More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbar_A1417 on replicon NC_007355
Organism: Methanosarcina barkeri str. Fusaro



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007355  Mbar_A1417  dimethylallyltranstransferase / geranyltranstransferase  100 
 
 		 321 aa  648    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.0000231045  decreased coverage  0.000138058 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2399  farnesyltranstransferase  67.7 
 
 		 322 aa  457  1e-127  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0453989  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0472  farnesyltranstransferase  59.81 
 
 		 327 aa  409  1e-113  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0424008  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2048  Polyprenyl synthetase  49.56 
 
 		 348 aa  309  4e-83  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.225827  normal  0.179552 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0443  Dimethylallyltranstransferase  50.29 
 
 		 349 aa  288  1e-76  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.843643  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2538  Dimethylallyltranstransferase  49.26 
 
 		 349 aa  285  1.0000000000000001e-75  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1816  geranyltranstransferase  47.66 
 
 		 321 aa  276  4e-73  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.204305  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2608  Polyprenyl synthetase  48.07 
 
 		 344 aa  266  4e-70  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.879675  normal  0.754762 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2049  Polyprenyl synthetase  46.92 
 
 		 346 aa  265  7e-70  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  hitchhiker  0.000493992  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2209  farnesyltranstransferase  45.42 
 
 		 325 aa  254  2.0000000000000002e-66  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2372  Polyprenyl synthetase  44.31 
 
 		 320 aa  248  8e-65  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.550389  normal  0.440356 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2886  farnesyltranstransferase  45.39 
 
 		 320 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.435226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1060  polyprenyl synthetase  45.61 
 
 		 317 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0685  GCN5-related N-acetyltransferase  43.52 
 
 		 322 aa  237  2e-61  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.27357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0904  polyprenyl synthetase  44.82 
 
 		 317 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.28863  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1042  polyprenyl synthetase  43.92 
 
 		 317 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.623686 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1635  dimethylallyltranstransferase  44.11 
 
 		 317 aa  233  3e-60  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.750047  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2135  geranyltranstransferase  41.01 
 
 		 327 aa  220  1.9999999999999999e-56  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0551821  decreased coverage  0.00000978796 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1186  polyprenyl synthetase  41.2 
 
 		 320 aa  215  7e-55  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1042  Dimethylallyltranstransferase  40.64 
 
 		 332 aa  209  5e-53  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3558  Polyprenyl synthetase  38.36 
 
 		 324 aa  205  8e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.358562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0312  polyprenyl synthetase  33.03 
 
 		 326 aa  202  8e-51  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.440979 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5744  Dimethylallyltranstransferase  35.94 
 
 		 323 aa  201  1.9999999999999998e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1235  Polyprenyl synthetase  40 
 
 		 330 aa  194  2e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3743  polyprenyl synthetase  37.76 
 
 		 322 aa  194  2e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3672  Polyprenyl synthetase  43.75 
 
 		 323 aa  194  2e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00904172  normal  0.171557 
 
 
-
 
NC_002950  PG0784  polyprenyl synthetase  43.53 
 
 		 325 aa  191  1e-47  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1350  trans-hexaprenyltranstransferase  36.21 
 
 		 318 aa  190  2.9999999999999997e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1262  Trans-hexaprenyltranstransferase  37.29 
 
 		 320 aa  189  4e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1252  trans-hexaprenyltranstransferase  35.47 
 
 		 322 aa  188  1e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.192713 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1263  polyprenyl synthetase  38.62 
 
 		 324 aa  188  1e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1628  Polyprenyl synthetase  37.46 
 
 		 322 aa  186  5e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.310703 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2277  Polyprenyl synthetase  36.61 
 
 		 322 aa  185  7e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2166  trans-hexaprenyltranstransferase  35.47 
 
 		 320 aa  185  9e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01980  putative isoprenoid biosynthesis related protein  38.91 
 
 		 324 aa  185  1.0000000000000001e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.586835  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1446  isoprenyl synthetase  32.91 
 
 		 331 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0416  Polyprenyl synthetase  33.54 
 
 		 332 aa  183  3e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0642376 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0315  Polyprenyl synthetase  32.23 
 
 		 332 aa  182  9.000000000000001e-45  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0533  polyprenyl synthetase  37.28 
 
 		 338 aa  181  2e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.506738 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1586  trans-hexaprenyltranstransferase  37.46 
 
 		 323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0384  polyprenyl synthetase  32.1 
 
 		 332 aa  178  9e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.671664  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0164  Trans-hexaprenyltranstransferase  36.99 
 
 		 325 aa  178  1e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0195554  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1248  Trans-hexaprenyltranstransferase  36.24 
 
 		 323 aa  178  1e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0413  Polyprenyl synthetase  33.33 
 
 		 337 aa  178  1e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3205  octaprenyl-diphosphate synthase  33.22 
 
