More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mboo_0245 on replicon NC_009712
Organism: Candidatus Methanoregula boonei 6A8



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009712  Mboo_0245  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  100 
 
 		 213 aa  426  1e-119  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0603  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  84.09 
 
 		 199 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2863  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  77.78 
 
 		 190 aa  304  8.000000000000001e-82  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00140863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2242  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  81.38 
 
 		 188 aa  303  1.0000000000000001e-81  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0658  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  73.91 
 
 		 190 aa  292  2e-78  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0285  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  51.55 
 
 		 194 aa  210  1e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2280  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  55.06 
 
 		 192 aa  205  5e-52  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000121827  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1321  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  48.26 
 
 		 206 aa  187  1e-46  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3454  DNA-directed RNA polymerase  49.47 
 
 		 191 aa  182  3e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2207  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  48.95 
 
 		 189 aa  179  2.9999999999999997e-44  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1488  DNA-directed RNA polymerase  47.34 
 
 		 189 aa  178  4e-44  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.462584  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0728  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  46.84 
 
 		 192 aa  177  1e-43  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.878549 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2396  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  48.59 
 
 		 191 aa  165  4e-40  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1425  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  42.16 
 
 		 188 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0568  DNA-directed RNA polymerase  45.92 
 
 		 199 aa  159  3e-38  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.686614  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1437  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  42.05 
 
 		 187 aa  157  1e-37  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.194518 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0471  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  41.48 
 
 		 187 aa  156  3e-37  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1197  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  41.48 
 
 		 187 aa  155  4e-37  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.824142  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1235  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  39.09 
 
 		 198 aa  149  4e-35  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0280  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  41.21 
 
 		 195 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.45768  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2241  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  41.1 
 
 		 176 aa  128  7.000000000000001e-29  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.270125  hitchhiker  0.00212612 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1136  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  37.5 
 
 		 211 aa  124  1e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.418303 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1391  DNA-directed RNA polymerase  36.67 
 
 		 180 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0922  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  35.96 
 
 		 195 aa  104  9e-22  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.188149 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2231  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  33.9 
 
 		 191 aa  101  9e-21  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.569395 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0897  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  34.29 
 
 		 191 aa  100  2e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.762651  normal  0.613497 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0415  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  37.88 
 
 		 222 aa  100  2e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1990  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  33.33 
 
 		 194 aa  87.8  1e-16  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_37948  predicted protein  25.32 
 
 		 179 aa  65.1  0.0000000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0428372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35680  predicted protein  28.48 
 
 		 181 aa  63.5  0.000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  34.13 
 
 		 819 aa  62.4  0.000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34242  subunit of RNA polymerase III  23.47 
 
 		 196 aa  62.4  0.000000006  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0406434 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  26.32 
 
 		 829 aa  60.1  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2237  ribonuclease R  38.89 
 
 		 770 aa  59.3  0.00000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  30.71 
 
 		 833 aa  58.2  0.00000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND04750  conserved hypothetical protein  22.45 
 
 		 172 aa  58.5  0.00000008  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.551706  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  28.68 
 
 		 857 aa  58.2  0.00000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  28.68 
 
 		 857 aa  58.2  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  36.62 
 
 		 792 aa  57.8  0.0000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0438  exoribonuclease R  32.73 
 
 		 828 aa  58.2  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.845016  unclonable  0.0000000698245 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28240  RNA polymerase II subunit  24.67 
 
 		 173 aa  57  0.0000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.18212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  32 
 
 		 817 aa  56.6  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  29.37 
 
 		 859 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  32 
 
 		 808 aa  56.6  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  36.11 
 
 		 752 aa  55.8  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  36.62 
 
 		 790 aa  55.8  0.0000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  30.33 
 
 		 807 aa  56.2  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  36.62 
 
 		 790 aa  55.8  0.0000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2101  RNAse R  26.98 
 
 		 771 aa  55.5  0.0000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000122542  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0767  exoribonuclease R  28.79 
 
 		 822 aa  55.5  0.0000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.630081  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  27.91 
 
 		 857 aa  55.5  0.0000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  30.16 
 
 		 821 aa  55.1  0.0000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  33.33 
 
 		 807 aa  55.1  0.0000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  33.33 
 
 		 807 aa  55.1  0.0000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  33.33 
 
 		 807 aa  55.1  0.0000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2420  ribonuclease R  34.72 
 
 		 770 aa  55.1  0.0000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.173356  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  33.33 
 
 		 807 aa  55.1  0.0000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3791  exoribonuclease R  33.7 
 
 		 844 aa  54.3  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  28.48 
 
 		 824 aa  54.3  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1322  30S ribosomal protein S1  31.91 
 
 		 566 aa  54.7  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.85252  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0692  exoribonuclease R  33.7 
 
 		 844 aa  54.3  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0401  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  31.21 
 
 		 721 aa  54.3  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  33.8 
 
 		 758 aa  54.3  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3646  exoribonuclease R  33.7 
 
 		 844 aa  54.3  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1303  exoribonuclease R  29.73 
 
 		 779 aa  54.7  0.000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00042422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4013  RNA-binding S1 domain-containing protein  27.34 
 
 		 779 aa  54.7  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  32.88 
 
 		 830 aa  54.7  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  35.14 
 
 		 813 aa  53.5  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  35.14 
 
 		 813 aa  53.5  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  30.67 
 
 		 819 aa  53.5  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  25 
 
 		 826 aa  53.5  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  32 
 
 		 808 aa  53.9  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 813 aa  53.5  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4015  RNA-binding S1 domain-containing protein  28.68 
 
 		 803 aa  53.5  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 813 aa  53.5  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 813 aa  53.5  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 813 aa  53.5  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 813 aa  53.5  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0103  30S ribosomal protein S1  34.41 
 
 		 569 aa  53.9  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.924927 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  35.14 
 
 		 813 aa  53.5  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  32 
 
 		 808 aa  53.9  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  32.39 
 
 		 762 aa  53.5  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  32 
 
 		 808 aa  53.9  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 813 aa  53.5  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  32 
 
 		 809 aa  53.9  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 812 aa  53.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 812 aa  53.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  27.1 
 
 		 824 aa  53.1  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3602  exoribonuclease R  33.33 
 
 		 818 aa  52.8  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 812 aa  53.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1891  ribonuclease R  30.67 
 
 		 746 aa  53.1  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1565  ribonuclease R  30.67 
 
 		 746 aa  53.1  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000702631 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 812 aa  53.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 812 aa  53.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  35.62 
 
 		 804 aa  53.5  0.000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1726  exoribonuclease R  33.8 
 
 		 774 aa  52.8  0.000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.388166  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  31.51 
 
 		 814 aa  52.4  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  31.51 
 
 		 834 aa  52.8  0.000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  34.67 
 
 		 876 aa  52.8  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  25.95 
 
 		 792 aa  52.8  0.000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>