More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG2072 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PG2072  UvrD/REP helicase domain-containing protein  100 
 
 		 1102 aa  2267    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0914  hypothetical protein  34.82 
 
 		 913 aa  473  1e-132  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.230756 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4180  Exodeoxyribonuclease V  29.29 
 
 		 1073 aa  379  1e-103  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0648836 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0699  UvrD/REP helicase  27.99 
 
 		 1052 aa  354  7e-96  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1797  Exodeoxyribonuclease V  27.96 
 
 		 1120 aa  331  4e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00119316  normal  0.701381 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03180  putative helicase  27.02 
 
 		 1054 aa  327  1e-87  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.927265  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1136  UvrD/REP helicase  27.7 
 
 		 1112 aa  321  6e-86  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0229402 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0252  UvrD/REP helicase  28.16 
 
 		 1060 aa  308  4.0000000000000004e-82  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1588  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.34 
 
 		 1067 aa  218  7e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1166  UvrD/REP helicase  27.19 
 
 		 1152 aa  174  7.999999999999999e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.638752 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0979  UvrD/REP helicase  25.03 
 
 		 1173 aa  173  1e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.156033  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0691  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.15 
 
 		 1200 aa  114  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0764  UvrD/REP helicase  23.92 
 
 		 1161 aa  108  7e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.715309 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0090  putative recombination protein RecB  31.13 
 
 		 903 aa  96.7  2e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1757  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.54 
 
 		 1320 aa  95.5  5e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0929  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  21.99 
 
 		 1216 aa  92.8  3e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2420  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.81 
 
 		 1238 aa  90.5  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.415139  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1893  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.44 
 
 		 1200 aa  90.9  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000174869 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1910  UvrD/REP helicase  22.46 
 
 		 907 aa  91.3  1e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  26.17 
 
 		 1080 aa  90.1  2e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2171  Exodeoxyribonuclease V  23.71 
 
 		 1152 aa  90.1  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0579  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.08 
 
 		 1085 aa  89  5e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4286  double-strand break repair helicase AddA  24.38 
 
 		 1183 aa  87.4  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.564831 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0986  recombination helicase AddA  23.09 
 
 		 1217 aa  86.7  0.000000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0857621  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  23.09 
 
 		 1217 aa  86.7  0.000000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1285  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.9 
 
 		 1086 aa  84.3  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.196421  normal  0.100578 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1433  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.48 
 
 		 1199 aa  84.3  0.00000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  41.18 
 
 		 1147 aa  84  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0973  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  25.52 
 
 		 1155 aa  84.3  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.117254 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  22.32 
 
 		 1230 aa  81.6  0.00000000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1391  putative recombination protein RecB  33.33 
 
 		 923 aa  81.3  0.0000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3007  exonuclease V subunit beta  23.65 
 
 		 1189 aa  79.7  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  24.65 
 
 		 1177 aa  79.3  0.0000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0523  UvrD/REP helicase  23.77 
 
 		 1121 aa  79  0.0000000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  23.7 
 
 		 1173 aa  78.6  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1681  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  22.7 
 
 		 1217 aa  78.2  0.0000000000009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1693  Exodeoxyribonuclease V  25.71 
 
 		 1125 aa  77.8  0.000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0736  putative recombination protein RecB  33.33 
 
 		 939 aa  77.4  0.000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0386  putative recombination protein RecB  32.37 
 
 		 921 aa  77.8  0.000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.717067  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1901  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.72 
 
 		 1224 aa  77.4  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0910  putative recombination protein RecB  27.14 
 
 		 933 aa  77.8  0.000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.646697  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0555  exonuclease RexA  25.1 
 
 		 1218 aa  76.6  0.000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1534  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.05 
 
 		 1204 aa  76.6  0.000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2417  Exodeoxyribonuclease V  22.86 
 
 		 1124 aa  75.9  0.000000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.449307  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3959  double-strand break repair helicase AddA  23.85 
 
 		 1183 aa  75.5  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2149  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.9 
 
 		 1203 aa  75.1  0.000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277093  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0004  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  26.64 
 
 		 1203 aa  75.1  0.000000000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0324  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.01 
 
 		 1129 aa  75.1  0.000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.904758 
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  22.77 
 
 		 1089 aa  74.7  0.000000000009  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1560  UvrD/REP helicase  25.05 
 
 		 1054 aa  74.7  0.000000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.538348  normal  0.490234 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0344  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.9 
 
