More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_4180 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_4180  Exodeoxyribonuclease V  100 
 
 		 1073 aa  2199    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0648836 
 
 
-
 
NC_002950  PG2072  UvrD/REP helicase domain-containing protein  29.29 
 
 		 1102 aa  370  1e-101  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0914  hypothetical protein  29.87 
 
 		 913 aa  363  1e-98  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.230756 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03180  putative helicase  27.47 
 
 		 1054 aa  327  6e-88  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.927265  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0699  UvrD/REP helicase  27.78 
 
 		 1052 aa  318  5e-85  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1797  Exodeoxyribonuclease V  26.47 
 
 		 1120 aa  279  2e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00119316  normal  0.701381 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1136  UvrD/REP helicase  26.86 
 
 		 1112 aa  272  2.9999999999999997e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0229402 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0252  UvrD/REP helicase  27.95 
 
 		 1060 aa  229  3e-58  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1588  ATP-dependent DNA helicase UvrD  23.94 
 
 		 1067 aa  189  2e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1166  UvrD/REP helicase  23.73 
 
 		 1152 aa  149  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.638752 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0979  UvrD/REP helicase  28.85 
 
 		 1173 aa  142  3e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.156033  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0764  UvrD/REP helicase  26.02 
 
 		 1161 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.715309 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0386  putative recombination protein RecB  23.87 
 
 		 921 aa  122  3e-26  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.717067  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2111  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.23 
 
 		 1251 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2130  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.04 
 
 		 1223 aa  118  6e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  25.32 
 
 		 1173 aa  117  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  25.21 
 
 		 1173 aa  117  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2148  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.71 
 
 		 1259 aa  114  7.000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0910  putative recombination protein RecB  22.91 
 
 		 933 aa  114  7.000000000000001e-24  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.646697  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0681  exodeoxyribonuclease V beta chain  22.96 
 
 		 1208 aa  108  4e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.112115  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04140  UvrD/REP helicase  22.97 
 
 		 1036 aa  107  1e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0736  putative recombination protein RecB  26.79 
 
 		 939 aa  106  2e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  23.45 
 
 		 1089 aa  104  8e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1936  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.29 
 
 		 1251 aa  104  9e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1391  putative recombination protein RecB  22.12 
 
 		 923 aa  103  1e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0382  putative recombination protein RecB  23.65 
 
 		 915 aa  102  3e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.309071  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1774  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.7 
 
 		 1274 aa  102  4e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2246  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.64 
 
 		 1263 aa  102  4e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.919114 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1852  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.4 
 
 		 1269 aa  100  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1708  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  21.51 
 
 		 1118 aa  99.4  3e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09621  UvrD/REP helicase subunit B  22.87 
 
 		 1274 aa  95.5  5e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.484397 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01028  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.06 
 
 		 1336 aa  92  5e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12091  UvrD/REP helicase subunit B  25.88 
 
 		 1208 aa  90.5  2e-16  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.46 
 
 		 1197 aa  89  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1375  UvrD/REP helicase family protein  22.37 
 
 		 1110 aa  89  5e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.134048  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1697  UvrD/REP helicase  24.46 
 
 		 1182 aa  88.6  5e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1315  ATP-dependent nuclease subunit A  22.37 
 
 		 1110 aa  88.6  6e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2131  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit A  23.4 
 
 		 1187 aa  87.8  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.564437  normal  0.516906 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1910  UvrD/REP helicase  23.1 
 
 		 907 aa  87.4  0.000000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1986  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.47 
 
 		 1209 aa  86.7  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0259297  normal  0.207959 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1285  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  21.36 
 
 		 1086 aa  86.3  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.196421  normal  0.100578 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  24.58 
 
 		 1147 aa  85.1  0.000000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1043  exonuclease V subunit beta  22.66 
 
 		 1220 aa  84  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3231  exonuclease V subunit beta  22.66 
 
 		 1220 aa  84  0.00000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0991  exonuclease V subunit beta  22.66 
 
 		 1220 aa  84.3  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2420  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.71 
 
 		 1238 aa  84  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.415139  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0521  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.87 
 
 		 1274 aa  83.6  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000558508 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0761  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.87 
 
 		 1223 aa  83.2  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.238035  normal  0.093599 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2642  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.37 
 
