translocation pathway signal  68.63 
 
 		 309 aa  446  1.0000000000000001e-124  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1041  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  62.01 
 
 		 298 aa  365  1e-100  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  57.05 
 
 		 293 aa  345  5e-94  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.449047  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3461  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  52 
 
 		 293 aa  332  4e-90  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0423  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  53.49 
 
 		 287 aa  317  1e-85  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.985837  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0698  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  48.5 
 
 		 297 aa  310  2e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1032  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  52.51 
 
 		 272 aa  300  2e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0870608 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1033  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  45.49 
 
 		 285 aa  281  1e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0514922 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2364  xylose isomerase domain-containing protein  49.8 
 
 		 294 aa  268  8.999999999999999e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.807591  normal  0.185458 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2976  xylose isomerase domain-containing protein  41.86 
 
 		 295 aa  241  7.999999999999999e-63  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1642  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.94 
 
 		 310 aa  197  1.0000000000000001e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.331171  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0431  xylose isomerase domain-containing protein  38.83 
 
 		 326 aa  181  9.000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2533  xylose isomerase domain-containing protein  30.43 
 
 		 259 aa  130  3e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.685925  normal  0.744094 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  36.57 
 
 		 250 aa  118  9.999999999999999e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3052  xylose isomerase domain-containing protein  29.75 
 
 		 256 aa  107  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0431176 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  27.2 
 
 		 259 aa  98.6  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3317  xylose isomerase-like TIM barrel  25 
 
 		 257 aa  91.3  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.695295  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3048  hypothetical protein  28.57 
 
 		 262 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.127987  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  29.51 
 
 		 260 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3623  hydroxypyruvate isomerase  29.38 
 
 		 260 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1197  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.57 
 
 		 259 aa  85.5  9e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.597378  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1423  hydroxypyruvate isomerase  37.61 
 
 		 260 aa  84.7  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0831912  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  26.25 
 
 		 259 aa  84.7  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45010  putative hydroxypyruvate isomerase  29.94 
 
 		 260 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.224213  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5294  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.13 
 
 		 265 aa  84  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4012  xylose isomerase domain-containing protein  27.43 
 
 		 260 aa  83.6  0.000000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.167546  normal  0.990546 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3830  hydroxypyruvate isomerase  29.38 
 
 		 260 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2770  hydroxypyruvate isomerase  27.11 
 
 		 265 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0252433  normal  0.732675 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1395  hydroxypyruvate isomerase  37.31 
 
 		 269 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0279437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  29.38 
 
 		 260 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3457  Hydroxypyruvate isomerase  27.73 
 
 		 273 aa  81.3  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000196511  decreased coverage  0.00813341 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  24.9 
 
 		 256 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2461  hydroxypyruvate isomerase  30.11 
 
 		 269 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731976  normal  0.599526 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.48 
 
 		 256 aa  80.5  0.00000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1839  xylose isomerase-like TIM barrel  35.34 
 
 		 260 aa  80.5  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0157456  normal  0.118454 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5927  Hydroxypyruvate isomerase  27.51 
 
 		 262 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3496  hydroxypyruvate isomerase  26.97 
 
 		 258 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0849997  normal  0.283205 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  25.73 
 
 		 263 aa  79.3  0.00000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  30.86 
 
 		 259 aa  79.3  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1781  hydroxypyruvate isomerase  30.11 
 
 		 269 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.168778  normal  0.857209 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1571  hydroxypyruvate isomerase  33.86 
 
 		 260 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.148654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1621  hydroxypyruvate isomerase  28.57 
 
 		 266 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.377689  normal  0.533551 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2411  xylose isomerase domain-containing protein  32.61 
 
 		 260 aa  79.3  0.00000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.446483 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4298  hydroxypyruvate isomerase  33.86 
 
 		 260 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0462  hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 		 261 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5064  hydroxypyruvate isomerase, putative  33.33 
 
 		 261 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2394  xylose isomerase domain-containing protein  27.31 
 
 		 259 aa  77.8  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07150  hypothetical protein  31.15 
 
 		 265 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5018  hydroxypyruvate isomerase  25.65 
 
 		 258 aa  77.8  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.189718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2604  xylose isomerase domain-containing protein  33.61 
 
 		 271 aa  77.8  0.0000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0652  hypothetical protein  31.71 
 
