More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3048 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3048  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 342 aa  696    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.428431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13099  virulence-regulating transcriptional regulator VirS  31.72 
 
 		 340 aa  146  5e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13768  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 353 aa  134  3e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2761  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 350 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  28.14 
 
 		 343 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 335 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0421  AraC family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 350 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5049  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 351 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4629  AraC family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 363 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4713  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 345 aa  110  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0488626  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1284  helix-turn-helix domain-containing protein  27.79 
 
 		 337 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3846  AraC family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 338 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5495  AraC/XylS family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 309 aa  107  2e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.143439  normal  0.457572 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  27.08 
 
 		 358 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1732  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 340 aa  103  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0570541  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  27.08 
 
 		 358 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2142  AraC family transcriptional regulator  26.65 
 
 		 339 aa  103  5e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179718  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3669  AraC family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 338 aa  101  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.697151 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2010  AraC family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 360 aa  101  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 359 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 360 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5052  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 333 aa  99.8  7e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4632  AraC family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 335 aa  98.6  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  27.92 
 
 		 333 aa  98.2  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4253  helix-turn-helix domain-containing protein  28.8 
 
 		 362 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.249278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1198  AraC family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 348 aa  97.8  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.462338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 339 aa  98.2  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0523  helix-turn-helix domain-containing protein  26.32 
 
 		 390 aa  97.1  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1134  AraC family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 369 aa  97.1  4e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.955983  normal  0.648616 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 340 aa  95.9  9e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1666  helix-turn-helix-domain-containing protein  32.55 
 
 		 360 aa  95.5  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2149  AraC family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 365 aa  94.4  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2942  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 359 aa  94.7  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260427  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2004  AraC family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 346 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0307  AraC family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 335 aa  94  3e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  26.93 
 
 		 345 aa  94  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  28.67 
 
 		 343 aa  93.6  5e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  29.96 
 
 		 348 aa  93.2  5e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3849  helix-turn-helix, Fis-type  26.59 
 
 		 352 aa  92.8  8e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0302  AraC family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 335 aa  92.4  9e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00847294 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3717  AraC family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 335 aa  92.4  9e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0218506 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0743  AraC family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 330 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.191444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2784  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 398 aa  91.3  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00366686  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  25.85 
 
 		 335 aa  91.7  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 353 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5154  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 339 aa  89.7  6e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  29.79 
 
 		 356 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  31.87 
 
 		 347 aa  89.4  9e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1578  AraC family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 376 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3901  helix-turn-helix, AraC type  25.91 
 
 		 366 aa  87.8  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  30.22 
 
 		 352 aa  88.2  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  25.73 
 
 		 358 aa  87.8  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 345 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4110  transcriptional regulator, AraC family  26.75 
 
 		 365 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1715  AraC family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 375 aa  87.8  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1176  AraC family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 345 aa  87.4  4e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.214328 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3757  helix-turn-helix domain-containing protein  29.53 
 
 		 352 aa  87  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6580  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 364 aa  87  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111702  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 353 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 357 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6097  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 389 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5733  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 389 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.874497  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6100  putative transcriptional regulator  29.02 
 
 		 356 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177134  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5509  putative transcriptional regulator  28.4 
 
 		 333 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5855  AraC family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 385 aa  86.3  6e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  26.43 
 
 		 337 aa  86.7  6e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 347 aa  86.3  7e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1666  AraC family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 337 aa  85.9  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4573  AraC family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 342 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2076  helix-turn-helix domain-containing protein  26.44 
 
 		 343 aa  84.7  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000022651  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2600  AraC family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 351 aa  84.7  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5295  AraC family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 347 aa  84.7  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0712927 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6017  AraC family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 425 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.938285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6093  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 398 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0365291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63280  putative transcriptional regulator  28 
 
 		 333 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0263362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2629  AraC family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 382 aa  84.3  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1565  AraC family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 361 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  0.143942 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 343 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1439  AraC family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 340 aa  83.6  0.000000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1582  AraC family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 367 aa  83.6  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1606  AraC family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 358 aa  82.8  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 353 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  31 
 
 		 353 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 353 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000628  putative transcription regulator  27.36 
 
 		 333 aa  82  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3805  transcriptional regulator, AraC family  31.13 
 
 		 346 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.256933  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 332 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  30.31 
 
 		 343 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2005  AraC family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 335 aa  80.9  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7549  AraC family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 389 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.532052 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0530  helix-turn-helix domain-containing protein  27.85 
 
 		 354 aa  81.3  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1372  transcriptional regulator, AraC family  25.46 
 
 		 341 aa  80.5  0.00000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0658306  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 		 343 aa  80.5  0.00000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 342 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1538  AraC family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 346 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38751 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6019  transcriptional regulator, Fis family  26.55 
 
 		 365 aa  79.7  0.00000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1446  transcriptional regulator, AraC family  25.15 
 
 		 344 aa  79.7  0.00000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.344284 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6507  transcriptional regulator, AraC family  29.01 
 
 		 344 aa  79.7  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.739448  normal  0.944873 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 337 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>