More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_0993 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009379  Pnuc_0993  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
146 aa  301  1.0000000000000001e-81  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2761  putative PAS/PAC sensor protein  55.94 
 
 
143 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6742  putative PAS/PAC sensor protein  55.94 
 
 
143 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.63921  normal  0.585827 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0639  putative PAS/PAC sensor protein  53.19 
 
 
142 aa  171  3.9999999999999995e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3616  putative PAS/PAC sensor protein  53.62 
 
 
143 aa  166  8e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62766  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1366  putative PAS/PAC sensor protein  55.63 
 
 
149 aa  166  1e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1206  PAS sensor protein  54.93 
 
 
149 aa  165  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.490223  normal  0.110316 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1145  putative PAS/PAC sensor protein  57.04 
 
 
149 aa  165  2e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4841  putative PAS/PAC sensor protein  52.9 
 
 
143 aa  160  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.300455  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0488  putative PAS/PAC sensor protein  50.72 
 
 
148 aa  159  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4662  PAS  52.9 
 
 
145 aa  158  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4485  putative PAS/PAC sensor protein  52.17 
 
 
145 aa  157  4e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5581  putative PAS/PAC sensor protein  50.7 
 
 
157 aa  157  6e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.595222 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4051  putative PAS/PAC sensor protein  52.99 
 
 
142 aa  156  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.949542  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2802  putative PAS/PAC sensor protein  50 
 
 
152 aa  152  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.540476  normal  0.477024 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2500  putative PAS/PAC sensor protein  48.59 
 
 
143 aa  152  2e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1034  putative PAS/PAC sensor protein  47.69 
 
 
158 aa  141  3e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3857  putative PAS/PAC sensor protein  41.86 
 
 
145 aa  128  3e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.759378  normal  0.914632 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3701  putative PAS/PAC sensor protein  45.8 
 
 
145 aa  127  4.0000000000000003e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1710  putative PAS/PAC sensor protein  42.36 
 
 
144 aa  124  5e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.010044  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5550  putative PAS/PAC sensor protein  51.24 
 
 
141 aa  124  5e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1781  putative PAS/PAC sensor protein  42.36 
 
 
144 aa  123  6e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.345246  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1202  putative PAS/PAC sensor protein  43.41 
 
 
144 aa  122  2e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2168  putative PAS/PAC sensor protein  42.45 
 
 
144 aa  121  4e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.242596  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0483  putative PAS/PAC sensor protein  42.86 
 
 
147 aa  120  7e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000401014 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0466  putative PAS/PAC sensor protein  43.08 
 
 
147 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.98341  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0214  putative PAS/PAC sensor protein  41.09 
 
 
144 aa  118  3e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2133  putative PAS/PAC sensor protein  49.12 
 
 
141 aa  117  6e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.625741  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0362  putative PAS/PAC sensor protein  44.53 
 
 
141 aa  117  7.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3152  sensory box protein  36.17 
 
 
151 aa  116  9.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3172  putative PAS/PAC sensor protein  41.13 
 
 
151 aa  116  9.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.920236  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2658  putative PAS/PAC sensor protein  41.46 
 
 
145 aa  116  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0298  putative PAS/PAC sensor protein  36.24 
 
 
149 aa  111  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.169835  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0282  transcriptional regulator  43.31 
 
 
141 aa  110  8.000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.283126  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1568  transcriptional regulator  36.97 
 
 
139 aa  94.4  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.683844  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  34.53 
 
 
732 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1093  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.92 
 
 
1721 aa  78.2  0.00000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3803  PAS  32.23 
 
 
143 aa  73.9  0.0000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0051055 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0168  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
352 aa  71.6  0.000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2007  putative PAS/PAC sensor protein  30.47 
 
 
692 aa  72  0.000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.259838  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1533  sensory box protein  29.46 
 
 
965 aa  70.5  0.000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.76081  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1707  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.12 
 
 
1313 aa  70.1  0.000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3530  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.38 
 
 
654 aa  70.1  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5232  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
698 aa  69.3  0.00000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1797  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.17 
 
 
1419 aa  68.2  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.81 
 
 
1248 aa  67.4  0.00000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0022  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.74 
 
