More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_4051 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_4051  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
142 aa  286  6e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.949542  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4841  putative PAS/PAC sensor protein  81.43 
 
 
143 aa  231  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.300455  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1145  putative PAS/PAC sensor protein  72.18 
 
 
149 aa  204  4e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1206  PAS sensor protein  71.43 
 
 
149 aa  203  8e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.490223  normal  0.110316 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1366  putative PAS/PAC sensor protein  71.43 
 
 
149 aa  203  8e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5581  putative PAS/PAC sensor protein  71.85 
 
 
157 aa  200  7e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.595222 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6742  putative PAS/PAC sensor protein  67.41 
 
 
143 aa  195  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.63921  normal  0.585827 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4662  PAS  64.96 
 
 
145 aa  195  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2761  putative PAS/PAC sensor protein  64.44 
 
 
143 aa  194  4.0000000000000005e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3616  putative PAS/PAC sensor protein  65.69 
 
 
143 aa  194  5.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62766  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2802  putative PAS/PAC sensor protein  65.67 
 
 
152 aa  191  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.540476  normal  0.477024 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4485  putative PAS/PAC sensor protein  64.96 
 
 
145 aa  189  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0488  putative PAS/PAC sensor protein  61.15 
 
 
148 aa  182  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0639  putative PAS/PAC sensor protein  60.29 
 
 
142 aa  179  1e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2500  putative PAS/PAC sensor protein  57.25 
 
 
143 aa  163  9e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0993  putative PAS/PAC sensor protein  52.99 
 
 
146 aa  156  1e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3857  putative PAS/PAC sensor protein  51.91 
 
 
145 aa  145  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.759378  normal  0.914632 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2168  putative PAS/PAC sensor protein  52.99 
 
 
144 aa  143  6e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.242596  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1710  putative PAS/PAC sensor protein  52.24 
 
 
144 aa  143  8.000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.010044  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1781  putative PAS/PAC sensor protein  52.24 
 
 
144 aa  143  9e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.345246  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5550  putative PAS/PAC sensor protein  51.94 
 
 
141 aa  138  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1034  putative PAS/PAC sensor protein  48.09 
 
 
158 aa  137  4.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3172  putative PAS/PAC sensor protein  50.39 
 
 
151 aa  136  7.999999999999999e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.920236  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2658  putative PAS/PAC sensor protein  47.69 
 
 
145 aa  135  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0483  putative PAS/PAC sensor protein  46.21 
 
 
147 aa  134  3.0000000000000003e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000401014 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2133  putative PAS/PAC sensor protein  58.77 
 
 
141 aa  134  5e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.625741  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3152  sensory box protein  49.24 
 
 
151 aa  133  7.000000000000001e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0466  putative PAS/PAC sensor protein  46.21 
 
 
147 aa  133  8e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.98341  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3701  putative PAS/PAC sensor protein  49.22 
 
 
145 aa  132  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0214  putative PAS/PAC sensor protein  47.73 
 
 
144 aa  132  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0298  putative PAS/PAC sensor protein  48.06 
 
 
149 aa  129  1.0000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.169835  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1202  putative PAS/PAC sensor protein  43.85 
 
 
144 aa  122  1e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0362  putative PAS/PAC sensor protein  47.2 
 
 
141 aa  119  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0282  transcriptional regulator  45.6 
 
 
141 aa  114  3e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.283126  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1568  transcriptional regulator  40 
 
 
139 aa  104  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.683844  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3803  PAS  36.89 
 
 
143 aa  77.8  0.00000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0051055 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0207  protein phosphatase 2C-like, stage II sporulation E  36.09 
 
 
684 aa  75.5  0.0000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.543577  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3124  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
1374 aa  75.5  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.957955  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2007  putative PAS/PAC sensor protein  39.34 
 
 
692 aa  74.7  0.0000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.259838  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1193  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  32.56 
 
 
857 aa  73.6  0.0000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146062  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1093  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.46 
 
 
1721 aa  73.2  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1533  sensory box protein  31.3 
 
