263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_0473 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007484  Noc_0473  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 
234 aa  479  1e-134  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1690  PRC-barrel domain-containing protein  38.46 
 
 
156 aa  88.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.401907  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0939  peptidoglycan-binding LysM  61.4 
 
 
309 aa  82.4  0.000000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.013426  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1160  hypothetical protein  39.47 
 
 
175 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.649409 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0490  peptidoglycan-binding LysM  69.81 
 
 
291 aa  81.3  0.00000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000860962  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5446  PRC-barrel domain protein  36.43 
 
 
175 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.956105 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2302  hypothetical protein  39.09 
 
 
117 aa  77.8  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00075687 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5464  PRC-barrel domain-containing protein  37.39 
 
 
161 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00381239 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5622  PRC-barrel domain-containing protein  36.52 
 
 
160 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.100635 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0929  PRC-barrel domain-containing protein  43.68 
 
 
122 aa  77.8  0.0000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.13635  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4240  PRC-barrel domain-containing protein  35.85 
 
 
166 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.507205  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6586  PRC-barrel domain protein  34.55 
 
 
158 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.00000000000440037  normal  0.0354416 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6353  PRC-barrel domain-containing protein  36.52 
 
 
160 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1513  PRC-barrel  38.32 
 
 
140 aa  77  0.0000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.273224  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2570  hypothetical protein  37 
 
 
158 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  4.53444e-20  normal  0.143128 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3795  PRC-barrel domain-containing protein  32.46 
 
 
165 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5293  PRC-barrel domain-containing protein  30.87 
 
 
169 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.15156 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4260  PRC-barrel domain-containing protein  32.46 
 
 
166 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.232503 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0390  PRC-barrel domain-containing protein  39.58 
 
 
526 aa  75.1  0.0000000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0486  hypothetical protein  39.6 
 
 
158 aa  74.7  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.299325  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6059  PRC-barrel domain-containing protein  38 
 
 
160 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.185683 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0078  PRC-barrel domain protein  34.78 
 
 
156 aa  74.3  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.559393 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0200  PRC-barrel  30.47 
 
 
171 aa  74.7  0.000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1359  PRC-barrel  38 
 
 
160 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.73253  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6470  PRC-barrel domain-containing protein  38 
 
 
160 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00723922  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0070  PRC-barrel domain protein  34.78 
 
 
156 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1923  PRC-barrel  37 
 
 
183 aa  73.2  0.000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1361  PRC-barrel domain-containing protein  32.17 
 
 
163 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.721312  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3986  PRC-barrel  32.17 
 
 
163 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.766762  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4381  PRC-barrel domain-containing protein  32.17 
 
 
163 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0206882  normal  0.984052 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3141  PRC-barrel domain-containing protein  32.17 
 
 
163 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.719915  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3012  PRC-barrel domain-containing protein  32.17 
 
 
163 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0907577  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2262  hypothetical protein  37.38 
 
 
120 aa  69.7  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.260475  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1539  hypothetical protein  36.73 
 
 
485 aa  69.7  0.00000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4218  PRC-barrel domain protein  35.42 
 
 
157 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1790  PRC-barrel domain-containing protein  29.55 
 
 
139 aa  68.9  0.00000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.981304  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1538  hypothetical protein  37.89 
 
 
271 aa  67  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1638  hypothetical protein  33 
 
 
174 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.900069  normal  0.195794 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0419  PRC-barrel  28.97 
 
 
169 aa  66.6  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1768  PRC-barrel domain-containing protein  34.69 
 
 
148 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1971  PRC-barrel domain-containing protein  41.18 
 
 
118 aa  65.9  0.0000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5974  PRC-barrel domain-containing protein  30.43 
 
 
163 aa  65.5  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240028  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3212  PRC-barrel  35.79 
 
 
193 aa  65.5  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.658486  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3579  PRC-barrel domain-containing protein  35.79 
 
 
155 aa  65.1  0.0000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.632038 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1342  peptidoglycan-binding LysM  41.1 
 
 
389 aa  64.7  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.779699  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1144  PRC-barrel  34.09 
 
 
157 aa  63.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.016878 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2784  hypothetical protein  32.95 
 
 
144 aa  61.2  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.146377 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0389  PRC-barrel domain-containing protein  31.96 
 
 
399 aa  61.2  0.00000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5672  PRC-barrel domain protein  36.9 
 
 
129 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2027  PRC-barrel domain-containing protein  35.24 
 
 
172 aa  60.8  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5072  PRC-barrel  30.91 
 
 
163 aa  60.1  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.808195  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4517  PRC-barrel domain-containing protein  35.44 
 
 
142 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1989  PRC-barrel domain protein  38.1 
 
