94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2297 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2297  hypothetical protein  100 
 
 		 274 aa  518  1e-146  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000644862  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2095  TM helix protein  98.18 
 
 		 274 aa  511  1e-144  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0461104  hitchhiker  0.00386478 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1775  TM helix protein  89.42 
 
 		 274 aa  390  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00313113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1605  TM helix repeat-containing protein  87.59 
 
 		 274 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00681338  decreased coverage  0.000000000154997 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2087  TM helix repeat-containing protein  86.86 
 
 		 274 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.245727  normal  0.0375248 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3653  TM helix repeat-containing protein  86.86 
 
 		 274 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0445182  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1598  TM helix repeat-containing protein  86.86 
 
 		 274 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0082628  hitchhiker  0.00441813 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3531  hypothetical protein  81.02 
 
 		 276 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0169089  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41590  putative cytoplasmic membrane protein  81.02 
 
 		 274 aa  361  6e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23310  Mechanosensitive ion channel protein  76.28 
 
 		 274 aa  351  8.999999999999999e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2090  TM helix repeat-containing protein  81.75 
 
 		 274 aa  341  5.999999999999999e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00247017  normal  0.258692 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2078  TM helix protein  34.7 
 
 		 276 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0961  hypothetical protein  33.58 
 
 		 274 aa  157  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4747  TM helix repeat-containing protein  30.47 
 
 		 275 aa  120  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00173258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1406  TM helix protein  32.23 
 
 		 223 aa  115  6e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0345535  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0638  hypothetical protein  33.58 
 
 		 278 aa  106  4e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1259  CmpX protein  34.13 
 
 		 221 aa  104  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1708  TM helix protein  32 
 
 		 261 aa  103  3e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0232168  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2632  TM helix repeat-containing protein  31.42 
 
 		 273 aa  86.7  4e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.225391  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2159  TM helix protein  28.04 
 
 		 230 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.760211  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1981  TM helix repeat-containing protein  29.11 
 
 		 246 aa  79.3  0.00000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0913829  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1684  TM helix repeat-containing protein  28.19 
 
 		 499 aa  73.2  0.000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1308  hypothetical protein  23.2 
 
 		 227 aa  72  0.00000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2091  hypothetical protein  30.19 
 
 		 582 aa  71.6  0.00000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.395964  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5911  TM helix repeat-containing protein  31.43 
 
 		 279 aa  71.6  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2407  TM helix protein  29.72 
 
 		 565 aa  70.1  0.00000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.533371  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05319  hypothetical protein  29.02 
 
 		 487 aa  69.7  0.00000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.243091  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1329  TM helix repeat-containing protein  31.49 
 
 		 297 aa  67  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00100917  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0125  TM helix repeat-containing protein  27.46 
 
 		 487 aa  67  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0141  TM helix repeat-containing protein  27.46 
 
 		 487 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2928  TM helix protein  27.46 
 
 		 487 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.606719  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0127  TM helix repeat-containing protein  27.46 
 
 		 487 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.263684  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1719  TM helix repeat-containing protein  34.23 
 
 		 335 aa  65.9  0.0000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.082128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1740  TM helix protein  34.23 
 
 		 335 aa  65.5  0.0000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1787  TM helix repeat-containing protein  34.23 
 
 		 335 aa  65.5  0.0000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2252  TM helix repeat-containing protein  31.58 
 
 		 525 aa  64.7  0.000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0127  TM helix repeat-containing protein  26.42 
 
 		 487 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3307  hypothetical protein  26.94 
 
 		 487 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0117  TM helix repeat-containing protein  26.42 
 
 		 487 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3329  hypothetical protein  29.03 
 
 		 503 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1560  hypothetical protein  29.03 
 
 		 503 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1787  TM helix protein  30.05 
 
 		 494 aa  63.9  0.000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2978  hypothetical protein  29.03 
 
 		 487 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3944  hypothetical protein  29.03 
 
 		 503 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4016  hypothetical protein  29.03 
 
 		 503 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3041  hypothetical protein  29.03 
 
 		 487 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0146  hypothetical protein  29.03 
 
 		 487 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.279624  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2021  TM helix repeat-containing protein  29.85 
 
 		 239 aa  62.8  0.000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.381111  normal  0.0315066 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16810  hypothetical protein  30.85 
 
 		 257 aa  62.8  0.000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.403378 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3286  hypothetical protein  28.57 
 
 		 487 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0500  TM helix protein  25.7 
 
