More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0362 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0362  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
141 aa  282  1.0000000000000001e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0282  transcriptional regulator  80.14 
 
 
141 aa  231  3e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.283126  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5550  putative PAS/PAC sensor protein  60.31 
 
 
141 aa  167  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2133  putative PAS/PAC sensor protein  63.36 
 
 
141 aa  155  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.625741  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1710  putative PAS/PAC sensor protein  52.24 
 
 
144 aa  148  2e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.010044  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2168  putative PAS/PAC sensor protein  51.49 
 
 
144 aa  148  3e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.242596  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1781  putative PAS/PAC sensor protein  52.24 
 
 
144 aa  147  4e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.345246  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3857  putative PAS/PAC sensor protein  54.26 
 
 
145 aa  145  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.759378  normal  0.914632 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2761  putative PAS/PAC sensor protein  53.54 
 
 
143 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0466  putative PAS/PAC sensor protein  55.12 
 
 
147 aa  144  5e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.98341  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0483  putative PAS/PAC sensor protein  54.33 
 
 
147 aa  142  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000401014 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2658  putative PAS/PAC sensor protein  52.42 
 
 
145 aa  142  2e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3172  putative PAS/PAC sensor protein  55.2 
 
 
151 aa  141  2e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.920236  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1366  putative PAS/PAC sensor protein  53.54 
 
 
149 aa  142  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6742  putative PAS/PAC sensor protein  53.54 
 
 
143 aa  142  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.63921  normal  0.585827 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1034  putative PAS/PAC sensor protein  47.79 
 
 
158 aa  141  3e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3616  putative PAS/PAC sensor protein  51.18 
 
 
143 aa  141  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62766  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1206  PAS sensor protein  51.97 
 
 
149 aa  140  7e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.490223  normal  0.110316 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2802  putative PAS/PAC sensor protein  51.2 
 
 
152 aa  139  9e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.540476  normal  0.477024 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5581  putative PAS/PAC sensor protein  53.54 
 
 
157 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.595222 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1202  putative PAS/PAC sensor protein  50.39 
 
 
144 aa  138  3e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4841  putative PAS/PAC sensor protein  53.6 
 
 
143 aa  137  6e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.300455  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1145  putative PAS/PAC sensor protein  51.18 
 
 
149 aa  135  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3701  putative PAS/PAC sensor protein  45.74 
 
 
145 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0214  putative PAS/PAC sensor protein  47.29 
 
 
144 aa  134  5e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3152  sensory box protein  54.55 
 
 
151 aa  134  6.0000000000000005e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4662  PAS  47.76 
 
 
145 aa  133  8e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2500  putative PAS/PAC sensor protein  48.85 
 
 
143 aa  131  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4485  putative PAS/PAC sensor protein  46.81 
 
 
145 aa  130  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0298  putative PAS/PAC sensor protein  52.07 
 
 
149 aa  130  7.999999999999999e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.169835  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0488  putative PAS/PAC sensor protein  50.39 
 
 
148 aa  129  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0639  putative PAS/PAC sensor protein  48 
 
 
142 aa  127  5.0000000000000004e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4051  putative PAS/PAC sensor protein  47.2 
 
 
142 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.949542  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0993  putative PAS/PAC sensor protein  44.53 
 
 
146 aa  117  7.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1568  transcriptional regulator  45.99 
 
 
139 aa  115  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.683844  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2007  putative PAS/PAC sensor protein  42.52 
 
 
692 aa  91.3  4e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.259838  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3803  PAS  39.55 
 
 
143 aa  91.3  5e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0051055 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4932  signal transduction histidine kinase  40 
 
 
907 aa  81.6  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.752686 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3250  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  37.6 
 
 
1348 aa  80.1  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.534329  normal  0.0270765 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2666  signal transduction histidine kinase  38.24 
 
 
446 aa  78.6  0.00000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.653198  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.75 
 
 
695 aa  77.4  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.554525  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0825  signal transduction histidine kinase  35.38 
 
 
455 aa  77  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.111815  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3529  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.72 
 
 
1088 aa  76.6  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0692  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.62 
 
 
620 aa  75.9  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0678  two-component sensor histidine kinase  36.51 
 
