66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1539 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1539  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 		 486 aa  932    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.407284  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5070  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  49.05 
 
 		 353 aa  199  7.999999999999999e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.212369  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3434  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  45.89 
 
 		 366 aa  170  6e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.0021339  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0270  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  38.22 
 
 		 364 aa  140  4.999999999999999e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.185404  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0455  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  43.54 
 
 		 357 aa  139  1e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0009  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  37.32 
 
 		 684 aa  126  7e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0417  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  38.1 
 
 		 905 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.46141  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3174  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  38.27 
 
 		 694 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.15405  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4477  LGFP repeat-containing protein  34 
 
 		 370 aa  110  5e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.601176 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0196  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  33.33 
 
 		 502 aa  107  4e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5022  LGFP  33.97 
 
 		 537 aa  106  9e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5403  LGFP repeat-containing protein  33.97 
 
 		 537 aa  106  9e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.116536 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5110  LGFP repeat-containing protein  33.97 
 
 		 537 aa  106  9e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.667896 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5652  LGFP repeat-containing protein  33.98 
 
 		 539 aa  105  1e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.786051  normal  0.800046 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1405  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  32.81 
 
 		 959 aa  102  1e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1157  LGFP repeat-containing protein  33.95 
 
 		 541 aa  102  1e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0583206  normal  0.0991304 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3432  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  34.47 
 
 		 964 aa  100  5e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0164906 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1610  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  34.31 
 
 		 964 aa  99.8  1e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34600  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  36.6 
 
 		 387 aa  99  2e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.123006  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2379  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  35.47 
 
 		 879 aa  97.4  5e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0102944 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2624  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  34.33 
 
 		 950 aa  97.4  5e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.3089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13845  hypothetical protein  33.82 
 
 		 539 aa  95.5  2e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.280356 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2816  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  33.19 
 
 		 542 aa  95.5  2e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2558  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  31.93 
 
 		 728 aa  92  2e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.39914  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2561  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  32.51 
 
 		 784 aa  90.9  5e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1925  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase  34.64 
 
 		 289 aa  89.4  1e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0536095  normal  0.343359 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4245  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  31.46 
 
 		 1072 aa  89.7  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.370967  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1188  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  34.57 
 
 		 794 aa  89.4  1e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.469744  normal  0.0598623 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1023  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  31.58 
 
 		 636 aa  87.4  5e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3789  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  33 
 
 		 591 aa  87.4  6e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0099  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  32.47 
 
 		 552 aa  86.7  9e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4329  LGFP repeat protein  29.95 
 
 		 928 aa  85.5  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2719  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  36 
 
 		 274 aa  82  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.670474 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2393  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  34.68 
 
 		 268 aa  79.7  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.594471  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20080  LysM domain-containing protein  31.41 
 
 		 695 aa  76.6  0.0000000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4840  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  30.81 
 
 		 277 aa  73.2  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4945  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  30.68 
 
 		 273 aa  71.2  0.00000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1929  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase negative regulator of AmpC, AmpD  29.8 
 
 		 223 aa  69.3  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1930  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  29.49 
 
 		 223 aa  67.4  0.0000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35340  negative regulator of beta-lactamase expression  28.49 
 
 		 311 aa  65.9  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5193  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  29.31 
 
 		 356 aa  64.3  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000362844  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2152  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30.23 
 
 		 356 aa  63.5  0.000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000936807  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0545  putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30.06 
 
 		 157 aa  57.8  0.0000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0529  N-acetylmuramoyl-l-alanine amidase, putative  30.06 
 
 		 222 aa  56.6  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.549299  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1928  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase negative regulator of AmpC, AmpD  28.49 
 
 		 391 aa  54.7  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3323  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  31.37 
 
 		 150 aa  52.4  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0947828  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2303  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30.39 
 
 		 157 aa  52.4  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5274  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase negative regulator of AmpC, AmpD  27.27 
 
 		 224 aa  51.6  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3670  putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  31.37 
 
 		 152 aa  51.6  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0492519  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1595  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  31.25 
 
 		 799 aa  51.2  0.00004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00111453  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3666  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase, putative  31.37 
 
 		 150 aa  50.8  0.00005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1572  putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30.39 
 
 		 150 aa  50.8  0.00006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.577314  normal  0.236623 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3698  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30.61 
 
 		 150 aa  50.1  0.00009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.694196  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3428  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30.61 
 
 		 150 aa  50.1  0.00009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3648  putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30.53 
 
 		 150 aa  49.3  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3182  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  25.14 
 
 		 375 aa  49.7  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00209082 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3389  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30.53 
 
 		 152 aa  49.3  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0561834  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3745  putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30.53 
 
 		 150 aa  48.9  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3340  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30.53 
 
 		 152 aa  49.3  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4634  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase, putative  25 
 
 		 237 aa  48.5  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.673523  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16840  hypothetical protein  25.82 
 
 		 266 aa  47.8  0.0004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.754207  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1862  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  24.43 
 
 		 219 aa  46.6  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.774092  normal  0.108984 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1203  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  27.45 
 
 		 979 aa  46.2  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0815381  normal  0.647955 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1972  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  21.7 
 
 		 220 aa  45.8  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.289767  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3186  hypothetical protein  29.19 
 
 		 256 aa  43.5  0.008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.153677 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3764  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  28.66 
 
 		 288 aa  43.5  0.009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0204504  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>