More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_4674 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_4674  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
323 aa  647    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2126  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.64 
 
 
325 aa  380  1e-104  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1472  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50 
 
 
334 aa  266  2.9999999999999995e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.0018885  normal  0.965057 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0311  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.33 
 
 
326 aa  252  7e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3528  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.33 
 
 
327 aa  242  7.999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.047646  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13505  dTDP-glucose-4,6-dehydratase  45.36 
 
 
364 aa  235  6e-61  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.04 
 
 
327 aa  228  1e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3232  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.15 
 
 
343 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0595  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.44 
 
 
297 aa  154  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.82 
 
 
273 aa  140  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0181663 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3538  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.08 
 
 
297 aa  135  9.999999999999999e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.838406  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2534  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.87 
 
 
289 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.950966 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4287  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  33.55 
 
 
297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.018546 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.86 
 
 
303 aa  119  6e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.75 
 
 
320 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.974335  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.98 
 
 
302 aa  82.4  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0195727  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
303 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.141265  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4411  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.98 
 
 
309 aa  80.1  0.00000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0467071  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.69 
 
 
251 aa  79.3  0.00000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.623971  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.43 
 
 
309 aa  78.6  0.0000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.43 
 
 
300 aa  79  0.0000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.386325 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2716  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.64 
 
 
278 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.16 
 
 
309 aa  78.2  0.0000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.68 
 
 
268 aa  77.8  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.43 
 
 
321 aa  78.2  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.291961  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.75 
 
 
298 aa  77.4  0.0000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0539  hypothetical protein  24.09 
 
 
328 aa  77  0.0000000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0224  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.19 
 
 
327 aa  76.3  0.0000000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.410647 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1589  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.78 
 
 
313 aa  75.9  0.0000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000469702  normal  0.717874 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2329  UDP-galactose 4-epimerase  31.28 
 
 
335 aa  75.5  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00335064  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.08 
 
 
278 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.18 
 
 
306 aa  75.1  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.91 
 
 
320 aa  74.3  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.04011 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.66 
 
 
375 aa  73.9  0.000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.688935  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0016  UDP-galactose 4-epimerase  32.76 
 
 
327 aa  73.6  0.000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00490558  normal  0.701092 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2242  UDP-glucose 4-epimerase  32.39 
 
 
334 aa  73.2  0.000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.558956  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.69 
 
 
273 aa  72.8  0.000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6416  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.15 
 
 
323 aa  72.8  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.955033  normal  0.769273 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1509  UDP-glucose 4-epimerase  27.24 
 
 
326 aa  72.8  0.000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0386563  normal  0.0493544 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.52 
 
 
278 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.81 
 
 
278 aa  72.8  0.000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1053  hypothetical protein  28.89 
 
 
275 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1178  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.07 
 
 
317 aa  72  0.00000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0253268  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0483  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.79 
 
 
278 aa  72  0.00000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00129402  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.61 
 
 
279 aa  72  0.00000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1485  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.03 
 
 
274 aa  71.2  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2916  UDP-glucose 4-epimerase  31.76 
 
 
320 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.660815 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3215  UDP-glucose 4-epimerase  30.86 
 
 
329 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00104083  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.53 
 
 
311 aa  71.6  0.00000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.75 
 
 
301 aa  70.9  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.73675  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0785  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
282 aa  70.9  0.00000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.858296  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.32 
 
 
297 aa  70.5  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.22 
 
 
304 aa  70.5  0.00000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3171  UDP-glucose 4-epimerase  32.2 
 
 
327 aa  70.5  0.00000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27 
 
 
322 aa  70.5  0.00000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2240  UDP-glucose 4-epimerase  31.07 
 
 
326 aa  70.1  0.00000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2821  UDP-glucose 4-epimerase  33.52 
 
 
332 aa  70.1  0.00000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1317  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.63 
 
 
297 aa  70.1  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0188901  normal  0.208154 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.99 
 
 
274 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.212771 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0155  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.53 
 
 
310 aa  69.7  0.00000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.609306  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.96 
 
 
278 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.13 
 
 
272 aa  69.7  0.00000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.662077  normal  0.637306 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.51 
 
 
333 aa  69.3  0.00000000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.13 
 
 
373 aa  69.3  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1065  UDP-glucose 4-epimerase  32.2 
 
 
336 aa  69.3  0.00000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.319648 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3453  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.96 
 
 
278 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1806  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.79 
 
 
296 aa  69.3  0.00000000008  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  32.09 
 
 
309 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
335 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5694  hypothetical protein  27.93 
 
 
255 aa  68.6  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.704204  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.94 
 
 
275 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.38 
 
 
272 aa  68.6  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.452944 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2654  UDP-glucose 4-epimerase  25.75 
 
 
329 aa  68.9  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.933262  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4269  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.86 
 
 
317 aa  68.6  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.39074 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1048  UDP-glucose 4-epimerase  29.55 
 
 
329 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00034868 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2299  UDP-glucose 4-epimerase  24.92 
 
 
332 aa  67.8  0.0000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1807  UDP-glucose 4-epimerase  31.07 
 
 
324 aa  68.2  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3768  UDP-glucose 4-epimerase  31.12 
 
 
329 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0160561 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2418  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
296 aa  68.2  0.0000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0308  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.25 
 
 
283 aa  67.8  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0393697  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6347  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.22 
 
 
330 aa  68.2  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.378586  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.78 
 
 
322 aa  67.8  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0255  UDP-glucose 4-epimerase  35.37 
 
 
344 aa  67.8  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0777  UDP-galactose 4-epimerase  27.09 
 
 
329 aa  67.8  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.107594  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1894  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.42 
 
 
302 aa  67.8  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5423  UDP-glucose 4-epimerase  29.69 
 
 
328 aa  68.2  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0946684  normal  0.770282 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6220  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.46 
 
 
324 aa  67.4  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.690036  normal  0.179961 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.44 
 
 
309 aa  67.4  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0652  UDP-galactose 4-epimerase  35.71 
 
 
328 aa  67.4  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.276662  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.43 
 
 
267 aa  67.8  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00605708  decreased coverage  0.00179082 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1293  UDP-glucose 4-epimerase  31.07 
 
 
336 aa  67.4  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.606002  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0279  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.87 
 
 
285 aa  67.4  0.0000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.97 
 
 
349 aa  67.4  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.67 
 
 
312 aa  67.4  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2305  UDP-glucose 4-epimerase  35.71 
 
 
328 aa  67.8  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.738706  normal  0.125833 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4866  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.73 
 
 
280 aa  67  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.314841  normal  0.126778 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0877  UDP-glucose 4-epimerase  30.77 
 
 
330 aa  67  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1324  UDP-glucose 4-epimerase  23.78 
 
 
330 aa  67  0.0000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1555  UDP-glucose 4-epimerase  23.78 
 
 
330 aa  67  0.0000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.91 
 
 
290 aa  67  0.0000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.811922  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>