168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_1548 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_1548  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 1051 aa  2095    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637066  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4719  peptidoglycan-binding LysM  33.46 
 
 		 1079 aa  425  1e-117  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2229  peptidoglycan-binding LysM  32.61 
 
 		 1086 aa  385  1e-105  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0678  transcriptional regulator, SARP family  31.09 
 
 		 1066 aa  240  1e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2755  Peptidoglycan-binding LysM  34.23 
 
 		 1147 aa  225  3e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00369257  normal  0.0269725 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4135  hypothetical protein  27.77 
 
 		 1002 aa  123  1.9999999999999998e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1313  hypothetical protein  28.86 
 
 		 969 aa  100  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.489713 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0409  peptidoglycan-binding LysM  27.92 
 
 		 1385 aa  96.3  3e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.617719 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4651  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  33.82 
 
 		 1124 aa  94.7  8e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.839576 
 
 
-
 
NC_013531  Xcel_3426  Peptidoglycan-binding LysM  31.1 
 
 		 1091 aa  92  6e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8210  hypothetical protein  33.62 
 
 		 1090 aa  88.6  6e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3125  integral membrane protein  39.52 
 
 		 628 aa  87.8  9e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.435846  hitchhiker  0.000875177 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2273  Peptidoglycan-binding LysM  37.72 
 
 		 546 aa  73.6  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000673972  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4039  transcriptional regulator, SARP family  31.12 
 
 		 1041 aa  72  0.00000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.039203  normal  0.0409603 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2152  Peptidoglycan-binding LysM  37.5 
 
 		 334 aa  68.6  0.0000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1766  hypothetical protein  60.42 
 
 		 531 aa  67.8  0.0000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.905557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0233  peptidoglycan-binding LysM  37.61 
 
 		 242 aa  65.1  0.000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  47.37 
 
 		 219 aa  65.1  0.000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8593  Peptidoglycan-binding LysM  31.03 
 
 		 356 aa  64.7  0.000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.902374  normal  0.799796 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3327  peptidoglycan-binding LysM  24.92 
 
 		 1123 aa  63.9  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.172022  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8747  Peptidoglycan-binding LysM  34.56 
 
 		 994 aa  62  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.358141 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0979  peptidoglycan-binding LysM  57.78 
 
 		 651 aa  60.8  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0991  peptidoglycan-binding LysM  50.98 
 
 		 339 aa  60.8  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0156975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1442  hypothetical protein  38.46 
 
 		 212 aa  60.8  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6887  transcriptional regulator, SARP family  29.39 
 
 		 935 aa  60.1  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.691511  normal  0.899507 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2006  Peptidoglycan-binding LysM  46.77 
 
 		 154 aa  60.1  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899391  normal  0.48043 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2695  peptidoglycan-binding protein  54.9 
 
 		 440 aa  58.9  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1352  peptidoglycan-binding LysM  54.9 
 
 		 440 aa  58.9  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.47776  normal  0.0441198 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3586  peptidoglycan-binding LysM  45.76 
 
 		 352 aa  58.5  0.0000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0589826  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1790  LysM domain/BON superfamily protein  56.82 
 
 		 156 aa  57.4  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2244  hypothetical protein  54.17 
 
 		 156 aa  57.8  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5282  Peptidoglycan-binding LysM  44.44 
 
 		 552 aa  57.8  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.772795 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3954  hypothetical protein  54.55 
 
 		 405 aa  57.8  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10149  normal  0.332371 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6198  LysM domain/BON superfamily protein  56.82 
 
 		 156 aa  56.6  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0206564  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1818  LysM domain/BON superfamily protein  56.82 
 
 		 156 aa  57  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1881  LysM domain/BON superfamily protein  56.82 
 
 		 156 aa  56.6  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.168616  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1869  peptidoglycan-binding LysM  54.55 
 
 		 367 aa  56.6  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0553  peptidoglycan-binding LysM  46.94 
 
 		 428 aa  57  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1112  peptidoglycan-binding LysM  50 
 
 		 322 aa  57.4  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1358  peptidoglycan-binding LysM  54.55 
 
 		 230 aa  56.2  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000598649  hitchhiker  5.9516e-20 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1904  LysM domain/BON superfamily protein  56.82 
 
 		 156 aa  56.2  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169778 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2688  peptidoglycan-binding LysM  50 
 
 		 361 aa  56.6  0.000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00047104  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0448  LysM domain-containing protein  48.89 
 
 		 404 aa  56.2  0.000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1393  LysM domain/BON superfamily protein  56.82 
 
 		 156 aa  56.2  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0441  LysM domain-containing protein  48.89 
 
 		 404 aa  56.2  0.000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.21565  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1930  peptidoglycan-binding LysM  56.41 
 
 		 503 aa  55.8  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0490055 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1039  LysM domain-containing protein  43.28 
 
 		 243 aa  55.8  0.000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000199986  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1024  Peptidoglycan-binding LysM  48.98 
 
 		 680 aa  55.8  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0999741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0721  peptidoglycan-binding LysM  48.98 
 
 		 572 aa  55.8  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.467953 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2166  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  32.88 
 
 		 954 aa  55.8  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.16902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1474  hypothetical protein  48.98 
 
