140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_1405 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_1405  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  100 
 
 
959 aa  1897    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1188  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  31.4 
 
 
794 aa  274  7e-72  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.469744  normal  0.0598623 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0417  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  36.57 
 
 
905 aa  233  1e-59  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.46141  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2558  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  38.86 
 
 
728 aa  204  7e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.39914  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3877  LGFP repeat protein  37.85 
 
 
654 aa  200  7.999999999999999e-50  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.200487  normal  0.0193324 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3174  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  38.29 
 
 
694 aa  199  1.0000000000000001e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.15405  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4329  LGFP repeat protein  33.75 
 
 
928 aa  197  1e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3789  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  37.1 
 
 
591 aa  191  5e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34600  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  35.69 
 
 
387 aa  181  4e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.123006  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2379  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  33.99 
 
 
879 aa  166  1.0000000000000001e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0102944 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4477  LGFP repeat-containing protein  40.47 
 
 
370 aa  165  3e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.601176 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20080  LysM domain-containing protein  34.26 
 
 
695 aa  161  5e-38  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5022  LGFP  32.14 
 
 
537 aa  158  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5110  LGFP repeat-containing protein  32.14 
 
 
537 aa  158  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.667896 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5403  LGFP repeat-containing protein  32.14 
 
 
537 aa  158  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.116536 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0196  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  32.53 
 
 
502 aa  155  2.9999999999999998e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13845  hypothetical protein  40.72 
 
 
539 aa  154  1e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.280356 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1157  LGFP repeat-containing protein  32.23 
 
 
541 aa  152  4e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0583206  normal  0.0991304 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5652  LGFP repeat-containing protein  39.38 
 
 
539 aa  151  7e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.786051  normal  0.800046 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0099  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  38.94 
 
 
552 aa  147  1e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2561  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  32.58 
 
 
784 aa  142  1.9999999999999998e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1023  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  37.31 
 
 
636 aa  125  3e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4840  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  35.79 
 
 
277 aa  113  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2624  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  32.38 
 
 
950 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.3089  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0009  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  27.97 
 
 
684 aa  112  5e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2393  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  33.48 
 
 
268 aa  101  7e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.594471  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1539  twin-arginine translocation pathway signal  32.81 
 
 
486 aa  99.8  2e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.407284  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4245  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  33.05 
 
 
1072 aa  99.8  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.370967  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3432  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  32.24 
 
 
964 aa  99.4  3e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0164906 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1610  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  31.33 
 
 
964 aa  97.1  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2719  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  33.33 
 
 
274 aa  95.5  4e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.670474 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1925  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase  31.28 
 
 
289 aa  92.4  4e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0536095  normal  0.343359 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35340  negative regulator of beta-lactamase expression  30.23 
 
 
311 aa  91.3  8e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5070  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  29.37 
 
 
353 aa  89  4e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.212369  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1179  SpoIID/LytB domain protein  41.67 
 
 
658 aa  88.6  5e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2152  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  32.18 
 
 
356 aa  86.3  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000936807  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2980  integrin-like protein  30.38 
 
 
1126 aa  84  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.16679  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5193  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  33.55 
 
 
356 aa  79.3  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000362844  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16840  hypothetical protein  29.86 
 
 
266 aa  78.6  0.0000000000006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.754207  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0455  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  27.94 
 
 
357 aa  78.2  0.0000000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1930  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  30.05 
 
 
223 aa  78.2  0.0000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2319  FG-GAP repeat-containing protein  29.91 
 
 
2807 aa  77  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3182  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  28.43 
 
 
375 aa  76.6  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209082 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1928  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase negative regulator of AmpC, AmpD  29.03 
 
 
391 aa  76.6  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4945  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  30.53 
 
 
273 aa  77  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2816  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  30.15 
 
 
542 aa  76.6  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0270  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  29.13 
 
 
364 aa  75.9  0.000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.185404  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4497  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  31.8 
 
 
1222 aa  75.9  0.000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1560  VCBS  26.32 
 
 
1838 aa  74.3  0.00000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.431864  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2569  FG-GAP repeat protein  28.24 
 
 
685 aa  73.9  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.618986  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3148  FG-GAP repeat protein  25.2 
 
