More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4673 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02668  exonuclease V (RecBCD complex), beta subunit  40.97 
 
 		 1180 aa  719    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.501353  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0871  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  40.8 
 
 		 1180 aa  715    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4673  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  100 
 
 		 1224 aa  2484    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.214082 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4851  exodeoxyribonuclease V beta chain  54.16 
 
 		 1244 aa  1151    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3814  exonuclease V subunit beta  42.38 
 
 		 1183 aa  764    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565336  normal  0.0108471 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1777  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  42.61 
 
 		 1272 aa  781    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000848552 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1981  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  39.46 
 
 		 1259 aa  747    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.335433  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1904  exodeoxyribonuclease V, 135 kDa subunit  40.69 
 
 		 1208 aa  743    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3263  exonuclease V subunit beta  40.48 
 
 		 1181 aa  713    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2148  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  37.04 
 
 		 1259 aa  647    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0777  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  67.51 
 
 		 1230 aa  1630    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2111  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.6 
 
 		 1251 aa  644    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1848  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  47.39 
 
 		 1321 aa  644    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2547  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  40.92 
 
 		 1198 aa  739    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.789149 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2932  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  40.92 
 
 		 1198 aa  739    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0681  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  67.8 
 
 		 1230 aa  1635    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.639627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4537  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  99.18 
 
 		 1224 aa  2464    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.227788  normal  0.354601 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51710  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  61.39 
 
 		 1226 aa  1399    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3232  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.24 
 
 		 1240 aa  692    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0067022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0689  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  68.41 
 
 		 1229 aa  1633    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0221198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2642  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  37.37 
 
 		 1229 aa  669    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3220  exonuclease V subunit beta  40.73 
 
 		 1181 aa  723    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1986  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  62.71 
 
 		 1209 aa  1400    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0259297  normal  0.207959 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3206  exonuclease V subunit beta  40.81 
 
 		 1181 aa  723    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.146819  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1624  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  51.05 
 
 		 1240 aa  1022    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.547512  normal  0.545211 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0761  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  88 
 
 		 1223 aa  2186    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.238035  normal  0.093599 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02629  hypothetical protein  40.97 
 
 		 1180 aa  719    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.447852  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3007  exonuclease V subunit beta  41.63 
 
 		 1189 aa  734    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0895  exonuclease V subunit beta  40.8 
 
 		 1180 aa  715    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.861993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1043  exonuclease V subunit beta  42.67 
 
 		 1220 aa  741    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3231  exonuclease V subunit beta  42.67 
 
 		 1220 aa  741    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1936  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  37.35 
 
 		 1251 aa  659    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1169  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  43.38 
 
 		 1269 aa  757    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3320  exonuclease V subunit beta  40.89 
 
 		 1181 aa  728    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.602721 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2420  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.28 
 
 		 1238 aa  660    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.415139  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0914  exonuclease V subunit beta  41.09 
 
 		 1194 aa  735    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0681  exodeoxyribonuclease V beta chain  37.8 
 
 		 1208 aa  726    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.112115  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3157  exonuclease V subunit beta  40.89 
 
 		 1181 aa  722    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0991  exonuclease V subunit beta  42.67 
 
 		 1220 aa  741    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3389  exonuclease V subunit beta  41.02 
 
 		 1203 aa  736    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0521  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  43.49 
 
 		 1274 aa  788    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000558508 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1774  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.41 
 
 		 1274 aa  641    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0804  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  52.43 
 
 		 1242 aa  1110    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.888497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2534  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.83 
 
 		 1276 aa  643    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4671  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  95.33 
 
 		 1224 aa  2324    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000828259 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002685  exodeoxyribonuclease V beta chain  39.25 
 
 		 1224 aa  760    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55670  exodeoxyribonuclease V beta chain  53.96 
 
 		 1245 aa  1145    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.80629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03301  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  39.01 
 
 		 1212 aa  742    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3042  exonuclease V subunit beta  41.05 
 
 		 1180 aa  722    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3140  exonuclease V subunit beta  40.72 
 
 		 1180 aa  713    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2025  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  54.32 
 
 		 1224 aa  1231    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2246  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.64 
 
 		 1263 aa  643    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.919114 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2967  exonuclease V subunit beta  41.05 
 
 		 1170 aa  722    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.483472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3140  exonuclease V subunit beta  40.81 
 
 		 1181 aa  722    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1901  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  37.85 
 
 		 1224 aa  638    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4085  exonuclease V subunit beta  40.89 
 
 		 1180 aa  716    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1459  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  37.44 
 
 		 1226 aa  720    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0011  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  47.01 
 
 		 1241 aa  979    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4568  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  44 
 
 		 1263 aa  847    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2966  exonuclease V subunit beta  40.8 
 
 		 1180 aa  715    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1270  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  50.36 
 
 		 1240 aa  1043    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2047  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.99 
 
 		 1273 aa  635  1e-180  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.680974  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2094  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.07 
 
 		 1273 aa  632  1e-180  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.780628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1852  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.5 
 
 		 1269 aa  635  1e-180  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2291  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.29 
 
 		 1273 aa  630  1e-179  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2130  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.97 
 
 		 1223 aa  629  1e-179  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2279  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.08 
 
 		 1273 aa  624  1e-177  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4565  hypothetical protein  36.08 
 
 		 1273 aa  624  1e-177  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2352  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.84 
 
 		 1355 aa  615  9.999999999999999e-175  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0546  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.79 
 
 		 1183 aa  569  1e-160  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0929  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.19 
 
 		 1216 aa  530  1e-149  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1893  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.5 
 
 		 1200 aa  520  1e-146  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000174869 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0769  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.93 
 
 		 1207 aa  496  1e-139  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2149  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.67 
 
 		 1203 aa  494  9.999999999999999e-139  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277093  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1433  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.47 
 
 		 1199 aa  483  1e-134  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1614  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.3 
 
 		 1232 aa  482  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0364449  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1534  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.73 
 
 		 1204 aa  478  1e-133  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1748  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.9 
 
 		 1241 aa  474  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0691  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.6 
 
 		 1200 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2838  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.8 
 
 		 1230 aa  469  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.506585  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0372  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.75 
 
 		 1168 aa  464  1e-129  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0389874  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2768  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.76 
 
 		 1286 aa  460  9.999999999999999e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1401  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.12 
 
 		 1221 aa  461  9.999999999999999e-129  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1359  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.31 
 
 		 1226 aa  460  1e-127  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.182882  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1055  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.94 
 
 		 1203 aa  453  1e-125  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01028  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.72 
 
 		 1336 aa  446  1e-123  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4323  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.33 
 
 		 1236 aa  443  9.999999999999999e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.182798  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4014  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.36 
 
 		 1226 aa  442  9.999999999999999e-123  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.398722 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0997  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.36 
 
 		 1203 aa  434  1e-120  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.749431 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1386  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.14 
 
 		 1263 aa  432  1e-119  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1769  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.96 
 
 		 1270 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0680  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.96 
 
 		 1270 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0472  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.96 
 
 		 1270 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.352906  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1757  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.71 
 
 		 1320 aa  432  1e-119  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1390  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.96 
 
 		 1270 aa  432  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1189  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.96 
 
 		 1270 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1520  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.98 
 
 		 1934 aa  428  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.604792  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0579  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.7 
 
 		 1085 aa  413  1e-113  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0344  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.9 
 
 		 1130 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0324  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.99 
 
 		 1129 aa  410  1.0000000000000001e-112  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.904758 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>