More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_1588 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_0979  UvrD/REP helicase  41.19 
 
 		 1173 aa  744    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.156033  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1166  UvrD/REP helicase  47.56 
 
 		 1152 aa  967    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.638752 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1588  ATP-dependent DNA helicase UvrD  100 
 
 		 1067 aa  2201    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0764  UvrD/REP helicase  47.83 
 
 		 1161 aa  985    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.715309 
 
 
-
 
NC_002950  PG2072  UvrD/REP helicase domain-containing protein  25.5 
 
 		 1102 aa  211  5e-53  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03180  putative helicase  22.52 
 
 		 1054 aa  206  2e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.927265  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0699  UvrD/REP helicase  21.42 
 
 		 1052 aa  196  2e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0914  hypothetical protein  25.72 
 
 		 913 aa  189  2e-46  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.230756 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4180  Exodeoxyribonuclease V  23.94 
 
 		 1073 aa  189  2e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0648836 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1136  UvrD/REP helicase  27.78 
 
 		 1112 aa  174  7.999999999999999e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0229402 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0252  UvrD/REP helicase  25.6 
 
 		 1060 aa  158  6e-37  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1797  Exodeoxyribonuclease V  28.44 
 
 		 1120 aa  140  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00119316  normal  0.701381 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  28.52 
 
 		 1147 aa  112  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0090  putative recombination protein RecB  25.77 
 
 		 903 aa  110  2e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0387  ATP-dependent DNA helicase UvrD  22.02 
 
 		 860 aa  108  4e-22  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2642  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.21 
 
 		 1229 aa  105  6e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2130  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.96 
 
 		 1223 aa  103  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  25.91 
 
 		 1183 aa  102  4e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1893  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25 
 
 		 1200 aa  100  1e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000174869 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0629  UvrD/REP helicase  22.33 
 
 		 854 aa  100  2e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  24.1 
 
 		 1125 aa  98.2  7e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2148  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.27 
 
 		 1259 aa  98.2  8e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  26.33 
 
 		 1121 aa  97.8  9e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1936  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25 
 
 		 1251 aa  96.7  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0523  UvrD/REP helicase  25.65 
 
 		 1121 aa  95.5  4e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  24.22 
 
 		 1217 aa  95.5  4e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0986  recombination helicase AddA  24.22 
 
 		 1217 aa  95.5  4e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0857621  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.52 
 
 		 1241 aa  94.7  9e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  21.64 
 
 		 1089 aa  94.4  1e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.52 
 
 		 1241 aa  94.4  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  22.22 
 
 		 1242 aa  94.4  1e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1852  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.05 
 
 		 1269 aa  94  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.95 
 
 		 1241 aa  94.4  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.97 
 
 		 1241 aa  94.4  1e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.08 
 
 		 1241 aa  94  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  22.83 
 
 		 1241 aa  93.2  2e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  22.83 
 
 		 1241 aa  93.2  2e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  26.35 
 
 		 1180 aa  93.2  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  26.31 
 
 		 1177 aa  92.8  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2246  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.76 
 
 		 1263 aa  93.2  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.919114 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  27.66 
 
 		 1124 aa  92.8  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.63 
 
 		 1240 aa  92  5e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.41 
 
 		 1241 aa  92  6e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1375  UvrD/REP helicase family protein  24.05 
 
 		 1110 aa  91.3  9e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.134048  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3578  UvrD/REP helicase  21.37 
 
 		 995 aa  90.9  1e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0555  exonuclease RexA  22.42 
 
 		 1218 aa  90.9  1e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0178  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.76 
 
 		 796 aa  90.9  1e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.349073  normal  0.0817623 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1315  ATP-dependent nuclease subunit A  23.94 
 
 		 1110 aa  90.5  1e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2279  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.27 
 
 		 1273 aa  89.7  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4565  hypothetical protein  25.27 
 
 		 1273 aa  89.7  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2175  double-strand break repair helicase AddA  23.53 
 
