More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2647 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2647  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 231 aa  479  1e-134  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.895609  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2693  GntR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 228 aa  185  7e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4862  transcriptional regulator, GntR family  37.06 
 
 		 236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.556045  normal  0.353938 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3670  transcriptional regulator, GntR family  37.06 
 
 		 236 aa  128  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  30.58 
 
 		 216 aa  90.9  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  31.12 
 
 		 216 aa  87  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2595  GntR domain protein  27.32 
 
 		 227 aa  79.7  0.00000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.709124  normal  0.171909 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19990  transcriptional regulator, GntR family  28.73 
 
 		 233 aa  78.6  0.00000000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 230 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3123  transcriptional regulator, GntR family  29.86 
 
 		 219 aa  75.9  0.0000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.312088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 226 aa  75.5  0.0000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6398  transcriptional regulator, GntR family  30.17 
 
 		 215 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 226 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1569  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 230 aa  72.4  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 225 aa  72.4  0.000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4146  GntR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 243 aa  72.4  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.10084  normal  0.977946 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3893  GntR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 243 aa  72  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.000000224678  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1060  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 223 aa  72  0.000000000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8557  transcriptional regulator, GntR family  28.8 
 
 		 217 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 229 aa  71.6  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 226 aa  71.2  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5092  GntR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 217 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00344916 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 232 aa  70.5  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  29.41 
 
 		 232 aa  70.5  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 218 aa  70.1  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 230 aa  70.1  0.00000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 245 aa  69.3  0.00000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 229 aa  68.9  0.00000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7518  transcriptional regulator  28.29 
 
 		 227 aa  68.9  0.00000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3164  GntR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 242 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0161984 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 229 aa  68.9  0.00000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  25.13 
 
 		 223 aa  68.6  0.00000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 218 aa  68.6  0.00000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0150  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 209 aa  68.2  0.0000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.80263  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  30.5 
 
 		 230 aa  68.2  0.0000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3711  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 228 aa  67.8  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 230 aa  68.2  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  27.55 
 
 		 228 aa  67.8  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 235 aa  67.4  0.0000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 229 aa  67.4  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31590  transcriptional regulator, GntR family  28.17 
 
 		 244 aa  67  0.0000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 241 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4046  GntR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 235 aa  66.6  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 223 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 249 aa  66.2  0.0000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3549  transcriptional regulator  28.37 
 
 		 221 aa  66.2  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3655  transcriptional regulator  28.37 
 
 		 221 aa  66.2  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3620  transcriptional regulator  28.37 
 
 		 221 aa  66.2  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0556349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2680  GntR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 229 aa  66.2  0.0000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.224385  normal  0.117444 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 211 aa  65.5  0.0000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0276  transcriptional regulator, GntR family  27.98 
 
 		 254 aa  65.9  0.0000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0241099  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3717  transcriptional regulator  28.37 
 
 		 221 aa  65.5  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.531066  normal  0.297823 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3548  transcriptional regulator  28.37 
 
 		 221 aa  65.5  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  28.71 
 
 		 231 aa  65.5  0.0000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 214 aa  65.5  0.0000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  27 
 
 		 234 aa  65.1  0.0000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3140  GntR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 241 aa  65.1  0.0000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000117475 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 242 aa  65.1  0.0000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7094  transcriptional regulator, GntR family  26.96 
 
 		 222 aa  65.1  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.113037  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  28.29 
 
 		 225 aa  64.3  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2099  transcriptional regulator, GntR family  26.44 
 
 		 245 aa  65.1  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.386507  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3719  GntR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 232 aa  64.3  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329499  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6499  GntR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 242 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.348019  normal  0.174024 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0293  GntR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 230 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.972725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 240 aa  64.7  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  28.71 
 
 		 225 aa  64.7  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  29.7 
 
 		 223 aa  64.7  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 221 aa  64.7  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0297  transcriptional regulator, GntR family  25.5 
 
 		 220 aa  64.3  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1385  GntR domain-containing protein  29.09 
 
 		 223 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00179807 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 248 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1556  GntR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 237 aa  64.3  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0676227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  28.12 
 
 		 238 aa  63.9  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0200  transcriptional regulator, GntR family  29.35 
 
 		 246 aa  63.9  0.000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1660  transcriptional regulator, GntR family  29.09 
 
 		 223 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  26.91 
 
 		 231 aa  64.3  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4413  GntR domain protein  26.19 
 
 		 241 aa  63.9  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3761  GntR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 247 aa  63.2  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  28.96 
 
 		 237 aa  63.5  0.000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 238 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  25.89 
 
 		 239 aa  63.5  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  28.28 
 
 		 233 aa  63.2  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 231 aa  63.5  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 238 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  29.19 
 
 		 233 aa  63.2  0.000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 234 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3082  GntR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 241 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0349212 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 230 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 229 aa  62.8  0.000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2531  GntR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 242 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3144  GntR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 242 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 251 aa  63.2  0.000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 238 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 235 aa  62.8  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 206 aa  62.4  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  25 
 
 		 232 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0737  GntR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 242 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.268562  normal  0.925546 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 223 aa  62.4  0.000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3042  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 226 aa  62  0.000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  26.96 
 
 		 226 aa  62  0.000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>