 		 265 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6200  hydroxypyruvate isomerase  35.82 
 
 		 269 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0219655  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1879  hydroxypyruvate isomerase  35.82 
 
 		 269 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0860973  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1902  hydroxypyruvate isomerase  35.82 
 
 		 269 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000606406 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  30 
 
 		 258 aa  77.4  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  26.25 
 
 		 268 aa  77  0.0000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1597  hydroxypyruvate isomerase  30.97 
 
 		 260 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143749  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2503  hydroxypyruvate isomerase  28.74 
 
 		 264 aa  77  0.0000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2169  hydroxypyruvate isomerase  34.19 
 
 		 262 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196604  normal  0.222817 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1816  hydroxypyruvate isomerase  35.82 
 
 		 269 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1788  hydroxypyruvate isomerase  35.82 
 
 		 269 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  28.33 
 
 		 267 aa  76.6  0.0000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  26.59 
 
 		 259 aa  76.6  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0474  hydroxypyruvate isomerase  30.11 
 
 		 258 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2552  hydroxypyruvate isomerase  25.78 
 
 		 258 aa  75.9  0.0000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  hitchhiker  0.00501624 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5077  hydroxypyruvate isomerase  28.57 
 
 		 257 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3292  hydroxypyruvate isomerase  28.81 
 
 		 260 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.202186  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5179  hydroxypyruvate isomerase  35.07 
 
 		 269 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.265819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3449  xylose isomerase-like TIM barrel  24.14 
 
 		 271 aa  75.1  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4427  hydroxypyruvate isomerase  26.18 
 
 		 262 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.198005  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1918  Hydroxypyruvate isomerase  24.69 
 
 		 260 aa  75.1  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0177301  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31430  Xylose isomerase-like TIM barrel protein, probably inolved in myo-inositol catabolism  26.37 
 
 		 262 aa  75.5  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.161007  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.18 
 
 		 264 aa  75.1  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.831007 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1026  hydroxypyruvate isomerase  26.64 
 
 		 267 aa  75.1  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.43264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2086  hydroxypyruvate isomerase  35.04 
 
 		 269 aa  74.3  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1953  Hydroxypyruvate isomerase  28 
 
 		 259 aa  74.3  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.346217  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4554  hydroxypyruvate isomerase  29.55 
 
 		 258 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  0.368967 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2758  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.97 
 
 		 258 aa  74.7  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1557  Hydroxypyruvate isomerase  26.42 
 
 		 264 aa  73.6  0.000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.945663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3736  Hydroxypyruvate isomerase  34.48 
 
 		 262 aa  73.6  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0958  hydroxypyruvate isomerase  27.81 
 
 		 267 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2425  hydroxypyruvate isomerase  29.27 
 
 		 262 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4852  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.43 
 
 		 264 aa  72.8  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.859546  normal  0.0990251 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2260  hydroxypyruvate isomerase  29.27 
 
 		 262 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.654587  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2300  hydroxypyruvate isomerase  29.27 
 
 		 262 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.946761  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1134  hydroxypyruvate isomerase  24.89 
 
 		 259 aa  72.8  0.000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.852559 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3413  Hydroxypyruvate isomerase  34.48 
 
 		 262 aa  72.4  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0057  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 		 268 aa  72.4  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1158  hydroxypyruvate isomerase  26.56 
 
 		 268 aa  72  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.671898  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0211  hydroxypyruvate isomerase  28.78 
 
 		 258 aa  71.6  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0020  hypothetical protein  32.76 
 
 		 262 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.138735  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2929  hydroxypyruvate isomerase  32.48 
 
 		 263 aa  71.6  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.452433 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4309  hydroxypyruvate isomerase  26.96 
 
 		 271 aa  71.2  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0533507 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0147  hydroxypyruvate isomerase, putative  26.97 
 
 		 261 aa  70.9  0.00000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.999741  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2172  hydroxypyruvate isomerase  28.98 
 
 		 269 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.42054  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3181  hydroxypyruvate isomerase  30.73 
 
 		 262 aa  70.5  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.365148  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0132  putative hydroxypyruvate isomerase  26.97 
 
 		 261 aa  70.9  0.00000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3611  hydroxypyruvate isomerase  31.9 
 
 		 260 aa  70.1  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.233278  normal  0.528482 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5120  hydroxypyruvate isomerase  25.73 
 
 		 258 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>