More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03806 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_03806  sigma-54 dependent transcriptional regulator  100 
 
 
440 aa  911    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1976  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  57.31 
 
 
438 aa  520  1e-146  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1875  sigma-54 dependent transcriptional regulator  52.76 
 
 
434 aa  462  1e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2043  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.17 
 
 
439 aa  404  1e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.339367  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0870  putative PAS/PAC sensor protein  45.98 
 
 
469 aa  402  1e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.252306 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2356  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.06 
 
 
436 aa  398  9.999999999999999e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.131699 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0682  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.86 
 
 
441 aa  401  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0682  helix-turn-helix, Fis-type  46.79 
 
 
454 aa  393  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2020  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.56 
 
 
466 aa  390  1e-107  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.29433  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3590  helix-turn-helix, Fis-type  46.56 
 
 
436 aa  388  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5349  transcriptional regulator  47.36 
 
 
441 aa  389  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.982253  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0676  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.66 
 
 
456 aa  385  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6335  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.48 
 
 
460 aa  386  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1744  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.48 
 
 
460 aa  386  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0111  sigma-54 dependent transcriptional regulator  45.73 
 
 
439 aa  384  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5042  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.57 
 
 
460 aa  383  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2283  sigma-54 dependent transcriptional regulator  45.79 
 
 
451 aa  384  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.884804  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0070  putative sigma54 specific transcriptional regulator  46.88 
 
 
434 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.364137  hitchhiker  0.000000158676 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0051  sigma-54 dependent transcriptional regulator  46.45 
 
 
430 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000634616 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2171  putative sensory box sigma-54 dependent transcriptional regulator  44.65 
 
 
469 aa  380  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0077  helix-turn-helix, Fis-type  45.62 
 
 
439 aa  380  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1760  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  44.34 
 
 
460 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1665  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  44.97 
 
 
465 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0067  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.45 
 
 
430 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00197727 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1668  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.97 
 
 
465 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.126097  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0067  putative sigma54 specific transcriptional regulator  46.92 
 
 
430 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.485042  hitchhiker  0.00677229 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1516  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  44.24 
 
 
462 aa  375  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.265556 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2302  sigma-54 dependent transcriptional regulator  45.1 
 
 
449 aa  375  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2820  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.24 
 
 
452 aa  377  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.287176  hitchhiker  0.0000171057 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2115  putative sensory box sigma-54 dependent transcriptional regulator  45.56 
 
 
467 aa  376  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1665  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.96 
 
 
467 aa  371  1e-101  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3553  putative sigma54 specific transcriptional regulator  42.05 
 
 
441 aa  365  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.149056 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0146  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.55 
 
 
459 aa  357  1.9999999999999998e-97  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.742059 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0164  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.09 
 
 
450 aa  354  1e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.342124  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0957  sigma-54 dependent transcriptional regulator  43.48 
 
 
451 aa  336  5e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.241897  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1072  putative sigma54 specific transcriptional regulator  43.48 
 
 
451 aa  336  5e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2227  Fis family transcriptional regulator  39.24 
 
 
430 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.494043  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2597  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  39.22 
 
 
439 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2226  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.22 
 
 
439 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.676437  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.98 
 
 
463 aa  263  4.999999999999999e-69  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0358  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.09 
 
 
446 aa  258  1e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1522  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.77 
 
 
461 aa  255  9e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2694  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.46 
 
 
461 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.62039e-17 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0508  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.11 
 
 
495 aa  253  5.000000000000001e-66  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1428  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.51 
 
 
460 aa  253  6e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.9 
 
 
470 aa  251  2e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.65 
 
 
458 aa  251  2e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0839917 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1206  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.21 
 
 
516 aa  250  3e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.628402  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1901  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.49 
 
 
473 aa  250  4e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0172472 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2519  putative sigma54 specific transcriptional regulator  40.94 
 
 
517 aa  250  4e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.431147  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.47 
 
 
470 aa  249  5e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1977  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.64 
 
 
447 aa  248  1e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.61 
 
 
461 aa  246  4e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0702  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.8 
 
 
460 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2057  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.81 
 
 
448 aa  244  1.9999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2555  two-component response regulator PilR  38.94 
 
 
459 aa  244  3e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.822177  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1399  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.13 
 
 
422 aa  243  3.9999999999999997e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.235617  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2849  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.91 
 
 
469 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2438  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.25 
 
 
467 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2797  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.51 
 
 
512 aa  243  5e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0035  NifA subfamily transcriptional regulator  42.24 
 
 
564 aa  243  5e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2756  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.82 
 
 
462 aa  243  5e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0098  Fis family transcriptional regulator  34.61 
 
 
510 aa  243  7e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5612  putative sigma54 specific transcriptional regulator  38.39 
 
 
772 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2742  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.61 
 
 
469 aa  242  7.999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.3 
 
 
452 aa  242  1e-62  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0879  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.02 
 
 
489 aa  242  1e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.318917 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1407  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.63 
 
 
456 aa  241  1e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4674  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.71 
 
 
463 aa  242  1e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1377  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.58 
 
 
473 aa  242  1e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.490125  normal  0.921369 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2554  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.3 
 
 
407 aa  241  1e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.149279  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0424  Sigma 54 interacting domain protein  39.2 
 
 
533 aa  241  2e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1815  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.16 
 
 
433 aa  241  2e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1260  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.49 
 
 
452 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000141339 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2458  putative sigma54 specific transcriptional regulator  47.3 
 
 
407 aa  240  2.9999999999999997e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.209085  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0960  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.56 
 
 
454 aa  240  2.9999999999999997e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1085  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.23 
 
 
445 aa  241  2.9999999999999997e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1491  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.62 
 
 
449 aa  240  2.9999999999999997e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174924  hitchhiker  0.0000639824 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.69 
 
 
473 aa  240  2.9999999999999997e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2633  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.12 
 
 
467 aa  240  4e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1287  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.61 
 
 
452 aa  240  4e-62  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.541874  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2606  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.92 
 
 
501 aa  240  4e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.955687 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4153  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.44 
 
 
466 aa  240  4e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.11717 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3375  two-component response regulator CbrB  37.27 
 
 
472 aa  240  4e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0307811  normal  0.146362 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1843  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.38 
 
 
465 aa  240  4e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.798265  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0963  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.37 
 
 
467 aa  239  5.999999999999999e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.72 
 
 
473 aa  239  5.999999999999999e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.72 
 
 
473 aa  239  5.999999999999999e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2187  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.62 
 
 
456 aa  239  5.999999999999999e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2998  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.39 
 
 
460 aa  239  6.999999999999999e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.605804 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2084  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  41.88 
 
 
477 aa  239  6.999999999999999e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.327808  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2721  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  37.91 
 
 
445 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2074  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.77 
 
 
772 aa  238  1e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.150901 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2674  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40 
 
 
469 aa  238  1e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03881  fused DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with ZraS: response regulator/sigma54 interaction protein  40.94 
 
 
441 aa  237  2e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0124745  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1096  sigma-54-dependent transcriptional regulator  39.56 
 
 
313 aa  238  2e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2001  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.39 
 
 
482 aa  238  2e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2825  transcriptional regulator ZraR  37.91 
 
 
445 aa  238  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.479389  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  38.84 
 
 
539 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03834  hypothetical protein  40.94 
 
 
441 aa  237  2e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0118236  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>