94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2090 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2090  TM helix repeat-containing protein  100 
 
 		 274 aa  517  1e-146  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00247017  normal  0.258692 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3531  hypothetical protein  82.12 
 
 		 276 aa  368  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0169089  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41590  putative cytoplasmic membrane protein  82.48 
 
 		 274 aa  368  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1775  TM helix protein  84.31 
 
 		 274 aa  364  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00313113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1605  TM helix repeat-containing protein  84.67 
 
 		 274 aa  362  3e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00681338  decreased coverage  0.000000000154997 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1598  TM helix repeat-containing protein  84.31 
 
 		 274 aa  360  1e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0082628  hitchhiker  0.00441813 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2087  TM helix repeat-containing protein  84.67 
 
 		 274 aa  358  4e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.245727  normal  0.0375248 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3653  TM helix repeat-containing protein  84.67 
 
 		 274 aa  358  4e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0445182  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23310  Mechanosensitive ion channel protein  79.2 
 
 		 274 aa  357  8e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2095  TM helix protein  81.75 
 
 		 274 aa  335  5e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0461104  hitchhiker  0.00386478 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2297  hypothetical protein  81.75 
 
 		 274 aa  332  6e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000644862  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2078  TM helix protein  35.61 
 
 		 276 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0961  hypothetical protein  34.67 
 
 		 274 aa  171  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4747  TM helix repeat-containing protein  30.47 
 
 		 275 aa  124  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00173258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1406  TM helix protein  32.23 
 
 		 223 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0345535  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0638  hypothetical protein  33.09 
 
 		 278 aa  110  3e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1259  CmpX protein  35.1 
 
 		 221 aa  102  5e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1708  TM helix protein  31.87 
 
 		 261 aa  98.6  9e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0232168  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1308  hypothetical protein  26.67 
 
 		 227 aa  93.2  4e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2159  TM helix protein  28.97 
 
 		 230 aa  90.1  4e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.760211  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1981  TM helix repeat-containing protein  29.58 
 
 		 246 aa  89  8e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0913829  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2632  TM helix repeat-containing protein  29.5 
 
 		 273 aa  83.6  0.000000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.225391  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5911  TM helix repeat-containing protein  32.02 
 
 		 279 aa  73.2  0.000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1684  TM helix repeat-containing protein  28.86 
 
 		 499 aa  72.8  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1719  TM helix repeat-containing protein  35.71 
 
 		 335 aa  66.6  0.0000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.082128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1740  TM helix protein  35.71 
 
 		 335 aa  66.2  0.0000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1787  TM helix repeat-containing protein  35.71 
 
 		 335 aa  66.2  0.0000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2021  TM helix repeat-containing protein  29.27 
 
 		 239 aa  64.3  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.381111  normal  0.0315066 
 
 
-
 
NC_003296  RS05319  hypothetical protein  29.76 
 
 		 487 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.243091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3307  hypothetical protein  28.78 
 
 		 487 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2928  TM helix protein  28.29 
 
 		 487 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.606719  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0127  TM helix repeat-containing protein  28.29 
 
 		 487 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.263684  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0141  TM helix repeat-containing protein  28.29 
 
 		 487 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0500  TM helix protein  26.17 
 
 		 547 aa  63.2  0.000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.587519  normal  0.269801 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0517  hypothetical protein  31.52 
 
 		 275 aa  62.8  0.000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.328951  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16810  hypothetical protein  28.57 
 
 		 257 aa  62.4  0.000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.403378 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2407  TM helix protein  24.41 
 
 		 565 aa  61.6  0.00000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.533371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0117  TM helix repeat-containing protein  27.32 
 
 		 487 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0127  TM helix repeat-containing protein  27.32 
 
 		 487 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2091  hypothetical protein  28.31 
 
 		 582 aa  62  0.00000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.395964  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1614  TM helix repeat-containing protein  24.23 
 
 		 255 aa  60.1  0.00000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.232731  normal  0.487938 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3828  Conserved TM helix repeat-containing protein  29.17 
 
 		 265 aa  59.3  0.00000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.222399 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3329  hypothetical protein  30.14 
 
 		 503 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1560  hypothetical protein  30.14 
 
 		 503 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3944  hypothetical protein  30.14 
 
 		 503 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4016  hypothetical protein  30.14 
 
 		 503 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1301  TM helix repeat-containing protein  27.78 
 
 		 543 aa  58.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1329  TM helix repeat-containing protein  27.89 
 
