More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_5882 on replicon NC_010510
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010510  Mrad2831_5882  PAS domain-containing protein  100 
 
 
202 aa  401  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.683919 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4253  PAS domain-containing protein  54.12 
 
 
202 aa  190  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.486718  normal  0.280959 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.86 
 
 
845 aa  100  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1761  PAS domain-containing protein  33.71 
 
 
199 aa  97.1  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.2 
 
 
943 aa  86.7  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0932  signal transduction histidine kinase  38.89 
 
 
759 aa  86.3  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2292  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.55 
 
 
793 aa  86.3  3e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1018  PAS domain-containing protein  33.68 
 
 
195 aa  86.3  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.011057  normal  0.147153 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0519  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.86 
 
 
1532 aa  84.3  0.000000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5109  PAS fold-3 domain protein  35.67 
 
 
197 aa  84  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.924849 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0386  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.45 
 
 
674 aa  81.6  0.000000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.963585  normal  0.451057 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.28 
 
 
1224 aa  80.5  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.61 
 
 
1215 aa  80.5  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2215  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.8 
 
 
810 aa  79.3  0.00000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  35.51 
 
 
691 aa  78.6  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0132  PAS domain-containing protein  31.82 
 
 
206 aa  77.4  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.433683  normal  0.272922 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1198  PAS fold-3 domain protein  31.79 
 
 
187 aa  76.6  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.306365  normal  0.767323 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1982  PAS fold-3 domain protein  32.12 
 
 
174 aa  75.1  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.282752  normal  0.0152652 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1400  PAS sensor signal transduction histidine kinase  34.92 
 
 
938 aa  74.3  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.97 
 
 
977 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0323  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.59 
 
 
789 aa  73.9  0.000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.179581  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  35.29 
 
 
691 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4049  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.53 
 
 
883 aa  73.9  0.000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.07 
 
 
767 aa  73.2  0.000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  32.88 
 
 
1092 aa  72.8  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.88 
 
 
1103 aa  72.8  0.000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  32.28 
 
 
847 aa  72.4  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.26 
 
 
686 aa  70.9  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1795  PAS fold-3 domain protein  31.34 
 
 
162 aa  69.7  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.591789  normal  0.0452866 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4215  signal transduction histidine kinase  38.26 
 
 
582 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0433147 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  34.85 
 
 
1225 aa  69.7  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.85 
 
 
1225 aa  69.3  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.62 
 
 
858 aa  69.3  0.00000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1503  PAS domain-containing protein  33.69 
 
 
186 aa  68.9  0.00000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.355958  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.26 
 
 
998 aa  68.6  0.00000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3718  PAS domain-containing protein  35.47 
 
 
211 aa  67.4  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.243172 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.81 
 
 
689 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4878  PAS domain-containing protein  32 
 
 
155 aa  66.2  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.95 
 
 
703 aa  65.5  0.0000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.73 
 
 
922 aa  65.5  0.0000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.08 
 
 
830 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1213  signal transduction histidine kinase  29.51 
 
 
603 aa  62.8  0.000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  31.13 
 
 
2693 aa  61.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4390  PAS domain-containing protein  30.41 
 
 
200 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.000850983  normal  0.838012 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36 
 
 
519 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.14 
 
 
688 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0500187 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0390  ligand-binding sensor domain-containing protein  26.05 
 
 
1275 aa  59.7  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6284  PAS domain-containing protein  27.89 
 
 
223 aa  59.3  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.23 
 
 
812 aa  59.3  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3203  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.43 
 
 
765 aa  58.9  0.00000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0763722 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1913  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.66 
 
 
1118 aa  58.9  0.00000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0647  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.59 
 
 
1064 aa  58.9  0.00000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.19 
 
 
1147 aa  58.5  0.00000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  29.27 
 
 
827 aa  58.2  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  28.18 
 
 
956 aa  58.2  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.7 
 
 
862 aa  58.2  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2325  PAS domain-containing protein  31.9 
 
 
204 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.347641  normal  0.764067 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2448  sensory box protein  29.81 
 
 
1036 aa  57.4  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.36 
 
 
814 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1666  sensory transduction histidine kinase  25.9 
 
 
945 aa  57  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.515191  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.95 
 
 
887 aa  57  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0529  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.79 
 
 
575 aa  57  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3519  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.97 
 
 
987 aa  57.4  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2153  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.78 
 
 
645 aa  57  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1099  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.64 
 
 
696 aa  56.6  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0252232  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.28 
 
 
674 aa  57  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6354  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.29 
 
 
699 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2070  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.14 
 
 
645 aa  56.2  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000789609 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3777  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.36 
 
 
1068 aa  56.2  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0640729  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1396  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.09 
 
 
721 aa  56.2  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.814379  normal  0.333041 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.43 
 
 
986 aa  55.8  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5451  signal transduction histidine kinase  25.66 
 
 
547 aa  55.5  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.915879  normal  0.94618 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2371  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.5 
 
 
1171 aa  55.5  0.0000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.516834  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.53 
 
 
569 aa  55.1  0.0000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.53 
 
 
1013 aa  55.5  0.0000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3578  hypothetical protein  27.89 
 
 
188 aa  55.1  0.0000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.21296  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1160  hypothetical protein  27.03 
 
 
2303 aa  55.1  0.0000007  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1288  sensory box protein  29.46 
 
 
685 aa  54.7  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.538668  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6450  signal transduction histidine kinase  36.47 
 
 
635 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4307  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.31 
 
 
806 aa  54.3  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.767019  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2554  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.66 
 
 
551 aa  54.7  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344016  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1370  signal transduction histidine kinase  31.62 
 
 
1560 aa  54.3  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.71177  normal  0.70667 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5584  signal transduction histidine kinase  31.25 
 
 
586 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2981  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.67 
 
 
384 aa  53.5  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03720  sensory box GGDEF domain-containing protein  27.81 
 
 
760 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000164821 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.35 
 
 
1070 aa  53.9  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.467753 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0404  hypothetical protein  28.95 
 
 
1182 aa  53.1  0.000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.465468  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3028  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.63 
 
 
1426 aa  52.8  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.514624  normal  0.437775 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.81 
 
 
494 aa  52.8  0.000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1295  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.95 
 
 
1223 aa  52.8  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0981526  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2246  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.98 
 
 
1084 aa  53.1  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.692403 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3655  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.9 
 
 
858 aa  52.4  0.000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2816  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 
682 aa  52.4  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0864703 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2537  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.65 
 
 
675 aa  52.4  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.89 
 
 
666 aa  52.4  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2805  putative PAS/PAC sensor protein  25.17 
 
 
658 aa  52  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.126133 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0281  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.12 
 
 
688 aa  52  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.113851 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3337  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.89 
 
 
1020 aa  51.6  0.000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2804  putative PAS/PAC sensor protein  26.05 
 
 
711 aa  51.6  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0770283 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1977  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.07 
 
 
1072 aa  51.6  0.000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.732577  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>