More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0846 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0846  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  621  1e-177  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1535  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 301 aa  227  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.418397  hitchhiker  0.00238453 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3196  nodulation protein d1  40.54 
 
 		 312 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3434  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 333 aa  213  2.9999999999999995e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1227  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 302 aa  209  6e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.268765  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 308 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0163  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6183  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 311 aa  206  3e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.543426  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4915  transcriptional regulator, LysR family  36.88 
 
 		 315 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6212  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 319 aa  198  7.999999999999999e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0866  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3833  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7723  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 304 aa  189  5e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.262185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4024  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 308 aa  187  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.715762  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6227  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.79 
 
 		 334 aa  179  4e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0896126  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5941  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 308 aa  179  4e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.122613 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1932  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.795465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5026  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 327 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5035  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 310 aa  170  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.776496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0853  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 302 aa  168  8e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255595  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3148  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 309 aa  169  8e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3057  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.061728 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 316 aa  145  9e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5485  transcriptional regulator LysR family  32.89 
 
 		 318 aa  142  7e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.781611  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2387  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 303 aa  136  4e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3538  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 337 aa  135  6.0000000000000005e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 301 aa  132  6.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 307 aa  126  4.0000000000000003e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  29.73 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.85 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 298 aa  123  5e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3550  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 325 aa  122  8e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 309 aa  122  8e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  32.12 
 
 		 302 aa  122  9e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  28.03 
 
 		 314 aa  121  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 326 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 317 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  35.77 
 
 		 304 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 345 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 320 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 320 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  27.48 
 
 		 310 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4276  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 309 aa  119  4.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.580603 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 320 aa  119  7e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  26.42 
 
 		 316 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 322 aa  118  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3423  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0556291  normal  0.102163 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  34.96 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1762  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 321 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 306 aa  116  5e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1482  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 313 aa  115  6.9999999999999995e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0547838 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5101  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 315 aa  115  8.999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.428224  normal  0.402017 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2441  hypothetical protein  29.87 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  30.14 
 
 		 319 aa  114  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 301 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 432 aa  113  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 314 aa  113  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 307 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 316 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 308 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 305 aa  113  5e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3640  transcriptional regulator, LysR family  32.12 
 
 		 301 aa  112  6e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 306 aa  112  6e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1942  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 320 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000680141 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  28.57 
 
 		 317 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 305 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 306 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 306 aa  112  9e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 311 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2424  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 394 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  29.89 
 
 		 311 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1167  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 309 aa  111  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2308  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 311 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.611002  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 309 aa  112  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  31.61 
 
 		 311 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 355 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2309  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 355 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 319 aa  110  3e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1329  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 355 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1042  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 355 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110992  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3073  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 355 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2419  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 342 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.349153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2041  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 391 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000497451  normal  0.0972832 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 313 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2417  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 306 aa  110  4.0000000000000004e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000194873  normal  0.0826267 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 314 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  30.41 
 
 		 314 aa  109  5e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3724  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 307 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.153047 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4563  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 307 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340631  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>