More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3894 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_4262  efflux transporter, RND family, MFP subunit  99.75 
 
 		 401 aa  803    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal  0.668996 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3894  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 425 aa  860    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.366041 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4365  efflux transporter, RND family, MFP subunit  91.04 
 
 		 402 aa  735    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5992  RND family efflux transporter MFP subunit  59.58 
 
 		 405 aa  398  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.647654 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3395  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.5 
 
 		 389 aa  151  3e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1215  multidrug efflux system subunit MdtA  28.61 
 
 		 444 aa  148  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1332  multidrug efflux system subunit MdtA  28.61 
 
 		 444 aa  148  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.713792  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3103  multidrug efflux system subunit MdtA  28.61 
 
 		 427 aa  147  3e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0825  RND family efflux transporter MFP subunit  29.57 
 
 		 383 aa  147  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1206  multidrug efflux system subunit MdtA  29.6 
 
 		 419 aa  147  3e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0570202  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44050  multidrug efflux pump membrane fusion protein  31.73 
 
 		 427 aa  147  4.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2644  RND family efflux transporter MFP subunit  31.72 
 
 		 385 aa  147  5e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4972  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.2 
 
 		 381 aa  146  8.000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.956167  normal  0.110468 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4509  RND family efflux transporter MFP subunit  31.2 
 
 		 381 aa  146  8.000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3552  multidrug efflux system subunit MdtA  28.74 
 
 		 413 aa  146  9e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  28.28 
 
 		 411 aa  145  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0647  RND family efflux transporter MFP subunit  30.97 
 
 		 425 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  30.12 
 
 		 415 aa  144  4e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5503  RND family efflux transporter MFP subunit  30.97 
 
 		 445 aa  144  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00522591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  30.12 
 
 		 415 aa  144  4e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2966  multidrug efflux system subunit MdtA  29.27 
 
 		 413 aa  143  5e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.874422  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  30.12 
 
 		 415 aa  143  7e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  29.82 
 
 		 415 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2372  RND family efflux transporter MFP subunit  31.38 
 
 		 395 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  29.82 
 
 		 415 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.82 
 
 		 415 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  29.82 
 
 		 415 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2893  secretion protein HlyD  32.49 
 
 		 385 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127871  normal  0.371656 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  29.82 
 
 		 455 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0736  RND family efflux transporter MFP subunit  31.06 
 
 		 387 aa  140  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  33.53 
 
 		 391 aa  140  3.9999999999999997e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1312  multidrug efflux system subunit MdtA  28.66 
 
 		 410 aa  140  4.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.164615  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5362  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.56 
 
 		 377 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.25 
 
 		 381 aa  139  7e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.815107  normal  0.264656 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0986  multidrug efflux system subunit MdtA  29.82 
 
 		 415 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.607592 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2312  multidrug efflux system subunit MdtA  31.37 
 
 		 413 aa  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1593  secretion protein HlyD  31.42 
 
 		 400 aa  139  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000034507  unclonable  0.000000261884 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1124  RND family efflux transporter MFP subunit  31.61 
 
 		 408 aa  139  1e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.360909 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  27.33 
 
 		 374 aa  138  2e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4636  secretion protein HlyD  31.52 
 
 		 403 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2957  secretion protein HlyD  28.85 
 
 		 389 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0178504  normal  0.933874 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2702  multidrug efflux system subunit MdtA  29.36 
 
 		 411 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3714  RND family efflux transporter MFP subunit  30.86 
 
 		 408 aa  135  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132208 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.89 
 
 		 455 aa  135  9.999999999999999e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.568711  normal  0.749765 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0971  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.67 
 
 		 416 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39107  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5071  RND family efflux transporter MFP subunit  30.94 
 
 		 377 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212583  normal  0.0344609 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.4 
 
 		 391 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2363  multidrug efflux system subunit MdtA  31.1 
 
 		 413 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.67985 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6029  acriflavin resistance protein A  30.58 
 
 		 411 aa  134  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2472  multidrug efflux system subunit MdtA  31.1 
 
