More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03349 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03349  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 347 aa  725    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 345 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2328  AraC family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 346 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.455244  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 348 aa  107  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1439  AraC family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 340 aa  107  4e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1103  transcriptional regulator, AraC family  24.83 
 
 		 331 aa  102  7e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2159  helix-turn-helix domain-containing protein  24.5 
 
 		 340 aa  95.9  9e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.802618  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 344 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3409  AraC family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 339 aa  94.7  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.804556  normal  0.710727 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  26.71 
 
 		 337 aa  94  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  26.64 
 
 		 337 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 336 aa  93.6  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 337 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  23.4 
 
 		 343 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 353 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2075  helix-turn-helix domain-containing protein  23.81 
 
 		 348 aa  90.5  4e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000856929  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 357 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 343 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3748  transcriptional regulator, AraC family  24.85 
 
 		 350 aa  88.6  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.668173  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 353 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2307  Helix-turn-helix, AraC domain protein  26.62 
 
 		 345 aa  88.6  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394496  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  25.99 
 
 		 353 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 332 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 353 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  24.37 
 
 		 342 aa  86.3  8e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4868  transcriptional regulator, AraC family  25.9 
 
 		 365 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.608166  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0034  helix-turn-helix domain-containing protein  25.17 
 
 		 366 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.131953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 342 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 341 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0399  putative transcriptional regulator  24.91 
 
 		 350 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1277  transcriptional regulator, AraC family  25.17 
 
 		 366 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5360  AraC family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 356 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.307827  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 344 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  23.74 
 
 		 343 aa  83.2  0.000000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1224  AraC family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 335 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 360 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  23.23 
 
 		 337 aa  83.2  0.000000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3508  AraC family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 352 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.878691  normal  0.0398628 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  24.57 
 
 		 348 aa  82  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 353 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  25.46 
 
 		 344 aa  82  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0122  AraC family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 330 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.28926  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  26.1 
 
 		 362 aa  80.5  0.00000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1196  AraC family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 336 aa  80.5  0.00000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2609  HTH-type transcriptional regulator VqsM  26.35 
 
 		 342 aa  79.7  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.518674  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5340  AraC family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 373 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.566386 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  23.36 
 
 		 345 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4110  transcriptional regulator, AraC family  26.52 
 
 		 365 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 336 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5276  transcriptional regulator, AraC family  21.88 
 
 		 345 aa  77.8  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  22.98 
 
 		 352 aa  77.4  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11424  transcriptional regulator  24.12 
 
 		 344 aa  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.91456e-22  normal  0.0846378 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  22.25 
 
 		 341 aa  77  0.0000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  22.8 
 
 		 332 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  21.68 
 
 		 331 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1578  AraC family transcriptional regulator  24.02 
 
 		 376 aa  77.4  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  21.78 
 
 		 340 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2261  AraC family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 327 aa  76.6  0.0000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  20.98 
 
 		 346 aa  76.6  0.0000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3765  AraC family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 361 aa  76.3  0.0000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30620  AraC family transcriptional regulator  23.44 
 
 		 342 aa  76.3  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0924433 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4360  AraC family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 345 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2942  AraC family transcriptional regulator  22.13 
 
 		 359 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  24.06 
 
 		 335 aa  74.7  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5248  helix-turn-helix domain-containing protein  26.16 
 
 		 330 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.23442  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2412  AraC family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 386 aa  74.7  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.462091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  23.3 
 
 		 364 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04000  putative transcriptional regulator  23.43 
 
 		 350 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2392  helix-turn-helix domain-containing protein  23.92 
 
 		 381 aa  73.9  0.000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.733232  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  25 
 
 		 339 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  25.72 
 
 		 343 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2269  transcriptional regulator, AraC family  25.89 
 
 		 362 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3227  AraC family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 334 aa  73.9  0.000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.130306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3278  AraC family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 334 aa  73.9  0.000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3216  AraC family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 334 aa  73.9  0.000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.499109  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1593  helix-turn-helix domain-containing protein  24.6 
 
 		 335 aa  73.6  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  23.23 
 
 		 333 aa  73.6  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1389  transcriptional regulator, AraC family  21.11 
 
 		 337 aa  73.2  0.000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.734423  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5339  AraC family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 356 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407019 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5388  AraC family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 330 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74038  normal  0.0344366 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1446  transcriptional regulator, AraC family  23.03 
 
 		 344 aa  73.2  0.000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.344284 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 335 aa  73.2  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 330 aa  72.8  0.000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2600  AraC family transcriptional regulator  21.43 
 
 		 351 aa  72.8  0.000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1538  AraC family transcriptional regulator  22.61 
 
 		 346 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38751 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1230  AraC family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 350 aa  72  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.593917  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 338 aa  72.4  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1582  AraC family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 367 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3918  AraC family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 343 aa  72  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.798133 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  23.21 
 
 		 347 aa  71.6  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0853  transcriptional regulator, AraC family  29.02 
 
 		 198 aa  71.6  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37400  AraC family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 344 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0307932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  24.7 
 
 		 339 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4573  AraC family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 342 aa  70.9  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3602  AraC family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 364 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3048  AraC family transcriptional regulator  20.86 
 
 		 342 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.428431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  24.26 
 
 		 345 aa  70.5  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326701  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0045  helix-turn-helix domain-containing protein  23.6 
 
 		 373 aa  70.5  0.00000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  22.71 
 
 		 359 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3757  helix-turn-helix domain-containing protein  22.19 
 
 		 352 aa  69.7  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322144  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>