 
1348 aa  73.6  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.589686  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0582  Integrins alpha chain  28.35 
 
 
1019 aa  72.8  0.00000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1929  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase negative regulator of AmpC, AmpD  28.8 
 
 
223 aa  72.8  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4018  integrin-like protein  27.96 
 
 
1275 aa  72.4  0.00000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4710  integrin-like protein  27.89 
 
 
604 aa  71.2  0.00000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0601  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  36.13 
 
 
1118 aa  71.2  0.00000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1772  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  33.62 
 
 
1340 aa  71.2  0.00000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1387  integrin-like protein  28.07 
 
 
1490 aa  70.1  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.051369 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3434  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  28.19 
 
 
366 aa  70.1  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.0021339  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4498  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  32.33 
 
 
1225 aa  68.9  0.0000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8159  hypothetical protein  28.44 
 
 
293 aa  68.2  0.0000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0657  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  30.33 
 
 
1113 aa  67  0.000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0893942  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2571  FG-GAP repeat protein  25.08 
 
 
456 aa  67  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1928  FG-GAP repeat-containing protein  28.1 
 
 
872 aa  64.7  0.000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1906  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  29.57 
 
 
2194 aa  63.9  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5274  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase negative regulator of AmpC, AmpD  29.06 
 
 
224 aa  64.3  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0616  FG-GAP repeat-containing protein  30.86 
 
 
386 aa  63.9  0.00000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0513696  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2037  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  27.78 
 
 
1372 aa  63.2  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.884942  normal  0.0586303 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3048  multicopper oxidase, type 2  30.35 
 
 
1308 aa  63.2  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3145  FG-GAP repeat protein  26.07 
 
 
1346 aa  63.5  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0385  integrin like protein  27.68 
 
 
974 aa  62.8  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.459486 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0620  FG-GAP repeat-containing protein  30.97 
 
 
412 aa  62.8  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.146794  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2303  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30.26 
 
 
157 aa  62  0.00000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0460  integrin-like protein  24.73 
 
 
1124 aa  61.6  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.849275 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3745  putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  27.39 
 
 
150 aa  60.1  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1572  putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  27.39 
 
 
150 aa  59.3  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.577314  normal  0.236623 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2431  FG-GAP repeat protein  25.63 
 
 
3197 aa  59.7  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2527  FG-GAP repeat protein  26.47 
 
 
1433 aa  59.3  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000205902  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6310  FG-GAP repeat protein  26.17 
 
 
828 aa  58.9  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0982  peptidase M10A and M12B matrixin and adamalysin  33.33 
 
 
470 aa  58.5  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.768142  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4093  integrin-like protein  32.07 
 
 
494 aa  58.5  0.0000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.588322 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3359  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  25.96 
 
 
1154 aa  58.5  0.0000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.324183  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3053  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  29.38 
 
 
792 aa  58.5  0.0000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0646042 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3670  putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.9 
 
 
152 aa  57.8  0.0000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0492519  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3666  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase, putative  28.97 
 
 
150 aa  57  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1669  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  29.84 
 
 
173 aa  55.8  0.000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.761458  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1819  PKD domain containing protein  27.14 
 
 
3197 aa  56.2  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4196  FG-GAP repeat protein  26.77 
 
 
752 aa  55.8  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00000719971  normal  0.263746 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0591  FG-GAP  25.3 
 
 
813 aa  55.5  0.000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.41506  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3428  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.47 
 
 
150 aa  54.7  0.000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3698  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.47 
 
 
150 aa  54.7  0.000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.694196  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3793  FG-GAP repeat protein  27.71 
 
 
616 aa  53.9  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.361837  normal  0.627526 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2570  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  36.97 
 
 
571 aa  53.9  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3186  hypothetical protein  29.89 
 
 
256 aa  53.9  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.153677 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0599  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  28.79 
 
 
1012 aa  54.3  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0387425  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2050  FG-GAP repeat protein  25 
 
 
1437 aa  54.3  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3389  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  24.84 
 
 
152 aa  53.9  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0561834  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4186  hypothetical protein  28.72 
 
 
760 aa  53.1  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.394785 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3648  putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  24.84 
 
 
150 aa  53.9  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1595  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  28.65 
 
 
799 aa  53.5  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00111453  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>