More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_2133 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_2133  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
141 aa  282  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.625741  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5550  putative PAS/PAC sensor protein  77.86 
 
 
141 aa  228  3e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0362  putative PAS/PAC sensor protein  63.36 
 
 
141 aa  175  2e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0282  transcriptional regulator  62.6 
 
 
141 aa  174  4e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.283126  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1206  PAS sensor protein  62.79 
 
 
149 aa  164  5e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.490223  normal  0.110316 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1366  putative PAS/PAC sensor protein  63.57 
 
 
149 aa  163  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1145  putative PAS/PAC sensor protein  62.02 
 
 
149 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4662  PAS  55.73 
 
 
145 aa  160  4.0000000000000004e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5581  putative PAS/PAC sensor protein  61.83 
 
 
157 aa  160  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.595222 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4841  putative PAS/PAC sensor protein  58.02 
 
 
143 aa  159  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.300455  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3616  putative PAS/PAC sensor protein  55.73 
 
 
143 aa  157  5e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62766  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3857  putative PAS/PAC sensor protein  55.22 
 
 
145 aa  155  2e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.759378  normal  0.914632 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3152  sensory box protein  56.83 
 
 
151 aa  154  3e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2761  putative PAS/PAC sensor protein  56.35 
 
 
143 aa  154  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6742  putative PAS/PAC sensor protein  57.14 
 
 
143 aa  153  6e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.63921  normal  0.585827 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2658  putative PAS/PAC sensor protein  54.33 
 
 
145 aa  151  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2802  putative PAS/PAC sensor protein  53.49 
 
 
152 aa  151  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.540476  normal  0.477024 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0298  putative PAS/PAC sensor protein  52.86 
 
 
149 aa  150  7e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.169835  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2168  putative PAS/PAC sensor protein  54.14 
 
 
144 aa  150  7e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.242596  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1781  putative PAS/PAC sensor protein  53.38 
 
 
144 aa  149  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.345246  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1710  putative PAS/PAC sensor protein  53.38 
 
 
144 aa  149  1e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.010044  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4051  putative PAS/PAC sensor protein  55.73 
 
 
142 aa  147  4e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.949542  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0214  putative PAS/PAC sensor protein  51.85 
 
 
144 aa  146  1.0000000000000001e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0466  putative PAS/PAC sensor protein  51.91 
 
 
147 aa  145  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.98341  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0639  putative PAS/PAC sensor protein  51.94 
 
 
142 aa  144  3e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4485  putative PAS/PAC sensor protein  53.12 
 
 
145 aa  144  5e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0483  putative PAS/PAC sensor protein  51.94 
 
 
147 aa  143  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000401014 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0488  putative PAS/PAC sensor protein  55.04 
 
 
148 aa  142  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1202  putative PAS/PAC sensor protein  52.34 
 
 
144 aa  140  4e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3701  putative PAS/PAC sensor protein  47.41 
 
 
145 aa  139  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2500  putative PAS/PAC sensor protein  50.38 
 
 
143 aa  139  1.9999999999999998e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1034  putative PAS/PAC sensor protein  51.24 
 
 
158 aa  137  3.9999999999999997e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3172  putative PAS/PAC sensor protein  50.78 
 
 
151 aa  137  7e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.920236  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0993  putative PAS/PAC sensor protein  45.86 
 
 
146 aa  125  2.0000000000000002e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1568  transcriptional regulator  45.53 
 
 
139 aa  108  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.683844  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8712  hypothetical protein  57.58 
 
 
130 aa  99  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3803  PAS  42.86 
 
 
143 aa  96.3  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0051055 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3151  putative PAS/PAC sensor protein  37.04 
 
 
1589 aa  90.1  1e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.274524  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2007  putative PAS/PAC sensor protein  41.38 
 
 
692 aa  80.9  0.000000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.259838  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1533  sensory box protein  35.04 
 
 
965 aa  80.9  0.000000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.76081  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6164  hypothetical protein  50.52 
 
 
196 aa  79.3  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.919124 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1093  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.93 
 
 
1721 aa  79  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0692  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.85 
 
 
620 aa  79.3  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0207  protein phosphatase 2C-like, stage II sporulation E  35.11 
 
 
684 aa  77  0.00000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.543577  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1538  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 
495 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3124  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.04 
 
