79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1708 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1708  TM helix protein  100 
 
 		 261 aa  493  9.999999999999999e-139  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0232168  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2632  TM helix repeat-containing protein  46.77 
 
 		 273 aa  181  1e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.225391  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0638  hypothetical protein  36.36 
 
 		 278 aa  96.3  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2078  TM helix protein  25.69 
 
 		 276 aa  86.7  4e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1981  TM helix repeat-containing protein  28.17 
 
 		 246 aa  82.8  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0913829  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2159  TM helix protein  29.95 
 
 		 230 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.760211  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1406  TM helix protein  27.27 
 
 		 223 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0345535  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23310  Mechanosensitive ion channel protein  32.39 
 
 		 274 aa  79.7  0.00000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4747  TM helix repeat-containing protein  26.16 
 
 		 275 aa  79  0.00000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00173258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1259  CmpX protein  31.66 
 
 		 221 aa  76.6  0.0000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2021  TM helix repeat-containing protein  35.29 
 
 		 239 aa  75.5  0.0000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.381111  normal  0.0315066 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2090  TM helix repeat-containing protein  33.17 
 
 		 274 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00247017  normal  0.258692 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0961  hypothetical protein  24.41 
 
 		 274 aa  73.6  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2087  TM helix repeat-containing protein  31.47 
 
 		 274 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.245727  normal  0.0375248 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1605  TM helix repeat-containing protein  31.47 
 
 		 274 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00681338  decreased coverage  0.000000000154997 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3653  TM helix repeat-containing protein  31.47 
 
 		 274 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0445182  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2297  hypothetical protein  32.37 
 
 		 274 aa  72  0.000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000644862  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2095  TM helix protein  32.37 
 
 		 274 aa  72  0.000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0461104  hitchhiker  0.00386478 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41590  putative cytoplasmic membrane protein  30.92 
 
 		 274 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1775  TM helix protein  31.2 
 
 		 274 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00313113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3531  hypothetical protein  30.43 
 
 		 276 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0169089  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1598  TM helix repeat-containing protein  31.08 
 
 		 274 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0082628  hitchhiker  0.00441813 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0500  TM helix protein  24.06 
 
 		 547 aa  67.4  0.0000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.587519  normal  0.269801 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0334  TM helix repeat-containing protein  27.62 
 
 		 228 aa  60.1  0.00000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.172175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5911  TM helix repeat-containing protein  26.81 
 
 		 279 aa  57.4  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1704  TM helix repeat-containing protein  29.33 
 
 		 228 aa  55.8  0.0000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.35242  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1614  TM helix repeat-containing protein  25.73 
 
 		 255 aa  54.7  0.000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.232731  normal  0.487938 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1056  TM helix repeat-containing protein  25.23 
 
 		 229 aa  54.7  0.000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0376279  normal  0.186599 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1684  TM helix repeat-containing protein  27.87 
 
 		 499 aa  53.1  0.000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0220  hypothetical protein  30.43 
 
 		 241 aa  52  0.000009  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  32.92 
 
 		 298 aa  52  0.000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1737  TM helix repeat-containing protein  31.07 
 
 		 287 aa  50.8  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.5984  decreased coverage  0.000938993 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2465  hypothetical protein  23.03 
 
 		 255 aa  50.4  0.00002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  30.12 
 
 		 288 aa  50.8  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1751  TM helix repeat-containing protein  30.48 
 
 		 287 aa  50.8  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.232886 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3304  MscS Mechanosensitive ion channel  33.11 
 
 		 1235 aa  50.8  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0854  MscS mechanosensitive ion channel  26.14 
 
 		 289 aa  50.1  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3818  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  26.14 
 
 		 289 aa  50.1  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.905722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0851  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  26.14 
 
 		 289 aa  50.1  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17895  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2091  hypothetical protein  21.53 
 
 		 582 aa  50.1  0.00004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.395964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2407  TM helix protein  21.53 
 
 		 565 aa  50.1  0.00004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.533371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  28.92 
 
 		 288 aa  49.7  0.00005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  28.92 
 
 		 287 aa  48.9  0.00007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_30945  MscS family transporter: small-conductance mechanosensitive ion channel  26.4 
 
 		 473 aa  48.1  0.0001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.111123  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2252  TM helix repeat-containing protein  29.8 
 
 		 525 aa  48.5  0.0001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1441  conserved TM helix repeat-containing protein  26.32 
 
 		 243 aa  48.1  0.0001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1308  hypothetical protein  23.83 
 
 		 227 aa  47.8  0.0002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1222  MscS mechanosensitive ion channel  31.13 
 
 		 451 aa  47.8  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.110808  normal  0.111103 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  28.39 
 
 		 276 aa  47.8  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1787  TM helix protein  24.77 
 
 		 494 aa  47  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0909  TM helix repeat-containing protein  25.22 
 
 		 271 aa  47.4  0.0003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16810  hypothetical protein  28.3 
 
 		 257 aa  47.4  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.403378 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2565  hypothetical protein  27.45 
 
 		 283 aa  46.6  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1740  TM helix protein  26.01 
 
 		 335 aa  45.1  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  30.82 
 
 		 291 aa  44.7  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1496  MscS Mechanosensitive ion channel  25.75 
 
 		 295 aa  45.4  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1719  TM helix repeat-containing protein  26.01 
 
 		 335 aa  45.1  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.082128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0505  MscS Mechanosensitive ion channel  24.05 
 
 		 254 aa  45.4  0.001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.271457  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  27.74 
 
 		 270 aa  45.4  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1787  TM helix repeat-containing protein  26.01 
 
 		 335 aa  45.1  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2137  MscS mechanosensitive ion channel  31.87 
 
 		 288 aa  45.4  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1247  transmembrane protein  29.41 
 
 		 435 aa  45.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.072199  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  31.21 
 
 		 269 aa  44.7  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  27.22 
 
 		 270 aa  44.3  0.002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46240  hypothetical protein  26.95 
 
 		 807 aa  44.3  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.566889  normal  0.0303227 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3931  hypothetical protein  28.64 
 
 		 806 aa  44.3  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.604151  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0300  hypothetical protein  27.12 
 
 		 260 aa  44.3  0.002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0317825  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0104  mechanosensitive ion channel family protein  29.61 
 
 		 309 aa  43.5  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3213  TM helix protein  33.61 
 
 		 486 aa  43.9  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.529906  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0383  MscS Mechanosensitive ion channel  29.69 
 
 		 260 aa  43.5  0.003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3627  MscS mechanosensitive ion channel  30.25 
 
 		 268 aa  43.5  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.143912 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3144  MscS mechanosensitive ion channel  28.85 
 
 		 444 aa  43.9  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0287681 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  31.82 
 
 		 322 aa  43.1  0.004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4512  MscS mechanosensitive ion channel  30.49 
 
 		 277 aa  43.1  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1329  TM helix repeat-containing protein  31.73 
 
 		 297 aa  42.7  0.006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00100917  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0443  MscS mechanosensitive ion channel  29.03 
 
 		 278 aa  42.7  0.006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0311128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3509  MscS mechanosensitive ion channel  29.03 
 
 		 278 aa  42.7  0.006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.126996  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3828  Conserved TM helix repeat-containing protein  29.29 
 
 		 265 aa  42.7  0.006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.222399 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0556  MscS Mechanosensitive ion channel  26.9 
 
 		 293 aa  42.4  0.007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>