More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0979 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_1588  ATP-dependent DNA helicase UvrD  40.78 
 
 		 1067 aa  735    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0979  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1173 aa  2396    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.156033  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1166  UvrD/REP helicase  43.29 
 
 		 1152 aa  808    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.638752 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0764  UvrD/REP helicase  42.48 
 
 		 1161 aa  761    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.715309 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0699  UvrD/REP helicase  24.21 
 
 		 1052 aa  184  1e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0914  hypothetical protein  24.31 
 
 		 913 aa  176  1.9999999999999998e-42  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.230756 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1136  UvrD/REP helicase  28.28 
 
 		 1112 aa  169  4e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0229402 
 
 
-
 
NC_002950  PG2072  UvrD/REP helicase domain-containing protein  25.03 
 
 		 1102 aa  165  5.0000000000000005e-39  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03180  putative helicase  25.25 
 
 		 1054 aa  143  1.9999999999999998e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.927265  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4180  Exodeoxyribonuclease V  28.85 
 
 		 1073 aa  142  4.999999999999999e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0648836 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0252  UvrD/REP helicase  27.15 
 
 		 1060 aa  136  3e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  25.91 
 
 		 1156 aa  131  9.000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  27.46 
 
 		 1147 aa  130  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1797  Exodeoxyribonuclease V  26.62 
 
 		 1120 aa  125  5e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00119316  normal  0.701381 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  28.77 
 
 		 1124 aa  124  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0387  ATP-dependent DNA helicase UvrD  21.74 
 
 		 860 aa  123  1.9999999999999998e-26  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  28.62 
 
 		 1157 aa  122  3e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  24.52 
 
 		 1125 aa  122  4.9999999999999996e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  24.97 
 
 		 1155 aa  120  1.9999999999999998e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0004  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.45 
 
 		 1203 aa  118  6.9999999999999995e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0910  putative recombination protein RecB  25.77 
 
 		 933 aa  118  7.999999999999999e-25  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.646697  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  27.29 
 
 		 1187 aa  117  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  29.79 
 
 		 1180 aa  114  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  23.11 
 
 		 1282 aa  114  1.0000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0986  recombination helicase AddA  24.84 
 
 		 1217 aa  113  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0857621  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.69 
 
 		 1241 aa  113  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  24.84 
 
 		 1217 aa  113  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0382  putative recombination protein RecB  24.95 
 
 		 915 aa  114  2.0000000000000002e-23  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.309071  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2094  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.21 
 
 		 1273 aa  110  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.780628  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  28.27 
 
 		 1180 aa  109  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1893  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.14 
 
 		 1200 aa  110  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000174869 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  25.83 
 
 		 1119 aa  110  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  28.27 
 
 		 1180 aa  109  4e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.79 
 
 		 1241 aa  109  4e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.78 
 
 		 1230 aa  108  5e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.79 
 
 		 1241 aa  108  6e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  26.75 
 
 		 1121 aa  108  8e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.79 
 
 		 1241 aa  107  1e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3042  exonuclease V subunit beta  24.22 
 
 		 1180 aa  107  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.69 
 
 		 1241 aa  106  2e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2967  exonuclease V subunit beta  24.22 
 
 		 1170 aa  107  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.483472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  26.43 
 
 		 1177 aa  107  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  23.4 
 
 		 1241 aa  105  4e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4085  exonuclease V subunit beta  24.24 
 
 		 1180 aa  105  5e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3263  exonuclease V subunit beta  23.86 
 
 		 1181 aa  105  6e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02668  exonuclease V (RecBCD complex), beta subunit  24.22 
 
 		 1180 aa  103  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.501353  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0871  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.22 
 
 		 1180 aa  103  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0555  exonuclease RexA  22.8 
 
 		 1218 aa  103  2e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02629  hypothetical protein  24.22 
 
 		 1180 aa  103  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.447852  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3140  exonuclease V subunit beta  24.22 
 
 		 1180 aa  103  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0895  exonuclease V subunit beta  24.22 
 