 		 322 aa  178  1e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.192377  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3354  trans-hexaprenyltranstransferase  34.92 
 
 		 331 aa  177  2e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00431304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0681  polyprenyl synthetase  43.15 
 
 		 299 aa  177  3e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1286  polyprenyl synthetase  36.33 
 
 		 338 aa  176  3e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.916051  normal  0.252037 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2455  polyprenyl synthetase  37.63 
 
 		 322 aa  176  3e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000180398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0340  trans-hexaprenyltranstransferase  35.74 
 
 		 321 aa  177  3e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104163  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1317  octaprenyl-diphosphate synthase  36.12 
 
 		 322 aa  176  4e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1538  polyprenyl synthetase  42.08 
 
 		 294 aa  176  4e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000356422  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0461  geranyltranstransferase (farnesyl-diphosphate synthase)  39.91 
 
 		 325 aa  176  6e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.215839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13433  multi-functional geranylgeranyl pyrophosphate synthetase idsA1: dimethylallyltransferase + geranyltranstransferase + farnesyltranstransferase  39.04 
 
 		 359 aa  175  9e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0383  Polyprenyl synthetase  32.92 
 
 		 337 aa  174  9.999999999999999e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.955565  normal  0.0650374 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1257  Polyprenyl synthetase  41.02 
 
 		 295 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00136441  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  40.18 
 
 		 322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3477  Trans-hexaprenyltranstransferase  34.35 
 
 		 322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00654823 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1765  geranyltranstransferase  31.02 
 
 		 330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.281488 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0680  trans-hexaprenyltranstransferase  31.88 
 
 		 322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000360106  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15151  polyprenyl synthetase  42.74 
 
 		 299 aa  174  2.9999999999999996e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.423714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03300  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  35.03 
 
 		 337 aa  173  3.9999999999999995e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3376  polyprenyl synthetase  34.36 
 
 		 322 aa  172  6.999999999999999e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02016  polyprenyl synthetase  33.22 
 
 		 332 aa  172  6.999999999999999e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  33.45 
 
 		 323 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3954399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  32.99 
 
 		 323 aa  172  9e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1844  Polyprenyl synthetase  37.23 
 
 		 321 aa  172  1e-41  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3026  Polyprenyl synthetase  40.62 
 
 		 295 aa  171  1e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3415  Polyprenyl synthetase  34.01 
 
 		 322 aa  171  1e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00212563  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2007  trans-hexaprenyltranstransferase  34.92 
 
 		 322 aa  171  1e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00197396  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  33.11 
 
 		 323 aa  171  2e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  33.11 
 
 		 323 aa  171  2e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  33.11 
 
 		 323 aa  171  2e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  33.11 
 
 		 323 aa  171  2e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  33.11 
 
 		 323 aa  171  2e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0524  octaprenyl-diphosphate synthase  32.51 
 
 		 331 aa  171  2e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4498  polyprenyl synthetase  33.1 
 
 		 322 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.507536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2928  trans-hexaprenyltranstransferase  33.56 
 
 		 323 aa  171  2e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000191483  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  33.11 
 
 		 323 aa  171  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000324786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  32.42 
 
 		 370 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  32.42 
 
 		 370 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1025  polyprenyl synthetase  41.22 
 
 		 295 aa  170  3e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  32.42 
 
 		 370 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  32.42 
 
 		 370 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2027  trans-hexaprenyltranstransferase  35.31 
 
 		 331 aa  170  3e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  32.42 
 
 		 370 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0360  octaprenyl-diphosphate synthase  32.76 
 
 		 323 aa  169  4e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00089716  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09331  polyprenyl synthetase  36.94 
 
 		 306 aa  169  4e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.47365 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0868  trans-hexaprenyltranstransferase  31.51 
 
 		 323 aa  169  6e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000612724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0972  Polyprenyl synthetase  41.06 
 
 		 320 aa  169  6e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.23311  normal  0.31243 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  32.38 
 
 		 323 aa  169  6e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1038  polyprenyl synthetase  31.38 
 
 		 319 aa  169  8e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2704  farnesyl-diphosphate synthase  38.46 
 
 		 309 aa  168  1e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00000153186  normal  0.671867 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0711  polyprenyl synthetase  32.89 
 
 		 338 aa  168  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0498261  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2031  trans-hexaprenyltranstransferase  30.99 
 
 		 333 aa  168  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0687  polyprenyl synthetase  32.41 
 
 		 322 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.573498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase/polyprenyl synthetase  29.81 
 
 		 333 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3742  farnesyltranstransferase  30.77 
 
 		 336 aa  167  2e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.326793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0719  polyprenyl synthetase  32.41 
 
 		 322 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0718  polyprenyl synthetase  32.41 
 
 		 322 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.454253  decreased coverage  0.00754032 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>