 		 413 aa  134  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.957345 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2356  multidrug efflux system subunit MdtA  31.1 
 
 		 413 aa  134  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3399  RND family efflux transporter MFP subunit  31.29 
 
 		 406 aa  134  3.9999999999999996e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3527  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.24 
 
 		 446 aa  133  5e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1701  secretion protein HlyD  30.38 
 
 		 412 aa  133  5e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.17328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0719  secretion protein HlyD  26.94 
 
 		 457 aa  133  5e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1172  RND family efflux transporter MFP subunit  26.94 
 
 		 454 aa  133  6e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.118061 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2256  multidrug efflux system subunit MdtA  31.1 
 
 		 413 aa  133  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0410  RND family efflux transporter MFP subunit  29.6 
 
 		 407 aa  133  6.999999999999999e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1198  RND family efflux transporter MFP subunit  26.94 
 
 		 457 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495254  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1501  HlyD family secretion protein  27.59 
 
 		 445 aa  132  9e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.310778  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2499  RND family efflux transporter MFP subunit  31.43 
 
 		 416 aa  132  9e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1590  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  27.68 
 
 		 367 aa  132  9e-30  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2202  RND family efflux transporter MFP subunit  29.25 
 
 		 407 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1364  membrane fusion protein MdtA  27.85 
 
 		 442 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.284522  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1369  membrane fusion protein MdtA  27.59 
 
 		 445 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0948  secretion protein HlyD  29.13 
 
 		 413 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.297274  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2338  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.74 
 
 		 373 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3651  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.24 
 
 		 441 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3327  RND family efflux transporter MFP subunit  30.24 
 
 		 441 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2186  RND family efflux transporter MFP subunit  28.27 
 
 		 435 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0416  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  27.4 
 
 		 367 aa  130  3e-29  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1099  HlyD family secretion protein  31.65 
 
 		 401 aa  130  3e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4306  HlyD family secretion protein  28.27 
 
 		 456 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0237047  normal  0.270235 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0692  secretion protein HlyD  29.45 
 
 		 412 aa  131  3e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000417324  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1080  RND family efflux transporter MFP subunit  28.05 
 
 		 463 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.21193  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3585  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.98 
 
 		 435 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1080  RND family efflux transporter MFP subunit  28.05 
 
 		 457 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2866  HlyD family secretion protein  26.86 
 
 		 576 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2104  RND family efflux transporter MFP subunit  28.88 
 
 		 450 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0742  secretion protein HlyD  30.26 
 
 		 400 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.460648 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0390  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  27.12 
 
 		 367 aa  130  5.0000000000000004e-29  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2041  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.08 
 
 		 419 aa  129  7.000000000000001e-29  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0718692  normal  0.0182823 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4472  RND family efflux transporter MFP subunit  31.93 
 
 		 447 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0821721 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2447  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.38 
 
 		 462 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2742  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.53 
 
 		 462 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.878273  normal  0.333603 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1640  CmeA  28.02 
 
 		 386 aa  129  1.0000000000000001e-28  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2519  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 		 462 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0990554 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1610  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 394 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.665479  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2482  secretion protein HlyD  29.01 
 
 		 434 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.179732  normal  0.227362 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.81 
 
 		 379 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000851177  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4148  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.79 
 
 		 560 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1828  secretion protein HlyD  29.23 
 
 		 406 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2427  RND family efflux transporter MFP subunit  30.41 
 
 		 380 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.412114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1596  RND family efflux transporter MFP subunit  30.4 
 
 		 398 aa  128  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.566633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  31.25 
 
 		 384 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.66626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3781  secretion protein HlyD  31.34 
 
 		 398 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.012367 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0828  RND family efflux transporter MFP subunit  27.57 
 
 		 396 aa  128  2.0000000000000002e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  29.11 
 
 		 372 aa  128  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4789  RND family efflux transporter MFP subunit  32.92 
 
 		 392 aa  127  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3155  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.37 
 
 		 403 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>