38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0117 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_006348  BMA2978  hypothetical protein  84.19 
 
 		 487 aa  791    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0127  TM helix repeat-containing protein  100 
 
 		 487 aa  932    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0141  TM helix repeat-containing protein  96.3 
 
 		 487 aa  900    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0125  TM helix repeat-containing protein  94.46 
 
 		 487 aa  886    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3041  hypothetical protein  84.19 
 
 		 487 aa  791    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4016  hypothetical protein  84.39 
 
 		 503 aa  794    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3944  hypothetical protein  84.39 
 
 		 503 aa  794    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1560  hypothetical protein  84.19 
 
 		 503 aa  791    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3329  hypothetical protein  84.19 
 
 		 503 aa  791    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0127  TM helix repeat-containing protein  96.1 
 
 		 487 aa  899    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.263684  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0117  TM helix repeat-containing protein  100 
 
 		 487 aa  932    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2928  TM helix protein  96.1 
 
 		 487 aa  899    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.606719  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05319  hypothetical protein  85.83 
 
 		 487 aa  813    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.243091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0146  hypothetical protein  84.39 
 
 		 487 aa  794    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.279624  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3286  hypothetical protein  84.39 
 
 		 487 aa  797    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3307  hypothetical protein  95.69 
 
 		 487 aa  899    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3213  TM helix protein  58.09 
 
 		 486 aa  519  1e-146  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.529906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1787  TM helix protein  53.14 
 
 		 494 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2407  TM helix protein  42.46 
 
 		 565 aa  366  1e-100  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.533371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2252  TM helix repeat-containing protein  41.4 
 
 		 525 aa  367  1e-100  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2091  hypothetical protein  42.25 
 
 		 582 aa  363  4e-99  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.395964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1684  TM helix repeat-containing protein  36.2 
 
 		 499 aa  317  4e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1329  TM helix repeat-containing protein  35.66 
 
 		 543 aa  265  1e-69  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00521958 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1301  TM helix repeat-containing protein  35.47 
 
 		 543 aa  265  2e-69  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0500  TM helix protein  36.75 
 
 		 547 aa  256  8e-67  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.587519  normal  0.269801 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4747  TM helix repeat-containing protein  25 
 
 		 275 aa  68.2  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00173258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2078  TM helix protein  26.67 
 
 		 276 aa  66.2  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2159  TM helix protein  25.58 
 
 		 230 aa  61.6  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.760211  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1981  TM helix repeat-containing protein  25.81 
 
 		 246 aa  58.5  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0913829  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1406  TM helix protein  22.75 
 
 		 223 aa  53.1  0.00001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0345535  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2021  TM helix repeat-containing protein  28.46 
 
 		 239 aa  52.8  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.381111  normal  0.0315066 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1441  conserved TM helix repeat-containing protein  27.07 
 
 		 243 aa  52  0.00002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1259  CmpX protein  25.23 
 
 		 221 aa  50.4  0.00008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23310  Mechanosensitive ion channel protein  29.02 
 
 		 274 aa  49.3  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2965  hypothetical protein  30.99 
 
 		 239 aa  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0220  hypothetical protein  27.83 
 
 		 241 aa  47.8  0.0004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5911  TM helix repeat-containing protein  30.53 
 
 		 279 aa  47  0.0007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1614  TM helix repeat-containing protein  24.2 
 
 		 255 aa  45.4  0.002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.232731  normal  0.487938 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>