More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4060 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4060  alpha-amylase family protein  100 
 
 		 661 aa  1373    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.203382  normal  0.586391 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2939  alpha amylase catalytic region  52.09 
 
 		 1124 aa  681    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000998182 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1785  alpha amylase, catalytic region  51.37 
 
 		 724 aa  671    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.649993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4393  alpha amylase catalytic region  54.61 
 
 		 1144 aa  739    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.573517  normal  0.10506 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4052  alpha amylase catalytic region  57.31 
 
 		 1196 aa  775    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05182  putative alpha-amylase-related protein  58.17 
 
 		 1201 aa  770    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00237217  normal  0.176867 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6821  alpha amylase catalytic region  56.6 
 
 		 1151 aa  754    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.137668  normal  0.518409 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7547  alpha amylase catalytic region  52.89 
 
 		 1122 aa  702    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.250555  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2760  alpha-amylase family protein  72.1 
 
 		 672 aa  999    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.302132  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2489  Alpha amylase, catalytic region  71.34 
 
 		 672 aa  992    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0230189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4227  Alpha amylase, catalytic region  56.07 
 
 		 1140 aa  721    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.316311  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1738  alpha amylase domain-containing protein  54.17 
 
 		 1148 aa  714    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.257385  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28010  family 13 glycosyl hydrolase  67.54 
 
 		 667 aa  915    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2534  Alpha amylase, catalytic region  71.91 
 
 		 664 aa  991    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.469815 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3659  alpha amylase catalytic region  92.88 
 
 		 672 aa  1267    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0914458  hitchhiker  0.00000417514 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2445  putative Alpha amylase  51.75 
 
 		 734 aa  687    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7034  Alpha amylase like protein  53.49 
 
 		 1130 aa  679    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.673665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2934  alpha amylase, catalytic region  56.92 
 
 		 1022 aa  755    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.124614  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5491  alpha amylase catalytic region  54.74 
 
 		 1131 aa  708    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105634 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1783  alpha amylase, catalytic region  98.64 
 
 		 672 aa  1355    Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00829372  normal  0.075062 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1815  alpha amylase catalytic region  89.41 
 
 		 672 aa  1194    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474679  normal  0.202822 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5382  alpha amylase catalytic region  56.36 
 
 		 1075 aa  765    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1419  alpha amylase, catalytic region  55.1 
 
 		 708 aa  744    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.624823 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2861  putative alpha-amylase-related protein  55.69 
 
 		 1146 aa  756    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6320  alpha amylase catalytic region  52.11 
 
 		 1133 aa  686    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.330794  normal  0.20234 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1330  alpha amylase, catalytic region  53.4 
 
 		 1130 aa  697    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.460745  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2679  alpha amylase, catalytic region  55.59 
 
 		 671 aa  741    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6808  alpha amylase catalytic region  52.48 
 
 		 1122 aa  685    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0740602  normal  0.515818 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03667  alpha-amylase  54.71 
 
 		 1038 aa  714    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.533907  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2712  alpha amylase catalytic region  52.09 
 
 		 1124 aa  681    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.576573  normal  0.0633095 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5590  alpha amylase, catalytic region  52.11 
 
 		 1136 aa  683    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36740  hypothetical protein  65.23 
 
 		 664 aa  887    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.759208  normal  0.786637 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5565  alpha-amylase-related protein  55.24 
 
 		 1082 aa  733    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5097  alpha amylase catalytic region  57.47 
 
 		 1074 aa  772    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.511822  normal  0.0191149 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3155  hypothetical protein  65.38 
 
 		 664 aa  885    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106408  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2295  alpha amylase, catalytic region  66.41 
 
 		 660 aa  899    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0369553  hitchhiker  0.000002386 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0540  alpha amylase catalytic region  58.99 
 
 		 1037 aa  787    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0480393 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6499  alpha amylase, catalytic region  53.56 
 
 		 1130 aa  700    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.145776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2834  alpha amylase catalytic region  51.32 
 
 		 1124 aa  676    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0564528 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1599  alpha amylase catalytic region  51.23 
 
 		 1126 aa  667    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.863275  hitchhiker  0.00182412 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3939  alpha amylase catalytic region  57.31 
 
 		 1196 aa  775    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1341  alpha amylase family protein  54.02 
 
 		 1136 aa  712    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0533  alpha amylase family protein  54.02 
 
 		 1115 aa  712    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1109  alpha amylase, catalytic region  52.27 
 
 		 715 aa  686    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.573693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1545  alpha amylase family protein  54.17 
 
 		 1115 aa  715    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1568  glycosy hydrolase family protein  54.17 
 
 		 1115 aa  715    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0622  alpha amylase family protein  54.02 
 
 		 1115 aa  712    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6088  alpha amylase catalytic region  53.91 
 
 		 1130 aa  698    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.984614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1884  alpha amylase, catalytic region  49.45 
 
 		 684 aa  595  1e-169  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.360227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4163  alpha amylase catalytic region  48.91 
 
 		 651 aa  597  1e-169  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3482  alpha amylase, catalytic region  49.61 
 
 		 651 aa  593  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1604  Alpha amylase, catalytic region  48.85 
 
 		 688 aa  590  1e-167  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0210  alpha amylase catalytic region  47.77 
 
