More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU3152 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU3152  sensory box protein  100 
 
 
151 aa  304  3e-82  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0298  putative PAS/PAC sensor protein  81.69 
 
 
149 aa  239  1e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.169835  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0483  putative PAS/PAC sensor protein  59.31 
 
 
147 aa  184  3e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000401014 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0466  putative PAS/PAC sensor protein  58.62 
 
 
147 aa  184  4e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.98341  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2658  putative PAS/PAC sensor protein  63.41 
 
 
145 aa  176  8e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1202  putative PAS/PAC sensor protein  63.16 
 
 
144 aa  176  1e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0214  putative PAS/PAC sensor protein  59.56 
 
 
144 aa  174  3e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3857  putative PAS/PAC sensor protein  60.15 
 
 
145 aa  172  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.759378  normal  0.914632 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3172  putative PAS/PAC sensor protein  56.12 
 
 
151 aa  172  1.9999999999999998e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.920236  normal 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3701  putative PAS/PAC sensor protein  53.52 
 
 
145 aa  167  7e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1034  putative PAS/PAC sensor protein  59.06 
 
 
158 aa  164  2.9999999999999998e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5581  putative PAS/PAC sensor protein  53.68 
 
 
157 aa  152  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.595222 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1710  putative PAS/PAC sensor protein  48.25 
 
 
144 aa  150  4e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.010044  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1781  putative PAS/PAC sensor protein  48.25 
 
 
144 aa  150  5e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.345246  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2168  putative PAS/PAC sensor protein  48.59 
 
 
144 aa  150  8e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.242596  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0488  putative PAS/PAC sensor protein  55.91 
 
 
148 aa  146  8e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1366  putative PAS/PAC sensor protein  54.26 
 
 
149 aa  144  6e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3616  putative PAS/PAC sensor protein  50.36 
 
 
143 aa  143  9e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62766  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2761  putative PAS/PAC sensor protein  46.1 
 
 
143 aa  142  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4662  PAS  50 
 
 
145 aa  142  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2133  putative PAS/PAC sensor protein  59.48 
 
 
141 aa  141  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.625741  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1206  PAS sensor protein  52.71 
 
 
149 aa  142  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.490223  normal  0.110316 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6742  putative PAS/PAC sensor protein  48.18 
 
 
143 aa  141  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.63921  normal  0.585827 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4841  putative PAS/PAC sensor protein  50.76 
 
 
143 aa  140  7e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.300455  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0639  putative PAS/PAC sensor protein  50 
 
 
142 aa  139  1.9999999999999998e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5550  putative PAS/PAC sensor protein  51.11 
 
 
141 aa  138  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2500  putative PAS/PAC sensor protein  51.13 
 
 
143 aa  138  1.9999999999999998e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2802  putative PAS/PAC sensor protein  45.71 
 
 
152 aa  137  7e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.540476  normal  0.477024 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1145  putative PAS/PAC sensor protein  48.97 
 
 
149 aa  136  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4485  putative PAS/PAC sensor protein  43.97 
 
 
145 aa  134  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0362  putative PAS/PAC sensor protein  54.55 
 
 
141 aa  134  6.0000000000000005e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4051  putative PAS/PAC sensor protein  49.24 
 
 
142 aa  133  7.000000000000001e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.949542  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0282  transcriptional regulator  52.07 
 
 
141 aa  126  8.000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.283126  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0993  putative PAS/PAC sensor protein  36.17 
 
 
146 aa  116  9.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3803  PAS  45.11 
 
 
143 aa  110  6e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0051055 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1568  transcriptional regulator  43.7 
 
 
139 aa  107  7.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.683844  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0431  putative PAS/PAC sensor protein  65.52 
 
 
67 aa  81.3  0.000000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00281975  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2007  putative PAS/PAC sensor protein  40.31 
 
 
692 aa  79  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.259838  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3151  putative PAS/PAC sensor protein  31.88 
 