 
1374 aa  75.1  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.957955  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0076  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.75 
 
 
898 aa  74.7  0.0000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.695831  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0825  signal transduction histidine kinase  35.96 
 
 
455 aa  73.9  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.111815  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2121  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36 
 
 
1171 aa  73.9  0.0000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.48946  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2450  PAS sensor signal transduction histidine kinase  34.53 
 
 
499 aa  73.6  0.0000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0678  two-component sensor histidine kinase  38.79 
 
 
460 aa  73.2  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.320332 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.2 
 
 
1171 aa  72.8  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000135263 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2979  PAS sensor, serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit  37.07 
 
 
754 aa  73.2  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1811  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.12 
 
 
1085 aa  73.2  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.565529  normal  0.532209 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2895  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.6 
 
 
705 aa  72.8  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0094  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.81 
 
 
621 aa  72.4  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0677  sensory box/GGDEF family protein  34.23 
 
 
947 aa  72.4  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000825914  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3529  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.17 
 
 
1088 aa  72.4  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.34 
 
 
851 aa  72.4  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5176  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  33.9 
 
 
1404 aa  71.2  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.190634 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4427  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.77 
 
 
462 aa  71.2  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1109  putative PAS/PAC sensor protein  37.82 
 
 
557 aa  71.2  0.000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4560  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.77 
 
 
462 aa  71.2  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.140942  normal  0.159095 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1141  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.57 
 
 
520 aa  70.9  0.000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  34.96 
 
 
732 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2468  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.19 
 
 
1049 aa  70.5  0.000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.858637  normal  0.0946099 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4331  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.79 
 
 
921 aa  70.5  0.000000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.153837  normal  0.0586924 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2666  signal transduction histidine kinase  36.15 
 
 
446 aa  70.5  0.000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.653198  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4932  signal transduction histidine kinase  34.07 
 
 
907 aa  70.1  0.000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.752686 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9007  two component sensor kinase  35.11 
 
 
359 aa  70.1  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2366  two component sensor histidine kinase  33.33 
 
 
1154 aa  69.7  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0469089  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3146  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.57 
 
 
521 aa  69.7  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0431  putative PAS/PAC sensor protein  57.81 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00281975  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2038  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  30.7 
 
 
524 aa  69.3  0.00000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.032498  normal  0.0495143 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0707  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  35 
 
 
1190 aa  69.3  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.8 
 
 
657 aa  68.6  0.00000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0157583  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0150  putative PAS/PAC sensor protein  34.85 
 
 
1969 aa  68.6  0.00000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0191  transmembrane two component system sensor kinase transcription regulator protein  34.96 
 
 
458 aa  68.2  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0364977 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1633  sensory box histidine kinase  30.94 
 
 
680 aa  67.8  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.736823  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1707  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39 
 
 
1313 aa  67.8  0.00000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1248  sensory box histidine kinase/response regulator  30.94 
 
 
687 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535727  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1550  sensory box histidine kinase  30.94 
 
 
680 aa  67.8  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1666  sensory transduction histidine kinase  29.23 
 
 
945 aa  67.8  0.00000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.515191  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1004  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.07 
 
 
921 aa  67.8  0.00000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.627886  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0126  sensory box histidine kinase/response regulator  30.94 
 
 
619 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.799989  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.17 
 
 
695 aa  67.8  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.554525  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3965  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.33 
 
 
1158 aa  67.8  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.342093 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.85 
 
 
398 aa  67  0.00000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5902  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.31 
 
 
671 aa  67  0.00000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.773791  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3213  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  37.8 
 
 
778 aa  67  0.00000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6438  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.98 
 
 
668 aa  67  0.00000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.160303  normal  0.0428099 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2070  sensory box protein  34.78 
 
 
771 aa  66.6  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.794479  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1193  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  34.48 
 
 
857 aa  66.6  0.0000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146062  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2153  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.03 
 
 
645 aa  66.2  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3370  PAS sensor protein  30.53 
 
 
713 aa  66.6  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.277761  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.62 
 
 
573 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000284252 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4297  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.19 
 
 
347 aa  66.6  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.69 
 
 
652 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.06 
 
 
953 aa  66.2  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.82 
 
 
321 aa  65.5  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>