 		 663 aa  55.5  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.234073  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0952  LysM domain/BON superfamily protein  48.94 
 
 		 167 aa  54.3  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.954636  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4170  peptidoglycan-binding LysM  46.55 
 
 		 163 aa  54.3  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.301843  normal  0.177746 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4742  peptidoglycan-binding LysM  39.34 
 
 		 511 aa  53.9  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5181  LysM domain/BON superfamily protein  54.55 
 
 		 156 aa  53.5  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.556952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2193  peptidoglycan-binding LysM  50 
 
 		 521 aa  53.5  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.81786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0917  LysM domain/BON superfamily protein  46.81 
 
 		 166 aa  53.9  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1176  Peptidoglycan-binding LysM  46.94 
 
 		 676 aa  53.9  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0861609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5209  Peptidoglycan-binding LysM  48.78 
 
 		 511 aa  53.9  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.263437 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1944  LysM domain/BON superfamily protein  48 
 
 		 161 aa  52.8  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.123188  normal  0.0308749 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1464  LysM domain-containing protein  48.21 
 
 		 229 aa  52.8  0.00004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.026138  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2167  LysM domain/BON superfamily protein  54.55 
 
 		 156 aa  52.4  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.420767  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2267  LysM domain/BON superfamily protein  48 
 
 		 161 aa  52.8  0.00004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0461572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0453  LysM domain/BON superfamily protein  48.94 
 
 		 158 aa  52.8  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1636  Peptidoglycan-binding LysM  36.47 
 
 		 451 aa  52.4  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2795  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  53.06 
 
 		 233 aa  52  0.00005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.683971  normal  0.0904413 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1527  Peptidoglycan-binding LysM  38.24 
 
 		 338 aa  52  0.00005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27524e-30 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2328  peptidoglycan-binding LysM  48.21 
 
 		 234 aa  52.4  0.00005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000346433  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2427  LysM domain/BON superfamily protein  54.55 
 
 		 156 aa  52  0.00006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0972  peptidoglycan-binding LysM  46.94 
 
 		 546 aa  52  0.00006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2264  LysM domain/BON superfamily protein  54.55 
 
 		 156 aa  52  0.00006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.189234  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2304  LysM domain/BON superfamily protein  54.55 
 
 		 156 aa  52  0.00006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2148  LysM domain/BON superfamily protein  51.06 
 
 		 160 aa  51.6  0.00007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00099645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1271  peptidoglycan-binding LysM  29.07 
 
 		 307 aa  51.6  0.00008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000333433 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0096  Peptidoglycan-binding LysM  49.06 
 
 		 349 aa  51.6  0.00008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0694  hypothetical protein  32.09 
 
 		 564 aa  51.2  0.00009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.234419  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4246  Peptidoglycan-binding LysM  53.06 
 
 		 217 aa  50.8  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.995524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1891  Lytic transglycosylase catalytic  40.79 
 
 		 304 aa  51.2  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0409  LysM domain-containing protein  38.55 
 
 		 333 aa  51.2  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000322112  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2713  Peptidoglycan-binding LysM  42.11 
 
 		 335 aa  51.2  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.292431  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1755  NLP/P60 protein  31.21 
 
 		 255 aa  50.8  0.0001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6300  hypothetical protein  26.7 
 
 		 1655 aa  51.2  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.633429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2902  Peptidoglycan-binding LysM  45 
 
 		 230 aa  50.4  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000393442  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0473  peptidoglycan-binding LysM  49.02 
 
 		 234 aa  50.1  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1406  cation transport ATPase  50 
 
 		 1082 aa  50.4  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.52322  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1910  peptidoglycan-binding LysM  37.88 
 
 		 382 aa  50.4  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.937907 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0461  peptidoglycan-binding LysM  42.86 
 
 		 439 aa  50.4  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520913  normal  0.0203741 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0044  LysM domain-containing protein  44.23 
 
 		 346 aa  50.1  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.764087  normal  0.149636 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1323  Peptidoglycan-binding LysM  45 
 
 		 230 aa  50.4  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.6395e-23 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1623  Peptidoglycan-binding LysM  50.98 
 
 		 232 aa  50.1  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000375126  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1583  peptidoglycan-binding LysM  32.2 
 
 		 142 aa  50.1  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1297  transport-associated protein  41.94 
 
 		 156 aa  50.1  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.451371  normal  0.073309 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0939  peptidoglycan-binding LysM  46.43 
 
 		 309 aa  49.7  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.013426  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3686  Peptidoglycan-binding LysM  42.11 
 
 		 97 aa  49.7  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2328  Transglycosylase domain protein  52.08 
 
 		 256 aa  49.7  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00483486  hitchhiker  0.000113604 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02210  hypothetical protein  48.94 
 
 		 166 aa  49.3  0.0004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0018  peptidoglycan-binding LysM  47.92 
 
 		 341 aa  49.3  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000019767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0188  peptidoglycan-binding LysM  45.83 
 
 		 350 aa  49.3  0.0004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000749903 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0033  LysM domain-containing protein  46 
 
 		 378 aa  48.9  0.0005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2004  LysM domain/BON superfamily protein  41.38 
 
 		 161 aa  48.9  0.0005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>