 		 676 aa  583  1.0000000000000001e-165  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0314  alpha amylase, catalytic region  47.45 
 
 		 646 aa  581  1e-164  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0135  alpha amylase catalytic region  47.13 
 
 		 660 aa  580  1e-164  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0116  alpha amylase catalytic region  47.29 
 
 		 660 aa  576  1.0000000000000001e-163  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0759289 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1209  alpha amylase, catalytic region  48.36 
 
 		 657 aa  570  1e-161  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.325647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2030  alpha amylase domain-containing protein  46.38 
 
 		 672 aa  570  1e-161  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.219861  normal  0.850819 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1466  alpha amylase, catalytic region  48.5 
 
 		 657 aa  570  1e-161  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0331  alpha amylase catalytic region  46.03 
 
 		 652 aa  568  1e-161  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3678  alpha amylase, catalytic region  50.52 
 
 		 659 aa  567  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2783  alpha amylase catalytic region  43.74 
 
 		 670 aa  567  1e-160  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1984  alpha amylase domain-containing protein  44.36 
 
 		 671 aa  559  1e-158  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2089  alpha amylase catalytic region  43.69 
 
 		 679 aa  552  1e-156  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0034  alpha amylase catalytic region  46.21 
 
 		 663 aa  554  1e-156  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3071  alpha amylase catalytic region  47.05 
 
 		 674 aa  549  1e-155  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.224313  normal  0.685148 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2537  alpha amylase, catalytic region  44.75 
 
 		 692 aa  551  1e-155  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2161  alpha amylase  44.38 
 
 		 680 aa  548  1e-154  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1979  alpha amylase catalytic region  44.99 
 
 		 684 aa  545  1e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.379903  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0153  alpha amylase catalytic region  42.92 
 
 		 652 aa  542  1e-153  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89451 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1105  alpha amylase catalytic region  44.53 
 
 		 705 aa  542  1e-153  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.340579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2379  alpha amylase catalytic region  43.74 
 
 		 671 aa  541  9.999999999999999e-153  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0239  alpha amylase catalytic region  42.97 
 
 		 706 aa  541  9.999999999999999e-153  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00519899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0829  Alpha amylase, catalytic region  43.08 
 
 		 662 aa  529  1e-149  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.673433  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4097  alpha amylase catalytic sub domain protein  43.81 
 
 		 672 aa  527  1e-148  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0571346  normal  0.0314797 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0679  alpha amylase, catalytic region  45.74 
 
 		 653 aa  526  1e-148  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.675202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0585  alpha amylase domain-containing protein  45.98 
 
 		 655 aa  522  1e-147  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4658  alpha amylase catalytic region  41.68 
 
 		 681 aa  523  1e-147  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2023  alpha amylase, catalytic region  44.7 
 
 		 707 aa  520  1e-146  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685343 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1052  alpha amylase catalytic region  44.31 
 
 		 672 aa  511  1e-143  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.776114 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2417  alpha amylase catalytic region  43.52 
 
 		 816 aa  511  1e-143  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00733114  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3678  alpha amylase, catalytic region  45.12 
 
 		 672 aa  509  1e-143  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.763851 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0249  alpha amylase catalytic region  44.6 
 
 		 656 aa  509  1e-143  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.852341 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0737  alpha amylase, catalytic region  43.39 
 
 		 690 aa  504  1e-141  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.456985  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10340  glycosidase  44.24 
 
 		 663 aa  504  1e-141  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.252003  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0861  alpha amylase catalytic region  42.56 
 
 		 680 aa  499  1e-140  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4100  alpha amylase catalytic region  43.61 
 
 		 687 aa  497  1e-139  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.665704  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3583  alpha amylase catalytic region  43.22 
 
 		 684 aa  494  9.999999999999999e-139  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1097  alpha amylase catalytic region  43.58 
 
 		 716 aa  495  9.999999999999999e-139  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.992454  hitchhiker  0.0010737 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2858  alpha amylase catalytic region  43.84 
 
 		 681 aa  495  9.999999999999999e-139  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1727  alpha amylase catalytic region  44.83 
 
 		 705 aa  490  1e-137  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03840  hypothetical protein  43.38 
 
 		 699 aa  484  1e-135  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1297  alpha amylase catalytic region  42.33 
 
 		 667 aa  470  1.0000000000000001e-131  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.774826  normal  0.698008 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1337  alpha amylase catalytic region  41.62 
 
 		 678 aa  469  1.0000000000000001e-131  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.367678  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1809  alpha amylase, catalytic region  42.56 
 
 		 670 aa  469  1.0000000000000001e-131  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.341723  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19040  glycosidase  43.07 
 
 		 675 aa  467  9.999999999999999e-131  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  decreased coverage  0.000683856  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11359  glucanase glgE  42.64 
 
 		 701 aa  467  9.999999999999999e-131  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.759121 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3846  alpha amylase, catalytic region  41.06 
 
 		 695 aa  467  9.999999999999999e-131  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0237577 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1956  alpha amylase catalytic region  43.17 
 
 		 666 aa  462  1e-129  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0110526  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3860  alpha amylase, catalytic region  40.92 
 
 		 695 aa  465  1e-129  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>