More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3680 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3680  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 302 aa  615  1e-175  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0670  LysR family transcriptional regulator  74.58 
 
 		 303 aa  458  9.999999999999999e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87688  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0522  transcriptional regulator, LysR family  71.72 
 
 		 298 aa  442  1e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0551  LysR family transcriptional regulator  71.53 
 
 		 299 aa  429  1e-119  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2575  LysR family transcriptional regulator  40.99 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 306 aa  199  5e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.86 
 
 		 307 aa  198  7.999999999999999e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.18 
 
 		 298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 303 aa  195  7e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  39.19 
 
 		 306 aa  193  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.25 
 
 		 302 aa  192  4e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2674  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 294 aa  191  9e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 298 aa  189  4e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 295 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 298 aa  189  7e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 290 aa  188  1e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50600  transcriptional regulator  38.6 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.857605  normal  0.0631781 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 		 335 aa  187  2e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1993  putative transcriptional regulator  39.02 
 
 		 306 aa  186  4e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1718  transcriptional regulator, LysR family  36.75 
 
 		 303 aa  186  4e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.296556  normal  0.0833861 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 296 aa  186  5e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 303 aa  183  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 298 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  35.4 
 
 		 298 aa  180  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 303 aa  180  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 298 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1239  LysR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 323 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 302 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  35.54 
 
 		 293 aa  179  7e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3267  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 302 aa  179  7e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.995202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0765  LysR, substrate-binding  36.24 
 
 		 299 aa  178  8e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.960601  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 298 aa  177  1e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39160  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 311 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.255585  normal  0.408672 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2605  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.983354  normal  0.529075 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5388  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5474  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4311  transcriptional regulator  38.6 
 
 		 304 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 291 aa  176  6e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.21 
 
 		 315 aa  175  8e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2027  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 321 aa  175  8e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.4312  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1075  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 324 aa  175  8e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0356329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 297 aa  175  9e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2119  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 325 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  32.51 
 
 		 300 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5530  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 324 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3137  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 294 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 294 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4613  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.565718 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2226  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 324 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  35.35 
 
 		 309 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2339  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 317 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  34.65 
 
 		 305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5876  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 324 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2201  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 324 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.253143  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  35.29 
 
 		 293 aa  173  3.9999999999999995e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2240  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 325 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00906  transcription regulator protein  36.11 
 
 		 292 aa  172  5e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.440828 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1948  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 325 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0632109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  36.14 
 
 		 303 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  32.51 
 
 		 300 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2944  putative transcriptional regulator  36.68 
 
 		 297 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625117  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002880  putative transcriptional regulator LysR family  33.33 
 
 		 291 aa  172  9e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34690  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 297 aa  171  9e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0262778  normal  0.106193 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 313 aa  171  1e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1518  transcriptional regulator, LysR family  35.18 
 
 		 317 aa  171  1e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.462963  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1475  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 325 aa  171  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 342 aa  171  1e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  34.11 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2916  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 300 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  33.8 
 
 		 300 aa  171  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.97 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 299 aa  170  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0567  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 299 aa  170  2e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0502789  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  32.67 
 
 		 313 aa  170  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3335  putative transcriptional regulator  34.98 
 
 		 311 aa  170  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.661224  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 299 aa  170  3e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3143  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 336 aa  170  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.937784  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  32.85 
 
 		 299 aa  170  3e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1405  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 329 aa  169  4e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223999  normal  0.124738 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 302 aa  169  4e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 298 aa  169  4e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 343 aa  169  4e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  32.88 
 
 		 313 aa  169  4e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3906  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 307 aa  169  4e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>