 		 547 aa  61.2  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.587519  normal  0.269801 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3828  Conserved TM helix repeat-containing protein  27.87 
 
 		 265 aa  59.3  0.00000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.222399 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0517  hypothetical protein  32.14 
 
 		 275 aa  58.5  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.328951  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1614  TM helix repeat-containing protein  25 
 
 		 255 aa  57.8  0.0000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.232731  normal  0.487938 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0423  TM helix protein  33.33 
 
 		 306 aa  58.2  0.0000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1329  TM helix repeat-containing protein  26.53 
 
 		 543 aa  56.2  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00521958 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1301  TM helix repeat-containing protein  26.12 
 
 		 543 aa  55.8  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3213  TM helix protein  28.48 
 
 		 486 aa  55.8  0.0000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.529906  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5533  TM helix repeat-containing protein  25 
 
 		 272 aa  54.7  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.774759  normal  0.837846 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0909  TM helix repeat-containing protein  29.93 
 
 		 271 aa  54.3  0.000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0269  TM helix protein  28.24 
 
 		 306 aa  52.8  0.000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0220  hypothetical protein  23.85 
 
 		 241 aa  52.8  0.000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1056  TM helix repeat-containing protein  28.68 
 
 		 229 aa  50.8  0.00002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0376279  normal  0.186599 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0890  MscS mechanosensitive ion channel  27.66 
 
 		 330 aa  50.8  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000201965 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3099  hypothetical protein  31.71 
 
 		 240 aa  50.4  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.526593  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1751  TM helix repeat-containing protein  26.2 
 
 		 287 aa  49.7  0.00005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.232886 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1737  TM helix repeat-containing protein  26.2 
 
 		 287 aa  49.3  0.00007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.5984  decreased coverage  0.000938993 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2465  hypothetical protein  22.5 
 
 		 255 aa  49.3  0.00007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0330  hypothetical protein  32.29 
 
 		 287 aa  48.5  0.0001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2984  hypothetical protein  29.77 
 
 		 306 aa  47.8  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.20248  normal  0.0286538 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0300  hypothetical protein  23.05 
 
 		 260 aa  47  0.0004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0317825  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3200  hypothetical protein  29.05 
 
 		 240 aa  47  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.384687  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0455  TM helix repeat-containing protein  28.1 
 
 		 229 aa  46.6  0.0004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1704  TM helix repeat-containing protein  28.7 
 
 		 228 aa  46.2  0.0006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.35242  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0505  MscS Mechanosensitive ion channel  24.17 
 
 		 254 aa  45.8  0.0008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.271457  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1486  MscS Mechanosensitive ion channel  27.22 
 
 		 272 aa  45.4  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3000  hypothetical protein  30.13 
 
 		 240 aa  45.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2965  hypothetical protein  29.47 
 
 		 239 aa  45.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2229  MscS Mechanosensitive ion channel  32.88 
 
 		 400 aa  44.3  0.002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.224666  normal  0.568068 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1441  mechanosensitive ion channel  23.97 
 
 		 262 aa  43.9  0.002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2344  MscS Mechanosensitive ion channel  38.89 
 
 		 570 aa  44.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.809256 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0663  MscS Mechanosensitive ion channel  31.4 
 
 		 336 aa  44.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3049  MscS mechanosensitive ion channel  39.19 
 
 		 542 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.369639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2715  small-conductance mechanosensitive channel  30.77 
 
 		 270 aa  44.7  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2105  MscS Mechanosensitive ion channel  32.88 
 
 		 414 aa  43.9  0.003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0600957  normal  0.059013 
 
 
-
 
NC_014249  Aazo_5329  mechanosensitive ion channel protein MscS  30.58 
 
 		 331 aa  43.5  0.004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0460  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  28.92 
 
 		 280 aa  43.5  0.004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00313509  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3012  MscS mechanosensitive ion channel  40.54 
 
 		 545 aa  43.5  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4182  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 324 aa  43.1  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.774704 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2162  periplasmic binding protein; mechanosensitive ion channel component  34.72 
 
 		 794 aa  42.7  0.006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.387859 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0661  MscS Mechanosensitive ion channel  30.3 
 
 		 295 aa  42.7  0.007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2273  MscS mechanosensitive ion channel  27.91 
 
 		 258 aa  42.7  0.007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1701  phosphoglycerate mutase  27.27 
 
 		 310 aa  42  0.009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2741  MscS mechanosensitive ion channel  39.19 
 
 		 545 aa  42.4  0.009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>