 		 1130 aa  73.2  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  22.7 
 
 		 1182 aa  73.6  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  24.38 
 
 		 1282 aa  72.8  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1357  UvrD/REP helicase  24.81 
 
 		 1196 aa  72.8  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3376  UvrD/REP helicase  28.74 
 
 		 659 aa  72.8  0.00000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2325  UvrD/REP helicase  24.85 
 
 		 1087 aa  72.4  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2265  UvrD/REP helicase  24.53 
 
 		 1095 aa  72.4  0.00000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  26.16 
 
 		 1177 aa  72.4  0.00000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3242  double-strand break repair helicase AddA  22.48 
 
 		 1189 aa  72  0.00000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14771  UvrD/REP helicase subunit B  23.64 
 
 		 1261 aa  72  0.00000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.248766 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1981  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.82 
 
 		 1259 aa  72  0.00000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.335433  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03301  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  23.55 
 
 		 1212 aa  71.6  0.00000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1160  UvrD/REP helicase  22.76 
 
 		 1064 aa  72  0.00000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.87087  normal  0.737588 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10831  UvrD/REP helicase subunit B  25.18 
 
 		 1265 aa  71.6  0.00000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.261186  normal  0.314032 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1169  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.49 
 
 		 1269 aa  71.6  0.00000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0050  recombination helicase AddA  24.81 
 
 		 1392 aa  71.2  0.00000000009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.110759  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1654  putative recombination protein RecB  30.77 
 
 		 921 aa  70.9  0.0000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002685  exodeoxyribonuclease V beta chain  24.37 
 
 		 1224 aa  71.2  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  22.83 
 
 		 1155 aa  71.2  0.0000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08490  ATP-dependent exonuclase V beta subunit, helicase and exonuclease domain-containing  24.6 
 
 		 1251 aa  70.1  0.0000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.266931 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  25.52 
 
 		 1197 aa  70.1  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0309  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  22.47 
 
 		 1186 aa  70.1  0.0000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1828  putative recombination protein RecB  30.77 
 
 		 921 aa  70.1  0.0000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00117116  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1055  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.95 
 
 		 1203 aa  69.7  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0419  UvrD/REP helicase  23.73 
 
 		 1003 aa  69.7  0.0000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0988  UvrD/REP helicase  27.2 
 
 		 1146 aa  68.6  0.0000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.181635  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1777  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.14 
 
 		 1272 aa  68.6  0.0000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000848552 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  24.78 
 
 		 625 aa  68.6  0.0000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3651  UvrD/REP helicase  37.9 
 
 		 641 aa  68.6  0.0000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00677749  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0382  putative recombination protein RecB  39.53 
 
 		 915 aa  68.6  0.0000000007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.309071  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1474  putative recombination protein RecB  31.54 
 
 		 921 aa  68.2  0.0000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.000740501  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3263  exonuclease V subunit beta  24.27 
 
 		 1181 aa  68.2  0.0000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0644  UvrD/REP helicase  35 
 
 		 1109 aa  68.2  0.0000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1503  UvrD/REP helicase  22.1 
 
 		 1101 aa  68.2  0.0000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699543  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1751  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  44.14 
 
 		 1129 aa  67.4  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.910924 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2094  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.17 
 
 		 1273 aa  67.8  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.780628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2355  UvrD/REP helicase  22.1 
 
 		 1101 aa  67.8  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4323  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.89 
 
 		 1236 aa  67  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.182798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  25.66 
 
 		 1242 aa  67  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0681  exodeoxyribonuclease V beta chain  21.74 
 
 		 1208 aa  67.4  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.112115  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3389  exonuclease V subunit beta  23.75 
 
 		 1203 aa  67  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  24.51 
 
 		 731 aa  66.6  0.000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2175  double-strand break repair helicase AddA  23.46 
 
 		 1164 aa  66.2  0.000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.997727 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55670  exodeoxyribonuclease V beta chain  24.29 
 
 		 1245 aa  66.6  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.80629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1359  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.2 
 
 		 1226 aa  66.2  0.000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.182882  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0645  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.46 
 
 		 1261 aa  65.9  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0546  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.14 
 
 		 1183 aa  65.9  0.000000004  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12101  UvrD/REP helicase subunit B  23.24 
 
 		 1208 aa  65.5  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09621  UvrD/REP helicase subunit B  27.34 
 
 		 1274 aa  65.5  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.484397 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  22.7 
 
 		 787 aa  65.1  0.000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>