 
460 aa  74.3  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.320332 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2979  PAS sensor, serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit  32.62 
 
 
754 aa  74.3  0.0000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2895  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.61 
 
 
705 aa  73.9  0.0000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4378  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.07 
 
 
773 aa  73.9  0.0000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4205  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.13 
 
 
1625 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0207  protein phosphatase 2C-like, stage II sporulation E  34.59 
 
 
684 aa  73.2  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.543577  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1707  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.56 
 
 
1313 aa  73.6  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1093  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.4 
 
 
1721 aa  73.2  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3151  putative PAS/PAC sensor protein  32.8 
 
 
1589 aa  73.2  0.000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.274524  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4133  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.13 
 
 
1629 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1811  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.44 
 
 
1085 aa  73.2  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.565529  normal  0.532209 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4337  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.13 
 
 
1629 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.571014  normal  0.322198 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2070  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.07 
 
 
645 aa  72.4  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000789609 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1538  putative PAS/PAC sensor protein  37.93 
 
 
495 aa  72.4  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1221  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.3 
 
 
637 aa  72.4  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0076  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.62 
 
 
898 aa  71.6  0.000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.695831  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4331  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.07 
 
 
921 aa  71.6  0.000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.153837  normal  0.0586924 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5176  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  32.52 
 
 
1404 aa  72  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.190634 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6164  hypothetical protein  40.34 
 
 
196 aa  71.6  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.919124 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2835  putative PAS/PAC sensor protein  35.71 
 
 
452 aa  71.6  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0837096  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.2 
 
 
398 aa  72  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1622  putative PAS/PAC sensor protein  33.62 
 
 
775 aa  71.6  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0914545  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3124  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.22 
 
 
1374 aa  71.2  0.000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.957955  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.92 
 
 
1248 aa  71.2  0.000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2121  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.87 
 
 
1171 aa  70.9  0.000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.48946  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1683  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.06 
 
 
1659 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1215  PAS  37.9 
 
 
515 aa  70.5  0.000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  32.84 
 
 
732 aa  70.5  0.000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4016  putative PAS/PAC sensor protein  37.82 
 
 
1626 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1549  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.03 
 
 
832 aa  69.7  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0707  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  35 
 
 
1190 aa  69.7  0.00000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5902  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.07 
 
 
671 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.773791  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4297  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.53 
 
 
347 aa  69.7  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4515  two-component regulatory system sensory histidine kinase  37.1 
 
 
383 aa  69.7  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0377261  normal  0.0581519 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2234  signal transduction histidine kinase  34.4 
 
 
1676 aa  68.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2153  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.84 
 
 
645 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1633  sensory box histidine kinase  33.58 
 
 
680 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.736823  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1248  sensory box histidine kinase/response regulator  33.58 
 
 
687 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535727  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.54 
 
 
851 aa  68.6  0.00000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0126  sensory box histidine kinase/response regulator  33.58 
 
 
619 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.799989  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2366  two component sensor histidine kinase  33.06 
 
 
1154 aa  68.2  0.00000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0469089  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1550  sensory box histidine kinase  33.58 
 
 
680 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8712  hypothetical protein  44.19 
 
 
130 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0531  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.95 
 
 
1193 aa  67.4  0.00000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2450  PAS sensor signal transduction histidine kinase  29.84 
 
 
499 aa  67.4  0.00000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2038  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  34.21 
 
 
524 aa  67.4  0.00000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.032498  normal  0.0495143 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.25 
 
 
573 aa  67.4  0.00000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000284252 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36 
 
 
953 aa  67.4  0.00000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3250  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.29 
 
 
768 aa  67.4  0.00000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.62 
 
 
458 aa  67  0.00000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0120  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
1568 aa  67  0.00000000008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2561  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.85 
 
 
836 aa  67  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2554  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.21 
 
 
844 aa  67  0.00000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1944  signal-transducing histidine kinase  30.3 
 
 
1248 aa  67  0.00000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.318144  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2039  diguanylate cyclase  33.83 
 
 
432 aa  67  0.00000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000319282  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0634  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.87 
 
 
1000 aa  67  0.00000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.932649  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>