63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0961 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0961  hypothetical protein  100 
 
 		 274 aa  535  1e-151  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23310  Mechanosensitive ion channel protein  33.94 
 
 		 274 aa  144  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2090  TM helix repeat-containing protein  34.67 
 
 		 274 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00247017  normal  0.258692 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2078  TM helix protein  30.6 
 
 		 276 aa  138  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1775  TM helix protein  32.85 
 
 		 274 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00313113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3531  hypothetical protein  34.33 
 
 		 276 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0169089  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41590  putative cytoplasmic membrane protein  33.96 
 
 		 274 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1598  TM helix repeat-containing protein  32.12 
 
 		 274 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0082628  hitchhiker  0.00441813 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1605  TM helix repeat-containing protein  31.75 
 
 		 274 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00681338  decreased coverage  0.000000000154997 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3653  TM helix repeat-containing protein  31.75 
 
 		 274 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0445182  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2087  TM helix repeat-containing protein  31.75 
 
 		 274 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.245727  normal  0.0375248 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2095  TM helix protein  33.21 
 
 		 274 aa  122  6e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0461104  hitchhiker  0.00386478 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2297  hypothetical protein  34.34 
 
 		 274 aa  122  7e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000644862  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4747  TM helix repeat-containing protein  26.74 
 
 		 275 aa  107  3e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00173258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0638  hypothetical protein  31.2 
 
 		 278 aa  91.3  1e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1708  TM helix protein  24.41 
 
 		 261 aa  85.9  7e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0232168  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1406  TM helix protein  25.24 
 
 		 223 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0345535  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2159  TM helix protein  25.84 
 
 		 230 aa  71.2  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.760211  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1981  TM helix repeat-containing protein  25.12 
 
 		 246 aa  69.7  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0913829  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16810  hypothetical protein  28.5 
 
 		 257 aa  68.9  0.00000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.403378 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1308  hypothetical protein  25.25 
 
 		 227 aa  68.2  0.0000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1704  TM helix repeat-containing protein  26.79 
 
 		 228 aa  67.4  0.0000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.35242  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2632  TM helix repeat-containing protein  25.2 
 
 		 273 aa  67.8  0.0000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.225391  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1259  CmpX protein  23.76 
 
 		 221 aa  63.2  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0517  hypothetical protein  23.81 
 
 		 275 aa  63.2  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.328951  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5911  TM helix repeat-containing protein  23.63 
 
 		 279 aa  61.6  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2021  TM helix repeat-containing protein  22.82 
 
 		 239 aa  62  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.381111  normal  0.0315066 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0500  TM helix protein  23.35 
 
 		 547 aa  61.6  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.587519  normal  0.269801 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1787  TM helix repeat-containing protein  28.7 
 
 		 335 aa  61.2  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1740  TM helix protein  28.7 
 
 		 335 aa  61.2  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1719  TM helix repeat-containing protein  28.7 
 
 		 335 aa  60.1  0.00000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.082128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0334  TM helix repeat-containing protein  27.96 
 
 		 228 aa  58.5  0.0000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.172175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1056  TM helix repeat-containing protein  25.73 
 
 		 229 aa  58.2  0.0000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0376279  normal  0.186599 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1787  TM helix protein  24.48 
 
 		 494 aa  55.8  0.0000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2252  TM helix repeat-containing protein  23.98 
 
 		 525 aa  55.5  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2407  TM helix protein  25.87 
 
 		 565 aa  53.1  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.533371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1684  TM helix repeat-containing protein  30.23 
 
 		 499 aa  52.8  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1329  TM helix repeat-containing protein  26.55 
 
 		 297 aa  51.6  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00100917  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3213  TM helix protein  18.84 
 
 		 486 aa  51.2  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.529906  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0220  hypothetical protein  23.65 
 
 		 241 aa  50.8  0.00002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2091  hypothetical protein  24.88 
 
 		 582 aa  50.1  0.00004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.395964  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3828  Conserved TM helix repeat-containing protein  21.08 
 
 		 265 aa  49.3  0.00006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.222399 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1737  TM helix repeat-containing protein  22.65 
 
 		 287 aa  48.9  0.00008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.5984  decreased coverage  0.000938993 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2423  MscS Mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 297 aa  48.1  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.591216  normal  0.0692547 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6057  MscS Mechanosensitive ion channel  25.73 
 
 		 779 aa  47.8  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0423  TM helix protein  31.13 
 
 		 306 aa  47.8  0.0002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00500  MscS Mechanosensitive ion channel  23.49 
 
 		 334 aa  47.4  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1751  TM helix repeat-containing protein  21.55 
 
 		 287 aa  47.4  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.232886 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0269  TM helix protein  29.57 
 
 		 306 aa  47.4  0.0003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1614  TM helix repeat-containing protein  25.37 
 
 		 255 aa  46.6  0.0004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.232731  normal  0.487938 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0909  TM helix repeat-containing protein  26.35 
 
 		 271 aa  46.6  0.0004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2965  hypothetical protein  22.62 
 
 		 239 aa  45.8  0.0007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1301  TM helix repeat-containing protein  27.27 
 
 		 543 aa  45.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3099  hypothetical protein  23.12 
 
 		 240 aa  45.4  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.526593  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1329  TM helix repeat-containing protein  27.27 
 
 		 543 aa  45.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00521958 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1346  hypothetical protein  31.73 
 
 		 220 aa  43.5  0.004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.161879 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3200  hypothetical protein  22.81 
 
 		 240 aa  43.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.384687  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1752  MscS Mechanosensitive ion channel  26.97 
 
 		 356 aa  43.1  0.005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2984  hypothetical protein  23.28 
 
 		 306 aa  43.1  0.005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.20248  normal  0.0286538 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3343  mechanosensitive ion channel protein  34.67 
 
 		 813 aa  42.4  0.007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.183155 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0546  MscS mechanosensitive ion channel  30.14 
 
 		 291 aa  42.4  0.008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3200  MscS mechanosensitive ion channel  34.15 
 
 		 590 aa  42.4  0.008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1441  conserved TM helix repeat-containing protein  21.13 
 
 		 243 aa  42  0.01  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>