 		 543 aa  58.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00521958 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3041  hypothetical protein  30.14 
 
 		 487 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0146  hypothetical protein  30.14 
 
 		 487 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.279624  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2978  hypothetical protein  30.14 
 
 		 487 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1329  TM helix repeat-containing protein  31.79 
 
 		 297 aa  57.4  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00100917  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0300  hypothetical protein  26.67 
 
 		 260 aa  57.4  0.0000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0317825  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1787  TM helix protein  26.42 
 
 		 494 aa  57  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0125  TM helix repeat-containing protein  26.02 
 
 		 487 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3099  hypothetical protein  30.81 
 
 		 240 aa  55.8  0.0000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.526593  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3286  hypothetical protein  29.19 
 
 		 487 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3213  TM helix protein  28.1 
 
 		 486 aa  55.1  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.529906  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2465  hypothetical protein  23.73 
 
 		 255 aa  55.1  0.000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0423  TM helix protein  33.61 
 
 		 306 aa  54.3  0.000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0505  MscS Mechanosensitive ion channel  24.68 
 
 		 254 aa  54.3  0.000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.271457  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2252  TM helix repeat-containing protein  28.93 
 
 		 525 aa  53.9  0.000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1751  TM helix repeat-containing protein  26.88 
 
 		 287 aa  51.2  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.232886 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0220  hypothetical protein  25 
 
 		 241 aa  51.2  0.00002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5533  TM helix repeat-containing protein  23.96 
 
 		 272 aa  51.2  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.774759  normal  0.837846 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0909  TM helix repeat-containing protein  30.22 
 
 		 271 aa  51.2  0.00002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1441  mechanosensitive ion channel  23.75 
 
 		 262 aa  50.4  0.00003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3200  hypothetical protein  28.89 
 
 		 240 aa  49.7  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.384687  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0455  TM helix repeat-containing protein  26.8 
 
 		 229 aa  49.7  0.00005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1737  TM helix repeat-containing protein  26.88 
 
 		 287 aa  49.7  0.00005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.5984  decreased coverage  0.000938993 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2965  hypothetical protein  30 
 
 		 239 aa  48.9  0.00008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0269  TM helix protein  29.63 
 
 		 306 aa  49.3  0.00008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1486  MscS Mechanosensitive ion channel  28.21 
 
 		 272 aa  48.5  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0330  hypothetical protein  34.72 
 
 		 287 aa  47.8  0.0002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0890  MscS mechanosensitive ion channel  27.01 
 
 		 330 aa  47.8  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000201965 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3000  hypothetical protein  31.25 
 
 		 240 aa  47.4  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7342  MscS Mechanosensitive ion channel  32.58 
 
 		 342 aa  47.4  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00546474 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1704  TM helix repeat-containing protein  27.51 
 
 		 228 aa  47  0.0003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.35242  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0449  hypothetical protein  28.57 
 
 		 235 aa  46.6  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00500  MscS Mechanosensitive ion channel  25.29 
 
 		 334 aa  45.1  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014249  Aazo_5329  mechanosensitive ion channel protein MscS  30.77 
 
 		 331 aa  44.7  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1853  MscS mechanosensitive ion channel  31.14 
 
 		 290 aa  45.4  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1346  hypothetical protein  24.87 
 
 		 220 aa  44.7  0.002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.161879 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2984  hypothetical protein  28.24 
 
 		 306 aa  44.3  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.20248  normal  0.0286538 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2780  hypothetical protein  30.56 
 
 		 301 aa  43.9  0.003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.188886  normal  0.0383383 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0477  hypothetical protein  26.79 
 
 		 236 aa  43.5  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0967701  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1723  mechanosensitive ion channel family protein  25.44 
 
 		 545 aa  43.5  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.242798  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2247  hypothetical protein  24.48 
 
 		 262 aa  43.1  0.005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.208343 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  30.97 
 
 		 288 aa  43.1  0.005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2273  MscS mechanosensitive ion channel  28.05 
 
 		 258 aa  43.1  0.005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1752  MscS Mechanosensitive ion channel  28.97 
 
 		 356 aa  42.7  0.006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4182  MscS mechanosensitive ion channel  32.53 
 
 		 324 aa  42.7  0.006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.774704 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3626  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  32.93 
 
 		 489 aa  42.7  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0482  hypothetical protein  26.79 
 
 		 236 aa  42.4  0.008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>