More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_03180 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009441  Fjoh_0699  UvrD/REP helicase  40.76 
 
 		 1052 aa  780    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0252  UvrD/REP helicase  37.79 
 
 		 1060 aa  688    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03180  putative helicase  100 
 
 		 1054 aa  2135    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.927265  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1136  UvrD/REP helicase  27.73 
 
 		 1112 aa  387  1e-106  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0229402 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1797  Exodeoxyribonuclease V  26.91 
 
 		 1120 aa  358  1.9999999999999998e-97  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00119316  normal  0.701381 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4180  Exodeoxyribonuclease V  27.71 
 
 		 1073 aa  334  6e-90  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0648836 
 
 
-
 
NC_002950  PG2072  UvrD/REP helicase domain-containing protein  27.29 
 
 		 1102 aa  326  1e-87  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0914  hypothetical protein  29.57 
 
 		 913 aa  314  5.999999999999999e-84  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.230756 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1588  ATP-dependent DNA helicase UvrD  23.02 
 
 		 1067 aa  213  2e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0979  UvrD/REP helicase  25.25 
 
 		 1173 aa  148  6e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.156033  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0910  putative recombination protein RecB  24.79 
 
 		 933 aa  145  4e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.646697  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0523  UvrD/REP helicase  25.05 
 
 		 1121 aa  144  7e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1166  UvrD/REP helicase  24.49 
 
 		 1152 aa  142  3e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.638752 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0764  UvrD/REP helicase  24.18 
 
 		 1161 aa  135  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.715309 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0736  putative recombination protein RecB  27.11 
 
 		 939 aa  132  3e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  23.97 
 
 		 1282 aa  132  4.0000000000000003e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0386  putative recombination protein RecB  26.09 
 
 		 921 aa  130  1.0000000000000001e-28  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.717067  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1474  putative recombination protein RecB  26.07 
 
 		 921 aa  127  1e-27  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.000740501  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1654  putative recombination protein RecB  26.57 
 
 		 921 aa  125  3e-27  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  22.59 
 
 		 1147 aa  125  5e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0004  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.39 
 
 		 1203 aa  116  2.0000000000000002e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1315  ATP-dependent nuclease subunit A  25.19 
 
 		 1110 aa  114  9e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1375  UvrD/REP helicase family protein  25.08 
 
 		 1110 aa  111  8.000000000000001e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.134048  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  22.6 
 
 		 1155 aa  110  2e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0691  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.37 
 
 		 1200 aa  108  4e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3578  UvrD/REP helicase  26.22 
 
 		 995 aa  107  9e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0085  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.28 
 
 		 1139 aa  107  1e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0555  exonuclease RexA  24.22 
 
 		 1218 aa  107  1e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  22.72 
 
 		 1173 aa  107  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1486  recombination helicase AddA  21.94 
 
 		 1242 aa  106  2e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3622  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.84 
 
 		 1135 aa  106  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.750566 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  22.37 
 
 		 1121 aa  105  7e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  24.07 
 
 		 1217 aa  103  1e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0986  recombination helicase AddA  24.07 
 
 		 1217 aa  103  1e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0857621  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0090  putative recombination protein RecB  24.02 
 
 		 903 aa  103  2e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  22.43 
 
 		 1230 aa  102  3e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0382  putative recombination protein RecB  25.78 
 
 		 915 aa  102  3e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.309071  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1391  putative recombination protein RecB  24.66 
 
 		 923 aa  102  5e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1169  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  21.99 
 
 		 1269 aa  100  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  21.55 
 
 		 1242 aa  100  1e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1757  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.84 
 
 		 1320 aa  100  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2420  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.3 
 
 		 1238 aa  100  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.415139  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.27 
 
 		 1241 aa  98.6  5e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  23.2 
 
 		 1089 aa  98.2  7e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1910  UvrD/REP helicase  27.91 
 
 		 907 aa  97.8  9e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1377  Exodeoxyribonuclease V  25.15 
 
 		 1226 aa  97.4  1e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.246845  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0203  UvrD-like DNA helicase, C terminal  23.55 
 
 		 1233 aa  97.4  1e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  21.91 
 
 		 1173 aa  97.1  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  22.86 
 
 		 1241 aa  96.7  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0309  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  22.66 
 
