More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1777 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4673  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  42.54 
 
 		 1224 aa  785    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.214082 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1777  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  100 
 
 		 1272 aa  2512    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000848552 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1624  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  42.5 
 
 		 1240 aa  726    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.547512  normal  0.545211 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1848  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  50.23 
 
 		 1321 aa  995    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4851  exodeoxyribonuclease V beta chain  40.97 
 
 		 1244 aa  729    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0777  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  42.74 
 
 		 1230 aa  789    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0681  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  42.78 
 
 		 1230 aa  786    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.639627  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51710  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  45.24 
 
 		 1226 aa  806    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0689  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  42.15 
 
 		 1229 aa  781    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0221198  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2025  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  42.67 
 
 		 1224 aa  788    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4568  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  50.73 
 
 		 1263 aa  1121    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2547  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  44.46 
 
 		 1198 aa  877    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.789149 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0761  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  43.77 
 
 		 1223 aa  813    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.238035  normal  0.093599 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1986  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  44.97 
 
 		 1209 aa  786    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0259297  normal  0.207959 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4537  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  42.54 
 
 		 1224 aa  786    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.227788  normal  0.354601 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0804  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  44.33 
 
 		 1242 aa  750    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.888497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55670  exodeoxyribonuclease V beta chain  41.87 
 
 		 1245 aa  724    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.80629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4671  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  42.41 
 
 		 1224 aa  779    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000828259 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2932  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  44.46 
 
 		 1198 aa  877    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0011  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  39.42 
 
 		 1241 aa  707    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0521  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  51.63 
 
 		 1274 aa  1054    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000558508 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1270  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  43.35 
 
 		 1240 aa  780    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1981  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  37.19 
 
 		 1259 aa  656    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.335433  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1904  exodeoxyribonuclease V, 135 kDa subunit  37.74 
 
 		 1208 aa  613  9.999999999999999e-175  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002685  exodeoxyribonuclease V beta chain  36.01 
 
 		 1224 aa  602  1e-170  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1169  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  39.16 
 
 		 1269 aa  599  1e-169  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03301  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  35.03 
 
 		 1212 aa  585  1.0000000000000001e-165  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0914  exonuclease V subunit beta  38.08 
 
 		 1194 aa  580  1e-164  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3389  exonuclease V subunit beta  37.16 
 
 		 1203 aa  570  1e-161  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0681  exodeoxyribonuclease V beta chain  33.75 
 
 		 1208 aa  570  1e-161  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.112115  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3814  exonuclease V subunit beta  36.39 
 
 		 1183 aa  565  1.0000000000000001e-159  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565336  normal  0.0108471 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1459  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.49 
 
 		 1226 aa  561  1e-158  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3320  exonuclease V subunit beta  35.21 
 
 		 1181 aa  556  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.602721 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3263  exonuclease V subunit beta  34.59 
 
 		 1181 aa  555  1e-156  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3157  exonuclease V subunit beta  35.18 
 
 		 1181 aa  551  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3140  exonuclease V subunit beta  35.21 
 
 		 1181 aa  551  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3206  exonuclease V subunit beta  35.21 
 
 		 1181 aa  551  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.146819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1043  exonuclease V subunit beta  36.47 
 
 		 1220 aa  552  1e-155  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3231  exonuclease V subunit beta  36.47 
 
 		 1220 aa  552  1e-155  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3220  exonuclease V subunit beta  35.21 
 
 		 1181 aa  551  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0991  exonuclease V subunit beta  36.47 
 
 		 1220 aa  552  1e-155  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02668  exonuclease V (RecBCD complex), beta subunit  34.57 
 
 		 1180 aa  548  1e-154  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.501353  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3042  exonuclease V subunit beta  34.96 
 
 		 1180 aa  548  1e-154  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02629  hypothetical protein  34.57 
 
 		 1180 aa  548  1e-154  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.447852  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2967  exonuclease V subunit beta  34.72 
 
 		 1170 aa  546  1e-154  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.483472  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0871  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.83 
 
