71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2078 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2078  TM helix protein  100 
 
 		 276 aa  533  1e-150  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23310  Mechanosensitive ion channel protein  36.57 
 
 		 274 aa  155  7e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1775  TM helix protein  33.96 
 
 		 274 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00313113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2090  TM helix repeat-containing protein  35.61 
 
 		 274 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00247017  normal  0.258692 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3531  hypothetical protein  36.16 
 
 		 276 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0169089  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1605  TM helix repeat-containing protein  33.21 
 
 		 274 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00681338  decreased coverage  0.000000000154997 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41590  putative cytoplasmic membrane protein  36.23 
 
 		 274 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1598  TM helix repeat-containing protein  32.46 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0082628  hitchhiker  0.00441813 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2087  TM helix repeat-containing protein  32.84 
 
 		 274 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.245727  normal  0.0375248 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3653  TM helix repeat-containing protein  32.84 
 
 		 274 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0445182  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2095  TM helix protein  35.07 
 
 		 274 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0461104  hitchhiker  0.00386478 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2297  hypothetical protein  34.7 
 
 		 274 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000644862  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0961  hypothetical protein  30.6 
 
 		 274 aa  122  6e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4747  TM helix repeat-containing protein  27.09 
 
 		 275 aa  110  3e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00173258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1406  TM helix protein  28.64 
 
 		 223 aa  104  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0345535  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1259  CmpX protein  33.66 
 
 		 221 aa  87.4  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2159  TM helix protein  27.56 
 
 		 230 aa  85.5  9e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.760211  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2632  TM helix repeat-containing protein  27.78 
 
 		 273 aa  81.3  0.00000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.225391  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1308  hypothetical protein  28.18 
 
 		 227 aa  80.9  0.00000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1981  TM helix repeat-containing protein  25.71 
 
 		 246 aa  78.6  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0913829  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1708  TM helix protein  25.69 
 
 		 261 aa  75.9  0.0000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0232168  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0638  hypothetical protein  28.57 
 
 		 278 aa  69.3  0.00000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5911  TM helix repeat-containing protein  23.12 
 
 		 279 aa  68.9  0.00000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0127  TM helix repeat-containing protein  26.67 
 
 		 487 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0117  TM helix repeat-containing protein  26.67 
 
 		 487 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2252  TM helix repeat-containing protein  25.35 
 
 		 525 aa  65.1  0.000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3307  hypothetical protein  26.67 
 
 		 487 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2928  TM helix protein  26.19 
 
 		 487 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.606719  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0127  TM helix repeat-containing protein  26.19 
 
 		 487 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.263684  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0125  TM helix repeat-containing protein  26.67 
 
 		 487 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0141  TM helix repeat-containing protein  26.19 
 
 		 487 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1614  TM helix repeat-containing protein  26.54 
 
 		 255 aa  63.2  0.000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.232731  normal  0.487938 
 
 
-
 
NC_003296  RS05319  hypothetical protein  25.71 
 
 		 487 aa  62.8  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.243091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2407  TM helix protein  28.19 
 
 		 565 aa  62.4  0.000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.533371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2091  hypothetical protein  28.04 
 
 		 582 aa  61.6  0.00000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.395964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1684  TM helix repeat-containing protein  26.06 
 
 		 499 aa  60.5  0.00000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3213  TM helix protein  25.84 
 
 		 486 aa  60.5  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.529906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1787  TM helix protein  28.57 
 
 		 494 aa  60.5  0.00000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2021  TM helix repeat-containing protein  27.16 
 
 		 239 aa  58.9  0.00000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.381111  normal  0.0315066 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3099  hypothetical protein  26.02 
 
 		 240 aa  58.9  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.526593  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1329  TM helix repeat-containing protein  27.92 
 
 		 543 aa  58.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00521958 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1301  TM helix repeat-containing protein  27.27 
 
 		 543 aa  57.4  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1704  TM helix repeat-containing protein  22.79 
 
 		 228 aa  57.4  0.0000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.35242  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5533  TM helix repeat-containing protein  24.48 
 
 		 272 aa  56.6  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.774759  normal  0.837846 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0909  TM helix repeat-containing protein  28.41 
 
 		 271 aa  55.8  0.0000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0500  TM helix protein  22.48 
 
 		 547 aa  55.5  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.587519  normal  0.269801 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0334  TM helix repeat-containing protein  24.75 
 
 		 228 aa  54.7  0.000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.172175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3286  hypothetical protein  26.19 
 
 		 487 aa  53.5  0.000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1056  TM helix repeat-containing protein  26.21 
 
 		 229 aa  53.5  0.000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0376279  normal  0.186599 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4016  hypothetical protein  26.19 
 
 		 503 aa  52.8  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3944  hypothetical protein  26.19 
 
 		 503 aa  52.8  0.000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3200  hypothetical protein  25.41 
 
 		 240 aa  52.8  0.000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.384687  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0146  hypothetical protein  26.19 
 
 		 487 aa  52.8  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.279624  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1560  hypothetical protein  26.19 
 
 		 503 aa  52.8  0.000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3329  hypothetical protein  26.19 
 
 		 503 aa  52.8  0.000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2978  hypothetical protein  26.19 
 
 		 487 aa  52.4  0.000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3041  hypothetical protein  26.19 
 
 		 487 aa  52.4  0.000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0423  TM helix protein  31.75 
 
 		 306 aa  52.4  0.000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2965  hypothetical protein  23.86 
 
 		 239 aa  52.4  0.000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1740  TM helix protein  26.78 
 
 		 335 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1787  TM helix repeat-containing protein  26.78 
 
 		 335 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16810  hypothetical protein  25.65 
 
 		 257 aa  50.1  0.00004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.403378 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1719  TM helix repeat-containing protein  26.78 
 
 		 335 aa  49.3  0.00006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.082128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0455  TM helix repeat-containing protein  26.83 
 
 		 229 aa  49.3  0.00007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0269  TM helix protein  26.21 
 
 		 306 aa  47.4  0.0002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0220  hypothetical protein  23.76 
 
 		 241 aa  47  0.0003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0482  hypothetical protein  24.1 
 
 		 236 aa  44.3  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0477  hypothetical protein  23.49 
 
 		 236 aa  43.9  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0967701  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1751  TM helix repeat-containing protein  26.44 
 
 		 287 aa  42.7  0.006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.232886 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0449  hypothetical protein  23.49 
 
 		 235 aa  42.7  0.007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2465  hypothetical protein  24.7 
 
 		 255 aa  42.7  0.007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>