More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4568 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4673  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  43.92 
 
 		 1224 aa  838    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.214082 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1624  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  41.52 
 
 		 1240 aa  749    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.547512  normal  0.545211 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0777  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  43.93 
 
 		 1230 aa  846    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0681  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  42.98 
 
 		 1230 aa  839    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.639627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0689  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  43.06 
 
 		 1229 aa  832    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0221198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4851  exodeoxyribonuclease V beta chain  42.12 
 
 		 1244 aa  790    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4537  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  43.92 
 
 		 1224 aa  840    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.227788  normal  0.354601 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002685  exodeoxyribonuclease V beta chain  36.58 
 
 		 1224 aa  640    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4671  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  42.85 
 
 		 1224 aa  819    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000828259 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2547  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  44.07 
 
 		 1198 aa  885    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.789149 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2025  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  42.76 
 
 		 1224 aa  812    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4568  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  100 
 
 		 1263 aa  2555    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1986  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  43.34 
 
 		 1209 aa  801    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0259297  normal  0.207959 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0804  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  43.62 
 
 		 1242 aa  793    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.888497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55670  exodeoxyribonuclease V beta chain  41.56 
 
 		 1245 aa  778    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.80629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1777  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  50.7 
 
 		 1272 aa  1111    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000848552 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0761  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  43.96 
 
 		 1223 aa  849    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.238035  normal  0.093599 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2932  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  44.07 
 
 		 1198 aa  885    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1848  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  53.24 
 
 		 1321 aa  1138    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0011  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.85 
 
 		 1241 aa  701    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0521  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  55.45 
 
 		 1274 aa  1206    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000558508 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51710  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  45.1 
 
 		 1226 aa  848    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1270  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  41.24 
 
 		 1240 aa  761    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1169  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.39 
 
 		 1269 aa  628  1e-178  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1904  exodeoxyribonuclease V, 135 kDa subunit  37.29 
 
 		 1208 aa  628  1e-178  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03301  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  35.67 
 
 		 1212 aa  617  1e-175  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1981  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.34 
 
 		 1259 aa  613  9.999999999999999e-175  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.335433  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0991  exonuclease V subunit beta  36.59 
 
 		 1220 aa  595  1e-168  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1043  exonuclease V subunit beta  36.59 
 
 		 1220 aa  595  1e-168  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3231  exonuclease V subunit beta  36.59 
 
 		 1220 aa  595  1e-168  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1459  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.2 
 
 		 1226 aa  583  1.0000000000000001e-165  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0681  exodeoxyribonuclease V beta chain  32.93 
 
 		 1208 aa  580  1e-164  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.112115  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3814  exonuclease V subunit beta  36.63 
 
 		 1183 aa  582  1e-164  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565336  normal  0.0108471 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3320  exonuclease V subunit beta  36.21 
 
 		 1181 aa  578  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.602721 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3263  exonuclease V subunit beta  36.37 
 
 		 1181 aa  574  1.0000000000000001e-162  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3232  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.74 
 
 		 1240 aa  570  1e-161  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0067022  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02668  exonuclease V (RecBCD complex), beta subunit  35.57 
 
 		 1180 aa  568  1e-160  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.501353  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0871  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.99 
 
 		 1180 aa  566  1e-160  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3220  exonuclease V subunit beta  36.06 
 
 		 1181 aa  569  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2966  exonuclease V subunit beta  35.99 
 
 		 1180 aa  566  1e-160  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3140  exonuclease V subunit beta  36.21 
 
 		 1181 aa  568  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02629  hypothetical protein  35.57 
 
 		 1180 aa  568  1e-160  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.447852  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3157  exonuclease V subunit beta  36.14 
 
 		 1181 aa  569  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3042  exonuclease V subunit beta  35.91 
 
 		 1180 aa  567  1e-160  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3206  exonuclease V subunit beta  36.14 
 
 		 1181 aa  568  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.146819  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3007  exonuclease V subunit beta  36.16 
 
 		 1189 aa  567  1e-160  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0895  exonuclease V subunit beta  35.99 
 
