198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mlg_0093 on replicon NC_008340
Organism: Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  100 
 
 		 177 aa  357  6e-98  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  50.62 
 
 		 175 aa  145  3e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  45.62 
 
 		 167 aa  143  1e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1124  transcriptional activator RfaH  45.62 
 
 		 167 aa  142  3e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2484  transcriptional activator RfaH  48.39 
 
 		 174 aa  139  1.9999999999999998e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2142  transcription antitermination protein nusG  38.46 
 
 		 182 aa  114  7.999999999999999e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.592011  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3226  transcriptional activator RfaH  36.81 
 
 		 170 aa  112  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3953  transcriptional activator RfaH  38.16 
 
 		 163 aa  109  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.038453 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0279  transcriptional activator RfaH  35.67 
 
 		 162 aa  108  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3937  transcriptional activator RfaH  35.67 
 
 		 161 aa  108  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4091  hypothetical protein  37.42 
 
 		 174 aa  105  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.177028 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1908  transcriptional activator RfaH  35.03 
 
 		 162 aa  105  3e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00305393 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3444  transcriptional activator RfaH  34.97 
 
 		 170 aa  104  8e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3907  transcriptional activator RfaH  36.94 
 
 		 162 aa  104  8e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.519229  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15910  transcriptional activator RfaH  39.87 
 
 		 153 aa  100  7e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3755  transcriptional activator RfaH  35.67 
 
 		 162 aa  100  8e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03733  transcriptional activator RfaH  35.71 
 
 		 162 aa  100  9e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4139  transcriptional acivator RfaH  35.71 
 
 		 162 aa  100  9e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03682  hypothetical protein  35.71 
 
 		 162 aa  100  9e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5280  transcriptional activator RfaH  35.71 
 
 		 162 aa  100  9e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.311175  normal  0.111679 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4168  transcriptional activator RfaH  35.71 
 
 		 162 aa  100  9e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4222  transcriptional activator RfaH  35.71 
 
 		 162 aa  100  9e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601937 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4064  transcriptional activator RfaH  35.71 
 
 		 162 aa  100  9e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4360  transcriptional activator RfaH  35.71 
 
 		 162 aa  100  9e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.659634  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4311  transcriptional activator RfaH  35.71 
 
 		 162 aa  100  9e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4239  transcriptional activator RfaH  36.6 
 
 		 162 aa  100  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  33.73 
 
 		 166 aa  99.8  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  35.93 
 
 		 166 aa  99.8  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  26.99 
 
 		 169 aa  99  3e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0256  transcriptional activator RfaH  34.44 
 
 		 162 aa  99  3e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4048  transcriptional activator RfaH  34.62 
 
 		 162 aa  98.6  4e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4304  transcriptional activator RfaH  34.42 
 
 		 162 aa  98.2  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4257  transcriptional activator RfaH  34.42 
 
 		 162 aa  98.2  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4185  transcriptional activator RfaH  34.42 
 
 		 162 aa  98.2  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4208  transcriptional activator RfaH  34.42 
 
 		 162 aa  98.2  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4364  transcriptional activator RfaH  34.42 
 
 		 162 aa  97.8  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.394669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  32.2 
 
 		 179 aa  97.8  6e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  30.67 
 
 		 166 aa  94.4  8e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2812  transcription antitermination protein nusG  35.37 
 
 		 178 aa  93.6  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3134  NusG antitermination factor  34.18 
 
 		 182 aa  93.6  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  30.72 
 
 		 166 aa  92.4  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3198  NusG antitermination factor  35.29 
 
 		 184 aa  91.7  5e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  29.52 
 
 		 166 aa  91.3  6e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  29.52 
 
 		 166 aa  91.3  6e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  28.92 
 
 		 168 aa  91.3  7e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  31.25 
 
 		 179 aa  91.3  7e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  31.95 
 
 		 166 aa  89.4  3e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  30.12 
 
 		 168 aa  89.4  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  35.19 
 
 		 173 aa  87.8  7e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0511  transcriptional activator RfaH  32.72 
 
 		 165 aa  87.8  8e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  29.27 
 
 		 168 aa  87.4  9e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  29.27 
 
 		 168 aa  87.4  9e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2265  transcriptional activator rfaH, putative  32.52 
 
 		 167 aa  87  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000106043  hitchhiker  0.00695369 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  31.36 
 
 		 175 aa  85.9  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  29.52 
 
 		 168 aa  85.1  5e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1394  transcriptional acivator RfaH  32.95 
 