 
112 aa  59.7  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.128496  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3485  PRC-barrel domain protein  37.97 
 
 
135 aa  59.7  0.00000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.999892  normal  0.263816 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1389  PRC-barrel domain protein  33.72 
 
 
148 aa  58.9  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1396  PRC-barrel  35.71 
 
 
122 aa  59.3  0.00000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7367  PRC-barrel domain protein  36.84 
 
 
293 aa  58.9  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00459502  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3101  PRC-barrel  34.82 
 
 
400 aa  58.9  0.00000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2103  PRC-barrel domain-containing protein  33.7 
 
 
158 aa  58.9  0.00000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2888  PRC-barrel  45 
 
 
174 aa  58.5  0.00000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22527  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6618  PRC-barrel domain-containing protein  28.75 
 
 
179 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0235295  normal  0.328597 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3502  PRC-barrel domain protein  34.83 
 
 
129 aa  57.8  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.002233 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1406  cation transport ATPase  33.67 
 
 
1082 aa  57.4  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.52322  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0233  peptidoglycan-binding LysM  44.07 
 
 
242 aa  57  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4918  PRC-barrel  31 
 
 
173 aa  57  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0805  PRC-barrel domain protein  33.33 
 
 
125 aa  56.6  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.123295 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2328  peptidoglycan-binding LysM  39.39 
 
 
234 aa  56.6  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000346433  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3424  PRC-barrel domain-containing protein  31.82 
 
 
250 aa  56.2  0.0000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.39453  normal  0.477844 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3526  PRC-barrel domain-containing protein  34.48 
 
 
255 aa  55.8  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3285  PRC-barrel domain-containing protein  36.71 
 
 
131 aa  55.5  0.0000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0433  PRC-barrel domain-containing protein  30.25 
 
 
212 aa  55.1  0.0000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.173009  normal  0.857282 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3608  PRC-barrel domain protein  36.71 
 
 
131 aa  55.1  0.0000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.30312  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3445  PRC-barrel domain protein  34.85 
 
 
270 aa  55.1  0.0000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424077  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3124  PRC-barrel domain-containing protein  34.85 
 
 
229 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.477663 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0995  PRC-barrel domain-containing protein  32.1 
 
 
132 aa  54.3  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.123984  normal  0.267939 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3321  PRC-barrel domain protein  34.85 
 
 
210 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.74571  normal  0.282972 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4945  hypothetical protein  28.97 
 
 
154 aa  55.1  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0731378  normal  0.908987 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2461  hypothetical protein  35 
 
 
169 aa  54.3  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.389117 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1358  peptidoglycan-binding LysM  48.15 
 
 
230 aa  53.9  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000598649  hitchhiker  5.9516e-20 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3019  PRC-barrel domain-containing protein  36.59 
 
 
127 aa  53.9  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2152  Peptidoglycan-binding LysM  53.19 
 
 
334 aa  53.9  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0149  hypothetical protein  44.9 
 
 
422 aa  53.5  0.000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3524  PRC-barrel domain-containing protein  36.78 
 
 
120 aa  53.5  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.990793  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1963  photosynthetic reaction center protein  32.91 
 
 
187 aa  53.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.458203  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3828  hypothetical protein  32.58 
 
 
117 aa  53.5  0.000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3192  PRC-barrel domain-containing protein  40.62 
 
 
212 aa  53.5  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3686  Peptidoglycan-binding LysM  46 
 
 
97 aa  53.5  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2361  PRC-barrel  34.04 
 
 
147 aa  53.1  0.000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.000190048  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1648  PRC-barrel domain-containing protein  34.74 
 
 
220 aa  52.8  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.334318 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2267  LysM domain/BON superfamily protein  48 
 
 
161 aa  52.8  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0461572  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4137  PRC-barrel domain-containing protein  30.34 
 
 
129 aa  52.8  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0140629 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0549  hypothetical protein  33.33 
 
 
130 aa  52.4  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4102  PRC-barrel  34.41 
 
 
120 aa  52.8  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.997072  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1944  LysM domain/BON superfamily protein  48 
 
 
161 aa  52.8  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.123188  normal  0.0308749 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4087  PRC-barrel domain protein  38.98 
 
 
179 aa  52.8  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0638202  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3323  PRC-barrel domain protein  33.33 
 
 
146 aa  52  0.000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.273782 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3426  PRC-barrel  38.33 
 
 
178 aa  52.4  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5404  LysM domain protein  48.98 
 
 
146 aa  52  0.000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3126  PRC-barrel domain-containing protein  34.48 
 
 
173 aa  52  0.000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.201028 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0931  PRC-barrel domain-containing protein  38.96 
 
 
145 aa  51.6  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.363198 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>