 		 1186 aa  97.1  2e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00770  ATP-dependent exonuclase V beta subunit, helicase and exonuclease domain-containing  21.67 
 
 		 1262 aa  96.3  2e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.54 
 
 		 1241 aa  95.5  4e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.44 
 
 		 1241 aa  95.5  5e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.44 
 
 		 1241 aa  95.5  5e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  22.26 
 
 		 1241 aa  95.1  6e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.44 
 
 		 1241 aa  95.1  6e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  22.26 
 
 		 1241 aa  95.1  6e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0671  recombination helicase AddA  23.39 
 
 		 1244 aa  95.1  6e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.5 
 
 		 1240 aa  94.7  8e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10831  UvrD/REP helicase subunit B  22.84 
 
 		 1265 aa  94.4  9e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.261186  normal  0.314032 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.26 
 
 		 1241 aa  94.4  9e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1828  putative recombination protein RecB  23.96 
 
 		 921 aa  93.2  2e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00117116  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2039  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.41 
 
 		 1251 aa  92.8  3e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1560  UvrD/REP helicase  24 
 
 		 1054 aa  92  5e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.538348  normal  0.490234 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0645  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.75 
 
 		 1261 aa  91.3  9e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14771  UvrD/REP helicase subunit B  24.27 
 
 		 1261 aa  90.1  2e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.248766 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3320  exonuclease V subunit beta  23.21 
 
 		 1181 aa  89.7  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.602721 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4286  double-strand break repair helicase AddA  20.54 
 
 		 1183 aa  89.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.564831 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1708  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  21.25 
 
 		 1118 aa  89.4  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4568  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  20.25 
 
 		 1263 aa  89.4  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  21.51 
 
 		 1061 aa  89.4  4e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1571  UvrD/REP helicase  23.2 
 
 		 1110 aa  89  5e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  23.67 
 
 		 1117 aa  88.6  6e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3206  exonuclease V subunit beta  23.32 
 
 		 1181 aa  88.2  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.146819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0050  recombination helicase AddA  23.93 
 
 		 1392 aa  88.2  8e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.110759  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0058  UvrD/REP helicase  22.19 
 
 		 1162 aa  87.8  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.106754  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2325  UvrD/REP helicase  23.14 
 
 		 1087 aa  87.4  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4408  UvrD/REP helicase  24.44 
 
 		 1123 aa  86.7  0.000000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.471337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3220  exonuclease V subunit beta  23.21 
 
 		 1181 aa  86.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2265  UvrD/REP helicase  24.72 
 
 		 1095 aa  87  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3140  exonuclease V subunit beta  23.21 
 
 		 1181 aa  86.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3157  exonuclease V subunit beta  23.21 
 
 		 1181 aa  86.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3959  double-strand break repair helicase AddA  20.78 
 
 		 1183 aa  86.3  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1997  UvrD/REP helicase  22.91 
 
 		 1161 aa  85.5  0.000000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283179  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  22.31 
 
 		 1125 aa  85.9  0.000000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08490  ATP-dependent exonuclase V beta subunit, helicase and exonuclease domain-containing  23.67 
 
 		 1251 aa  85.5  0.000000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.266931 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1893  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  21.67 
 
 		 1200 aa  85.5  0.000000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000174869 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0804  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  21.84 
 
 		 1242 aa  85.5  0.000000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.888497  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04140  UvrD/REP helicase  26.02 
 
 		 1036 aa  85.1  0.000000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  21.85 
 
 		 1177 aa  84.7  0.000000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2171  Exodeoxyribonuclease V  23.94 
 
 		 1152 aa  84.7  0.000000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01028  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  21.23 
 
 		 1336 aa  84.3  0.00000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1901  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  21.97 
 
 		 1224 aa  84  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4879  Exodeoxyribonuclease V  25 
 
 		 1284 aa  84  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.274715 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0849  UvrD/REP helicase  23.66 
 
 		 845 aa  83.6  0.00000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.462782  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  20.34 
 
 		 1110 aa  84  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.32 
 
 		 829 aa  83.2  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0579  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.37 
 
 		 1085 aa  83.2  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0874  exonuclease RexA  22.5 
 
 		 1207 aa  82.8  0.00000000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.149314  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09621  UvrD/REP helicase subunit B  22.2 
 
 		 1274 aa  83.2  0.00000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.484397 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>