 
1499 aa  66.6  0.0000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0677  sensory box/GGDEF family protein  30 
 
 
947 aa  65.9  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000825914  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3377  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.5 
 
 
775 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4928  sensory box protein  27.86 
 
 
868 aa  65.1  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1082  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.53 
 
 
1068 aa  64.7  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.31862 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.94 
 
 
728 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0535292  normal  0.500981 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2876  sensory transduction histidine kinase  33.61 
 
 
936 aa  64.3  0.0000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.558657 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1042  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.86 
 
 
1059 aa  64.3  0.0000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.192885 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1726  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.04 
 
 
881 aa  64.3  0.0000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0185814  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.25 
 
 
648 aa  64.7  0.0000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2469  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.86 
 
 
747 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1944  signal-transducing histidine kinase  34.15 
 
 
1248 aa  64.3  0.0000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.318144  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2468  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.75 
 
 
1049 aa  63.9  0.0000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.858637  normal  0.0946099 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3031  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.22 
 
 
807 aa  63.9  0.0000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.672924  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1193  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  30.87 
 
 
857 aa  63.5  0.0000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146062  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0825  signal transduction histidine kinase  28.78 
 
 
455 aa  63.9  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.111815  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5902  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.04 
 
 
671 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.773791  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0316  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.85 
 
 
713 aa  63.5  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.810499  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0294  diguanylate cyclase  29.53 
 
 
432 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3161  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.2 
 
 
437 aa  62.8  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.838045  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1109  putative PAS/PAC sensor protein  27.1 
 
 
557 aa  62.8  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1666  sensory transduction histidine kinase  32.76 
 
 
945 aa  62.8  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.515191  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1703  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  32.58 
 
 
368 aa  62.4  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.301457  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0076  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.56 
 
 
898 aa  62.4  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.695831  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3151  putative PAS/PAC sensor protein  34.11 
 
 
1589 aa  62.8  0.000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.274524  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3529  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.12 
 
 
1088 aa  62  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5651  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.68 
 
 
801 aa  62  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  normal  0.285543 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0249  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.99 
 
 
484 aa  62  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2228  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.84 
 
 
654 aa  62  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.728607  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1248  sensory box histidine kinase/response regulator  34.19 
 
 
687 aa  62  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535727  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0261  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.12 
 
 
657 aa  62  0.000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.514383  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.91 
 
 
695 aa  61.6  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.554525  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3711  LuxR family transcriptional regulator  28.93 
 
 
637 aa  61.6  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.731459  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3122  sporulation kinase  33.87 
 
 
801 aa  61.6  0.000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3771  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.09 
 
 
714 aa  61.6  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.756709  normal  0.201817 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.36 
 
 
573 aa  61.2  0.000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000284252 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3402  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.66 
 
 
874 aa  61.2  0.000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2895  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.89 
 
 
705 aa  61.2  0.000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2345  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.6 
 
 
509 aa  61.2  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0120  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.3 
 
 
1568 aa  61.2  0.000000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1487  signal transduction histidine kinase  27.05 
 
 
924 aa  60.8  0.000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.588746 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
1820 aa  60.8  0.000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0126  sensory box histidine kinase/response regulator  33.33 
 
 
619 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.799989  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0021  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.43 
 
 
1225 aa  60.8  0.000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363406  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1550  sensory box histidine kinase  33.33 
 
 
680 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1633  sensory box histidine kinase  33.33 
 
 
680 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.736823  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2237  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.38 
 
 
381 aa  60.5  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.5102  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2563  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.8 
 
 
543 aa  60.5  0.000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6197  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.19 
 
 
665 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.163996  normal  0.752378 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2889  sensory transduction histidine kinase; sporulation kinase A  33.87 
 
 
801 aa  60.5  0.000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.516791  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3143  sporulation kinase  33.87 
 
 
801 aa  60.5  0.000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.564779 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2663  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.65 
 
 
979 aa  60.1  0.000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.366427 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1221  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.89 
 
 
637 aa  60.5  0.000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3421  putative PAS/PAC sensor protein  31.36 
 
 
341 aa  60.1  0.000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>