 
1589 aa  75.5  0.0000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.274524  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1538  putative PAS/PAC sensor protein  32.31 
 
 
495 aa  73.9  0.0000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0692  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.52 
 
 
620 aa  73.9  0.0000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2366  two component sensor histidine kinase  31.78 
 
 
1154 aa  73.6  0.0000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0469089  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1093  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.57 
 
 
1721 aa  72.4  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3529  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.83 
 
 
1088 aa  72.8  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0076  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.44 
 
 
898 aa  72.8  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.695831  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2450  PAS sensor signal transduction histidine kinase  31.45 
 
 
499 aa  71.6  0.000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1577  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.76 
 
 
515 aa  71.6  0.000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.441834  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  34.35 
 
 
732 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3965  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.85 
 
 
1158 aa  70.9  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.342093 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.7 
 
 
695 aa  69.7  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.554525  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0316  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.43 
 
 
713 aa  70.1  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.810499  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3031  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.58 
 
 
807 aa  69.7  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.672924  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4331  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.69 
 
 
921 aa  68.9  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.153837  normal  0.0586924 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.09 
 
 
1248 aa  68.9  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2835  putative PAS/PAC sensor protein  33.59 
 
 
452 aa  69.3  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0837096  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.93 
 
 
500 aa  68.2  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.814589  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3124  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.82 
 
 
1374 aa  68.6  0.00000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.957955  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.17 
 
 
739 aa  68.6  0.00000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.500892  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1533  sensory box protein  30.5 
 
 
965 aa  68.2  0.00000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.76081  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1811  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.61 
 
 
1085 aa  67.8  0.00000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.565529  normal  0.532209 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3711  sensory box protein  31.25 
 
 
503 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0503901 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0285  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.03 
 
 
713 aa  67  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.2 
 
 
321 aa  67  0.00000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1615  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.65 
 
 
608 aa  67  0.00000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1193  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  33.1 
 
 
857 aa  66.6  0.0000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146062  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3213  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
778 aa  66.2  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1745  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.56 
 
 
501 aa  66.6  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.216394  normal  0.830414 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.56 
 
 
851 aa  66.6  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1143  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.48 
 
 
502 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.36757  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.53 
 
 
458 aa  65.5  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0542  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.39 
 
 
719 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1707  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.71 
 
 
1313 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.06 
 
 
698 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.330245  normal  0.58075 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6438  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.31 
 
 
668 aa  65.9  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.160303  normal  0.0428099 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0819  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.99 
 
 
393 aa  65.9  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0536941  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.08 
 
 
728 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0535292  normal  0.500981 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.38 
 
 
513 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3948  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.66 
 
 
717 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1666  sensory transduction histidine kinase  25 
 
 
945 aa  65.1  0.0000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.515191  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0502  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.66 
 
 
717 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.91 
 
 
740 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3766  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.66 
 
 
717 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1703  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
368 aa  64.7  0.0000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.301457  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.38 
 
 
657 aa  64.7  0.0000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0157583  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2969  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36 
 
 
634 aa  64.3  0.0000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3822  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.93 
 
 
717 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.834811  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.17 
 
 
398 aa  64.3  0.0000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3487  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.39 
 
 
717 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0127  Osmosensitive K+ channel histidine kinase-like protein  30.67 
 
 
640 aa  63.9  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4205  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.6 
 
 
1625 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0543  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.39 
 
 
717 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4133  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.6 
 
 
1629 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2663  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.38 
 
 
979 aa  63.9  0.0000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.366427 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3711  LuxR family transcriptional regulator  32.8 
 
 
637 aa  63.9  0.0000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.731459  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4337  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.6 
 
 
1629 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.571014  normal  0.322198 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.88 
 
 
512 aa  63.5  0.0000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.45 
 
 
862 aa  63.5  0.0000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.35 
 
 
519 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2121  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.69 
 
 
1171 aa  63.5  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.48946  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4932  signal transduction histidine kinase  29.46 
 
 
907 aa  63.2  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.752686 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>