 		 1180 aa  103  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.861993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2966  exonuclease V subunit beta  24.22 
 
 		 1180 aa  103  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1910  UvrD/REP helicase  27.94 
 
 		 907 aa  102  4e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2352  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.74 
 
 		 1355 aa  102  6e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0644  UvrD/REP helicase  27.38 
 
 		 1109 aa  101  1e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0033  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.24 
 
 		 1089 aa  100  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.115384 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2420  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.58 
 
 		 1238 aa  99.8  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.415139  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2076  UvrD/REP helicase  27.11 
 
 		 1240 aa  100  2e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.692604  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  23.47 
 
 		 1089 aa  99.4  3e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1936  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.38 
 
 		 1251 aa  99.4  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1852  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.03 
 
 		 1269 aa  99.8  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1486  recombination helicase AddA  27.08 
 
 		 1242 aa  98.6  6e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2246  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.05 
 
 		 1263 aa  98.6  6e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.919114 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04140  UvrD/REP helicase  26.46 
 
 		 1036 aa  97.8  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2175  double-strand break repair helicase AddA  26.67 
 
 		 1164 aa  97.8  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.997727 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0671  recombination helicase AddA  24.7 
 
 		 1244 aa  97.4  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4286  double-strand break repair helicase AddA  27.17 
 
 		 1183 aa  96.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.564831 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  26.49 
 
 		 1161 aa  96.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3320  exonuclease V subunit beta  23.67 
 
 		 1181 aa  96.3  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.602721 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1774  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.13 
 
 		 1274 aa  96.3  3e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1055  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.16 
 
 		 1203 aa  96.3  3e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  26.61 
 
 		 1182 aa  96.3  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3578  UvrD/REP helicase  25.42 
 
 		 995 aa  95.5  5e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4954  double-strand break repair helicase AddA  27.11 
 
 		 1147 aa  94.7  8e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.218744 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3300  double-strand break repair helicase AddA  29.29 
 
 		 1167 aa  94.7  9e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.107239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3389  exonuclease V subunit beta  25.51 
 
 		 1203 aa  94.7  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2642  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.96 
 
 		 1229 aa  94.4  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  25.78 
 
 		 1173 aa  94.4  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  26.69 
 
 		 1183 aa  94.4  1e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  26.02 
 
 		 1242 aa  93.6  2e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2039  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.44 
 
 		 1251 aa  93.2  3e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3157  exonuclease V subunit beta  23.67 
 
 		 1181 aa  93.2  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0202  UvrD/REP helicase  26.2 
 
 		 1159 aa  92.8  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3140  exonuclease V subunit beta  23.67 
 
 		 1181 aa  92.8  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  25.53 
 
 		 1106 aa  92.4  4e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1986  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.78 
 
 		 1209 aa  92  5e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0259297  normal  0.207959 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4565  hypothetical protein  24.46 
 
 		 1273 aa  92  5e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2279  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.46 
 
 		 1273 aa  92  5e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0579  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.94 
 
 		 1085 aa  92  5e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3206  exonuclease V subunit beta  23.67 
 
 		 1181 aa  92  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.146819  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  25.27 
 
 		 1185 aa  92  6e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0387  UvrD/REP helicase  27.89 
 
 		 1164 aa  91.7  7e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.625573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1561  UvrD/REP helicase  24.92 
 
 		 1054 aa  91.3  1e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3220  exonuclease V subunit beta  23.64 
 
 		 1181 aa  91.3  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0090  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.93 
 
 		 1156 aa  91.3  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195606  normal  0.386807 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2130  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.39 
 
 		 1223 aa  91.3  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0467  ATP-dependent DNA helicase UvrD  23.08 
 
 		 907 aa  90.9  1e-16  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4408  UvrD/REP helicase  28.36 
 
 		 1123 aa  91.3  1e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.471337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  25.72 
 
 		 1061 aa  90.1  2e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1901  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.78 
 
 		 1224 aa  90.5  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>