 		 1164 aa  90.5  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.997727 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  24.53 
 
 		 1115 aa  90.1  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0004  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.95 
 
 		 1203 aa  90.1  2e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2047  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.27 
 
 		 1273 aa  89.7  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.680974  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1774  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.92 
 
 		 1274 aa  89.7  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25591  UvrD/REP helicase  29.46 
 
 		 802 aa  89.4  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04140  UvrD/REP helicase  21.49 
 
 		 1036 aa  89.4  4e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1391  putative recombination protein RecB  24.27 
 
 		 923 aa  89  4e-16  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  24.79 
 
 		 1180 aa  89  4e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2291  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.41 
 
 		 1273 aa  88.6  5e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.07 
 
 		 715 aa  89  5e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  23.92 
 
 		 1156 aa  88.6  6e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  24.5 
 
 		 1120 aa  88.6  6e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1910  UvrD/REP helicase  26.46 
 
 		 907 aa  88.6  6e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2094  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.27 
 
 		 1273 aa  88.2  8e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.780628  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.58 
 
 		 785 aa  88.2  8e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  25.4 
 
 		 1187 aa  88.2  8e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  23.11 
 
 		 1241 aa  87.8  9e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03831  UvrD/REP helicase  26.11 
 
 		 805 aa  86.7  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.209332  normal  0.111635 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2168  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.83 
 
 		 794 aa  86.7  0.000000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.63993 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0202  UvrD/REP helicase  25.69 
 
 		 1159 aa  86.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.88 
 
 		 773 aa  86.7  0.000000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4408  UvrD/REP helicase  27.79 
 
 		 1123 aa  86.7  0.000000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.471337  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  24.6 
 
 		 1180 aa  86.3  0.000000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1669  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.7 
 
 		 805 aa  86.3  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0207  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.23 
 
 		 798 aa  86.3  0.000000000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2537  UvrD/REP helicase  25.42 
 
 		 672 aa  85.5  0.000000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.423083  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  25 
 
 		 1157 aa  85.5  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1561  UvrD/REP helicase  26.04 
 
 		 1054 aa  85.5  0.000000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03301  UvrD/REP helicase  28.68 
 
 		 809 aa  85.1  0.000000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.479147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  26.97 
 
 		 1161 aa  84.3  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0691  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.49 
 
 		 1200 aa  84.3  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0736  putative recombination protein RecB  29.84 
 
 		 939 aa  84.3  0.00000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1560  UvrD/REP helicase  26.57 
 
 		 1054 aa  84  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.538348  normal  0.490234 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1696  UvrD/REP helicase  25.78 
 
 		 793 aa  82.8  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.99054 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0382  putative recombination protein RecB  36.44 
 
 		 915 aa  82.8  0.00000000000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.309071  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0910  putative recombination protein RecB  28.11 
 
 		 933 aa  82.8  0.00000000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.646697  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2420  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.73 
 
 		 1238 aa  82.8  0.00000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.415139  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3118  UvrD/REP helicase  25.18 
 
 		 1061 aa  82.8  0.00000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674969 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.06 
 
 		 753 aa  82.4  0.00000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0344  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.58 
 
 		 1130 aa  81.6  0.00000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.29 
 
 		 753 aa  82  0.00000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2348  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.47 
 
 		 730 aa  81.6  0.00000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0164573  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  27.78 
 
 		 1119 aa  81.3  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2149  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.05 
 
 		 1203 aa  81.3  0.00000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277093  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3814  exonuclease V subunit beta  23.76 
 
 		 1183 aa  81.3  0.00000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565336  normal  0.0108471 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0387  UvrD/REP helicase  27.31 
 
 		 1164 aa  81.3  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.625573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.41 
 
 		 741 aa  80.9  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  23.63 
 
 		 1155 aa  81.3  0.0000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0993  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.44 
 
 		 1125 aa  80.9  0.0000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00861563  normal  0.126412 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>