 		 1229 aa  82.8  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0579  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.31 
 
 		 1085 aa  83.2  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4565  hypothetical protein  24.69 
 
 		 1273 aa  82  0.00000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2279  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.69 
 
 		 1273 aa  82  0.00000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0555  exonuclease RexA  22.99 
 
 		 1218 aa  81.3  0.00000000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2265  UvrD/REP helicase  22.53 
 
 		 1095 aa  79.7  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0988  UvrD/REP helicase  24.56 
 
 		 1146 aa  79.7  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.181635  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2291  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.69 
 
 		 1273 aa  79.3  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0344  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.74 
 
 		 1130 aa  79.7  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2047  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.69 
 
 		 1273 aa  79.7  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.680974  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  21.86 
 
 		 1117 aa  79.3  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0973  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.95 
 
 		 1155 aa  79.7  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.117254 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  34.75 
 
 		 1177 aa  79.3  0.0000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0372  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.55 
 
 		 1168 aa  78.6  0.0000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0389874  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0309  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.84 
 
 		 1186 aa  78.6  0.0000000000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0324  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.98 
 
 		 1129 aa  78.2  0.0000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.904758 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1055  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.6 
 
 		 1203 aa  77.4  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.39 
 
 		 1208 aa  77.4  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0953517  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2094  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.27 
 
 		 1273 aa  76.6  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.780628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0644  UvrD/REP helicase  23.75 
 
 		 1109 aa  75.9  0.000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51710  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.12 
 
 		 1226 aa  75.5  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1101  UvrD/REP helicase  23.21 
 
 		 1065 aa  75.5  0.000000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1775  hypothetical protein  22.89 
 
 		 1076 aa  75.1  0.000000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14771  UvrD/REP helicase subunit B  25.29 
 
 		 1261 aa  74.7  0.000000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.248766 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1693  Exodeoxyribonuclease V  23.79 
 
 		 1125 aa  74.3  0.00000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0468  UvrD/REP helicase  24.43 
 
 		 1134 aa  74.3  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  24.19 
 
 		 1187 aa  73.6  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3622  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  22.54 
 
 		 1135 aa  73.9  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.750566 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10831  UvrD/REP helicase subunit B  24.87 
 
 		 1265 aa  73.6  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.261186  normal  0.314032 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0025  recombination helicase AddA  22.55 
 
 		 1270 aa  73.2  0.00000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3578  UvrD/REP helicase  36.04 
 
 		 995 aa  73.2  0.00000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0645  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.95 
 
 		 1261 aa  72.4  0.00000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1893  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.11 
 
 		 1200 aa  72  0.00000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000174869 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0025  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.94 
 
 		 1271 aa  72  0.00000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1681  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  23.25 
 
 		 1217 aa  71.6  0.00000000007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0804  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.45 
 
 		 1242 aa  71.6  0.00000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.888497  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1776  hypothetical protein  22.79 
 
 		 1076 aa  71.2  0.00000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  29.45 
 
 		 1173 aa  70.9  0.0000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7807  UvrD/REP helicase  23.93 
 
 		 1124 aa  70.1  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2822  UvrD/REP helicase  26.08 
 
 		 826 aa  70.1  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.467404 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0004  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.46 
 
 		 1203 aa  70.1  0.0000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08490  ATP-dependent exonuclase V beta subunit, helicase and exonuclease domain-containing  20.58 
 
 		 1251 aa  70.1  0.0000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.266931 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1828  putative recombination protein RecB  32.33 
 
 		 921 aa  69.7  0.0000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00117116  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0929  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.13 
 
 		 1216 aa  69.7  0.0000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  22.15 
 
 		 1155 aa  69.3  0.0000000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2325  UvrD/REP helicase  24.26 
 
 		 1087 aa  69.3  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2025  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.58 
 
 		 1224 aa  69.3  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00520  DNA-dependent helicase II  26.25 
 
 		 726 aa  68.9  0.0000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3320  exonuclease V subunit beta  22.03 
 
 		 1181 aa  68.9  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.602721 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3397  DNA-dependent helicase II  32.1 
 
 		 727 aa  68.6  0.0000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0691  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.05 
 
 		 1200 aa  68.2  0.0000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1474  putative recombination protein RecB  24.23 
 
 		 921 aa  68.2  0.0000000009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.000740501  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>