 		 1180 aa  566  1e-160  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.861993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3140  exonuclease V subunit beta  36.07 
 
 		 1180 aa  568  1e-160  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4085  exonuclease V subunit beta  35.57 
 
 		 1180 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2967  exonuclease V subunit beta  35.53 
 
 		 1170 aa  560  1e-158  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.483472  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0914  exonuclease V subunit beta  35.69 
 
 		 1194 aa  562  1e-158  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2111  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.67 
 
 		 1251 aa  557  1e-157  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3389  exonuclease V subunit beta  35.55 
 
 		 1203 aa  556  1e-157  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2047  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.76 
 
 		 1273 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.680974  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2291  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.46 
 
 		 1273 aa  537  1e-151  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1852  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.96 
 
 		 1269 aa  538  1e-151  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2094  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.16 
 
 		 1273 aa  537  1e-151  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.780628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2642  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.46 
 
 		 1229 aa  535  1e-150  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2148  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.93 
 
 		 1259 aa  536  1e-150  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2246  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.96 
 
 		 1263 aa  534  1e-150  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.919114 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2279  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.46 
 
 		 1273 aa  533  1e-149  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1774  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.54 
 
 		 1274 aa  532  1e-149  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4565  hypothetical protein  33.46 
 
 		 1273 aa  533  1e-149  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2420  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.66 
 
 		 1238 aa  531  1e-149  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.415139  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1936  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.01 
 
 		 1251 aa  529  1e-148  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2130  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.59 
 
 		 1223 aa  505  1e-141  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1901  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.8 
 
 		 1224 aa  506  1e-141  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2352  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.46 
 
 		 1355 aa  502  1e-140  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2534  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.26 
 
 		 1276 aa  497  1e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1757  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.85 
 
 		 1320 aa  473  1.0000000000000001e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0929  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.28 
 
 		 1216 aa  451  1e-125  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0769  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.98 
 
 		 1207 aa  435  1e-120  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0546  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.92 
 
 		 1183 aa  434  1e-120  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01028  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.95 
 
 		 1336 aa  434  1e-120  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1893  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.25 
 
 		 1200 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000174869 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0372  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.27 
 
 		 1168 aa  405  1e-111  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0389874  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2768  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.92 
 
 		 1286 aa  402  9.999999999999999e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1534  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.18 
 
 		 1204 aa  398  1e-109  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1614  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.98 
 
 		 1232 aa  379  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0364449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2149  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.52 
 
 		 1203 aa  378  1e-103  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277093  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4014  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.29 
 
 		 1226 aa  378  1e-103  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.398722 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1359  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.47 
 
 		 1226 aa  375  1e-102  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.182882  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2838  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.74 
 
 		 1230 aa  370  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.506585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1433  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.9 
 
 		 1199 aa  369  1e-100  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1055  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.06 
 
 		 1203 aa  363  1e-98  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1401  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.53 
 
 		 1221 aa  361  5e-98  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1390  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.88 
 
 		 1270 aa  357  8.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1520  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.17 
 
 		 1934 aa  356  2e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.604792  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1386  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.89 
 
 		 1263 aa  355  2e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1769  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31 
 
 		 1270 aa  353  1e-95  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0472  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31 
 
 		 1270 aa  353  1e-95  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.352906  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0680  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31 
 
 		 1270 aa  353  1e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1189  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31 
 
 		 1270 aa  353  1e-95  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03906  exodeoxyribonuclease V beta chain  32.57 
 
 		 1357 aa  343  2e-92  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2851  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.94 
 
 		 1321 aa  337  5.999999999999999e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.191976  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0324  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.77 
 
 		 1129 aa  332  2e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.904758 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0344  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.59 
 
 		 1130 aa  327  6e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1746  UvrD/REP helicase  30.91 
 
 		 1243 aa  324  8e-87  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1814  exodeoxyribonuclease V beta chain  30.8 
 
 		 1242 aa  315  3.9999999999999997e-84  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0579  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.01 
 
 		 1085 aa  315  3.9999999999999997e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>