More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0098 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_5583  Fis family transcriptional regulator  69.38 
 
 
508 aa  679    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.468143  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0098  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 
510 aa  1025    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42970  putative transcriptional regulator  65.19 
 
 
503 aa  634  1e-180  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.076623  normal  0.105875 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5424  sigma-54 dependent transcriptional regulator  64.67 
 
 
505 aa  627  1e-178  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3609  putative transcriptional regulator  63.98 
 
 
503 aa  617  1e-175  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.480135  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2549  sigma-54 dependent transcriptional regulator  53.12 
 
 
509 aa  504  1e-141  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0908365  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000451  transcriptional regulator  36.8 
 
 
543 aa  294  3e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.219758  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1312  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.59 
 
 
455 aa  291  1e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.502008  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05873  nitric oxide reductase regulator  36.62 
 
 
542 aa  291  3e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5108  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.25 
 
 
684 aa  287  2e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3413  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.08 
 
 
453 aa  286  5e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  49.51 
 
 
453 aa  286  5.999999999999999e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1807  two component Fis family transcriptional regulator  47.48 
 
 
440 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3475  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.76 
 
 
453 aa  284  2.0000000000000002e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0804749 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0508  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.45 
 
 
495 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.15 
 
 
458 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0839917 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0812  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.35 
 
 
453 aa  284  3.0000000000000004e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0257022  hitchhiker  0.00000328811 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2453  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.5 
 
 
461 aa  282  1e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000196128  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  41.41 
 
 
517 aa  281  2e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1320  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  46.18 
 
 
460 aa  280  3e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3647  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.79 
 
 
451 aa  280  4e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2158  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.55 
 
 
453 aa  279  8e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03965  two-component system regulatory protein  48.8 
 
 
448 aa  279  8e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1456  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.51 
 
 
623 aa  279  8e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.80149  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  43.87 
 
 
549 aa  279  1e-73  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  48.53 
 
 
507 aa  278  2e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1003  nitrogen regulation protein NR(I)  47.75 
 
 
481 aa  277  3e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3052  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.98 
 
 
476 aa  277  3e-73  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  46.89 
 
 
461 aa  277  3e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  46.89 
 
 
461 aa  276  6e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.74 
 
 
454 aa  276  6e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  46.89 
 
 
461 aa  276  8e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.89 
 
 
461 aa  276  8e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  46.89 
 
 
461 aa  276  8e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  46.89 
 
 
461 aa  276  8e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3555  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.09 
 
 
489 aa  275  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.369206  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3471  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.09 
 
 
489 aa  275  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3623  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.09 
 
 
489 aa  275  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.568637  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.33 
 
 
454 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0662  helix-turn-helix, Fis-type  47.77 
 
 
451 aa  274  2.0000000000000002e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0916  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.02 
 
 
480 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0085  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.27 
 
 
452 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.58 
 
 
463 aa  274  3e-72  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  42.46 
 
 
508 aa  274  3e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  48.06 
 
 
533 aa  272  9e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33440  sigma54-dependent activator protein  42.6 
 
 
493 aa  272  1e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0961  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.16 
 
 
454 aa  271  2e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2914  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.01 
 
 
459 aa  271  2e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1028  response regulator receiver protein  49.03 
 
 
439 aa  271  2e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.163891  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.94 
 
 
670 aa  271  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  46.91 
 
 
537 aa  270  5e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  44.3 
 
 
537 aa  270  5e-71  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0247  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.15 
 
 
493 aa  270  5e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2092  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.77 
 
 
462 aa  270  5e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.131918 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.64 
 
 
670 aa  270  5.9999999999999995e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1405  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.2 
 
 
478 aa  270  5.9999999999999995e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000117702 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  48.64 
 
 
668 aa  269  7e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  48.64 
 
 
670 aa  269  7e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47 
 
 
461 aa  270  7e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  48.64 
 
 
670 aa  269  7e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.64 
 
 
670 aa  269  8e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.28 
 
 
448 aa  269  8e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3216  type IV pilus expression regulatory protein  46.51 
 
 
537 aa  269  8e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60260  two-component response regulator PilR  44.74 
 
 
445 aa  269  8.999999999999999e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000831057 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.64 
 
 
648 aa  269  1e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.65 
 
 
459 aa  269  1e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.2 
 
 
442 aa  268  1e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0318  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.1 
 
 
444 aa  269  1e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.623728  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2438  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.16 
 
 
467 aa  268  2e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2563  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.48 
 
 
480 aa  268  2e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247378 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1635  Fis family transcriptional regulator  42.62 
 
 
576 aa  268  2e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.980236  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3740  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.38 
 
 
454 aa  268  2e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0840186  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2805  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.2 
 
 
478 aa  268  2e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.228775  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0214  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.05 
 
 
455 aa  267  2.9999999999999995e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.662344 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  48.34 
 
 
670 aa  267  4e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  47.25 
 
 
539 aa  267  4e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1013  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.25 
 
 
456 aa  267  4e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0616674 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1010  NifA subfamily transcriptional regulator  45.69 
 
 
510 aa  267  4e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.502201  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1713  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  50.17 
 
 
460 aa  266  5e-70  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.91858  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.97 
 
 
544 aa  266  5.999999999999999e-70  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.89 
 
 
448 aa  266  5.999999999999999e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0598  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  46.25 
 
 
470 aa  266  7e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.885444  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.73 
 
 
561 aa  266  7e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  43.46 
 
 
545 aa  266  8e-70  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3268  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.58 
 
 
483 aa  266  8.999999999999999e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.474695  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2041  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  47.92 
 
 
455 aa  265  1e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5187  two-component response regulator PilR  44.14 
 
 
445 aa  265  1e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0874  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.21 
 
 
464 aa  265  1e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.593832  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2772  NifA subfamily transcriptional regulator  45.4 
 
 
516 aa  265  1e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.229167  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.14 
 
 
470 aa  264  2e-69  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2786  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.05 
 
 
480 aa  265  2e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.543097  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1179  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.43 
 
 
457 aa  264  2e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.655382  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1815  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.6 
 
 
433 aa  265  2e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.41 
 
 
544 aa  265  2e-69  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.95 
 
 
457 aa  264  3e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.43 
 
 
460 aa  264  3e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0516  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.61 
 
 
468 aa  264  3e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000971097  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0965  two-component response regulator PilR  44.31 
 
 
446 aa  264  3e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.25964  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1807  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.73 
 
 
454 aa  264  4e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1397  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.8 
 
 
458 aa  263  4e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>