 		 173 aa  84  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0133861  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0826  transcriptional activator RfaH  26.99 
 
 		 165 aa  82.4  0.000000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  27.98 
 
 		 170 aa  77  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0357  NusG antitermination factor  27.97 
 
 		 154 aa  75.9  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0058  transcriptional activator  40.78 
 
 		 159 aa  72  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3398  NusG antitermination factor  28.22 
 
 		 174 aa  71.2  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191132  normal  0.539584 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5306  NusG antitermination factor  30.6 
 
 		 174 aa  70.1  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.955236  normal  0.0968328 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0546  NGN domain protein  27.78 
 
 		 168 aa  67.8  0.00000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381555 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5198  NusG antitermination factor  22.98 
 
 		 170 aa  65.5  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.296838 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3605  NusG antitermination factor  26.99 
 
 		 174 aa  64.3  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358379  hitchhiker  0.000423635 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1665  NusG antitermination factor  25.32 
 
 		 170 aa  60.1  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0626  NusG antitermination factor  27.61 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000497813  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1422  transcription antitermination protein nusG  25.93 
 
 		 185 aa  58.2  0.00000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.002098  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2360  NusG antitermination factor  32.67 
 
 		 185 aa  57.8  0.00000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00889306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1492  NusG antitermination factor  25 
 
 		 178 aa  57.8  0.00000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.509367  normal  0.372591 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0307  transcription antitermination protein nusG  27.72 
 
 		 180 aa  56.6  0.0000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000733893  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0438  transcription termination/antitermination factor NusG  23.49 
 
 		 204 aa  55.8  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2239  NusG antitermination factor  23.67 
 
 		 179 aa  55.8  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000688878  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3325  NusG antitermination factor  27.54 
 
 		 194 aa  55.8  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0701558  normal  0.115804 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4321  NusG antitermination factor  25.15 
 
 		 194 aa  55.5  0.0000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0895327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3892  NGN domain protein  27.45 
 
 		 176 aa  55.1  0.0000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0386  NusG antitermination factor  26.79 
 
 		 243 aa  55.1  0.0000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4020  NusG antitermination factor  24.57 
 
 		 189 aa  54.7  0.0000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.579663  normal  0.523412 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6676  hypothetical protein  27.59 
 
 		 171 aa  54.3  0.0000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.26464  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0689  transcription termination/antitermination factor NusG  24.56 
 
 		 177 aa  53.1  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  4.8031099999999993e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0149  NusG antitermination factor  24.71 
 
 		 197 aa  53.1  0.000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114969  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2130  NusG antitermination factor  25.56 
 
 		 176 aa  52.4  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0645684  normal  0.768925 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2594  transcription antitermination protein nusG  26.39 
 
 		 180 aa  52.8  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000665583  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2660  NusG antitermination factor  26.98 
 
 		 161 aa  52  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.192124  normal  0.041125 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2954  NusG antitermination factor  24.73 
 
 		 198 aa  52  0.000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000249386  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1699  NusG antitermination factor  23.21 
 
 		 212 aa  51.6  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.341221 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1477  NusG antitermination factor  25 
 
 		 187 aa  51.6  0.000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0560518  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0389  transcription antitermination protein NusG  25.52 
 
 		 179 aa  51.6  0.000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09670  transcription antitermination protein nusG  24.28 
 
 		 178 aa  51.6  0.000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00365981  hitchhiker  0.0000231337 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0121  NusG antitermination factor  25.45 
 
 		 188 aa  51.6  0.000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.978934  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2803  NusG antitermination factor  23.03 
 
 		 207 aa  51.2  0.000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0965  NusG antitermination factor  26.53 
 
 		 169 aa  51.2  0.000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4681  transcription antitermination protein nusG  23.76 
 
 		 199 aa  50.8  0.000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000131174  hitchhiker  0.00867825 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1589  NusG antitermination factor  26.03 
 
 		 184 aa  50.4  0.00001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.262291  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0093  transcription antitermination protein NusG  23.37 
 
 		 177 aa  50.8  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2659  transcription antitermination protein NusG  24.56 
 
 		 250 aa  50.4  0.00001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.208003  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1068  Transcription antiterminator-like protein  23.03 
 
 		 266 aa  50.4  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.740991 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2167  transcription antitermination protein nusG  23.26 
 
 		 176 aa  50.4  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0599696  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0559  transcription antitermination protein  22.99 
 
 		 182 aa  50.4  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00288108  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0573  transcription antitermination protein  22.99 
 
 		 182 aa  50.4  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000169093  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>