 		 1180 aa  545  1e-153  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3232  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.08 
 
 		 1240 aa  545  1e-153  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0067022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0895  exonuclease V subunit beta  34.83 
 
 		 1180 aa  545  1e-153  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.861993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4085  exonuclease V subunit beta  34.47 
 
 		 1180 aa  546  1e-153  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3140  exonuclease V subunit beta  34.75 
 
 		 1180 aa  543  1e-153  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2966  exonuclease V subunit beta  34.83 
 
 		 1180 aa  545  1e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3007  exonuclease V subunit beta  35.69 
 
 		 1189 aa  534  1e-150  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1936  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.89 
 
 		 1251 aa  524  1e-147  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2642  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.23 
 
 		 1229 aa  523  1e-147  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2352  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.02 
 
 		 1355 aa  525  1e-147  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2047  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.91 
 
 		 1273 aa  511  1e-143  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.680974  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2094  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.76 
 
 		 1273 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.780628  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2291  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.94 
 
 		 1273 aa  506  1e-141  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4565  hypothetical protein  32.91 
 
 		 1273 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2279  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.91 
 
 		 1273 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2130  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.05 
 
 		 1223 aa  502  1e-140  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2420  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.88 
 
 		 1238 aa  503  1e-140  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.415139  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1901  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.86 
 
 		 1224 aa  503  1e-140  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2148  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.61 
 
 		 1259 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2111  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.9 
 
 		 1251 aa  495  9.999999999999999e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1774  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.61 
 
 		 1274 aa  491  1e-137  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2534  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.08 
 
 		 1276 aa  493  1e-137  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1852  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.28 
 
 		 1269 aa  486  1e-135  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2246  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.36 
 
 		 1263 aa  482  1e-134  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.919114 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0546  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.72 
 
 		 1183 aa  469  9.999999999999999e-131  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0929  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.08 
 
 		 1216 aa  459  1e-127  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1893  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.63 
 
 		 1200 aa  448  1.0000000000000001e-124  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000174869 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0769  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.25 
 
 		 1207 aa  421  1e-116  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1534  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.04 
 
 		 1204 aa  412  1e-113  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2149  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.25 
 
 		 1203 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277093  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01028  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.92 
 
 		 1336 aa  403  9.999999999999999e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1757  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.88 
 
 		 1320 aa  380  1e-104  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1359  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.25 
 
 		 1226 aa  373  1e-101  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.182882  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4014  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.05 
 
 		 1226 aa  370  1e-101  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.398722 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0372  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.82 
 
 		 1168 aa  366  1e-99  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0389874  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1814  exodeoxyribonuclease V beta chain  32.79 
 
 		 1242 aa  365  4e-99  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2768  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.27 
 
 		 1286 aa  357  5.999999999999999e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0324  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.38 
 
 		 1129 aa  357  6.999999999999999e-97  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.904758 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0344  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.88 
 
 		 1130 aa  347  7e-94  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1386  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.69 
 
 		 1263 aa  347  8.999999999999999e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1055  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.38 
 
 		 1203 aa  346  2e-93  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1390  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.5 
 
 		 1270 aa  344  7e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1520  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.52 
 
 		 1934 aa  343  1e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.604792  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1769  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.42 
 
 		 1270 aa  342  2e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0472  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.42 
 
 		 1270 aa  342  2e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.352906  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0680  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.42 
 
 		 1270 aa  342  2e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1189  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.42 
 
 		 1270 aa  342  2e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1614  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.09 
 
 		 1232 aa  325  5e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0364449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1748  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.19 
 
 		 1241 aa  319  2e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2838  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.81 
 
 		 1230 aa  311  4e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.506585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0579  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.39 
 
 		 1085 aa  310  8e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4323  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.13 
 
 		 1236 aa  310  1.0000000000000001e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.182798  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1401  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.89 
 
 		 1221 aa  306  1.0000000000000001e-81  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1098  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.97 
 
 		 1234 aa  306  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0918971  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0691  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.61 
 
 		 1200 aa  304  6.000000000000001e-81  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>