 
965 aa  72.4  0.000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.76081  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.81 
 
 
1248 aa  72.8  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.29 
 
 
458 aa  70.5  0.000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  31.75 
 
 
732 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3031  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.54 
 
 
807 aa  69.3  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.672924  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1615  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.1 
 
 
608 aa  69.3  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.97 
 
 
513 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1756  PAS sensor signal transduction histidine kinase  29.5 
 
 
718 aa  68.2  0.00000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.977279  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3151  putative PAS/PAC sensor protein  28.68 
 
 
1589 aa  68.2  0.00000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.274524  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.09 
 
 
695 aa  67.8  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.554525  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0825  signal transduction histidine kinase  36.21 
 
 
455 aa  67.8  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.111815  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0076  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.59 
 
 
898 aa  67  0.00000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.695831  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0677  sensory box/GGDEF family protein  30.77 
 
 
947 aa  66.2  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000825914  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1707  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.34 
 
 
1313 aa  66.6  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1683  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.83 
 
 
1659 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2835  putative PAS/PAC sensor protein  32.03 
 
 
452 aa  66.6  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0837096  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.23 
 
 
398 aa  66.2  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1141  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.69 
 
 
520 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6274  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.46 
 
 
534 aa  65.9  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.311499 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.6 
 
 
573 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000284252 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0249  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 
484 aa  65.5  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0431  putative PAS/PAC sensor protein  48.44 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00281975  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1703  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  30.71 
 
 
368 aa  64.7  0.0000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.301457  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.33 
 
 
851 aa  64.7  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3146  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
521 aa  64.7  0.0000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3502  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.71 
 
 
807 aa  64.7  0.0000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.309689  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3509  signal transduction histidine kinase  30 
 
 
439 aa  64.3  0.0000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.2468 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1143  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.71 
 
 
502 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.36757  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.01 
 
 
740 aa  64.3  0.0000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3965  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.06 
 
 
1158 aa  63.9  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.342093 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2459  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.06 
 
 
514 aa  64.3  0.0000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.536831 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2116  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.59 
 
 
524 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4928  sensory box protein  31.01 
 
 
868 aa  63.2  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1826  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 
630 aa  63.2  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0888009 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1109  putative PAS/PAC sensor protein  34.82 
 
 
557 aa  63.2  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2366  two component sensor histidine kinase  28.57 
 
 
1154 aa  63.2  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0469089  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6438  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.43 
 
 
668 aa  63.2  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.160303  normal  0.0428099 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2469  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.3 
 
 
747 aa  62.8  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2468  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
1049 aa  63.5  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.858637  normal  0.0946099 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3508  putative PAS/PAC sensor protein  30.25 
 
 
554 aa  63.2  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.254838 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  34.85 
 
 
2213 aa  62.8  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4331  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.33 
 
 
921 aa  62.8  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.153837  normal  0.0586924 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1745  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.67 
 
 
501 aa  62.4  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.216394  normal  0.830414 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2228  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.33 
 
 
654 aa  62.4  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.728607  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2666  signal transduction histidine kinase  31.34 
 
 
446 aa  62.4  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.653198  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1538  putative PAS/PAC sensor protein  30 
 
 
495 aa  62.4  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.59 
 
 
527 aa  62  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0267  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.33 
 
 
631 aa  62  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.172451  normal  0.0925086 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.84 
 
 
821 aa  62  0.000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0531  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.56 
 
 
1193 aa  61.6  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2057  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.37 
 
 
774 aa  61.6  0.000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.906607  hitchhiker  0.00133985 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3402  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.58 
 
 
874 aa  61.6  0.000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.71 
 
 
739 aa  61.2  0.000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.500892  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2070  sensory box protein  32.58 
 
 
771 aa  60.8  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.794479  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4177  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.81 
 
 
490 aa  60.8  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  32.28 
 
 
548 aa  60.8  0.000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3675  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.06 
 
 
966 aa  60.8  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2663  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.39 
 
 
979 aa  60.5  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.366427 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0692  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
620 aa  60.5  0.000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>