More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_04000 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008463  PA14_04000  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 350 aa  692    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0399  putative transcriptional regulator  92.57 
 
 		 350 aa  620  1e-177  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4239  AraC family transcriptional regulator  59.27 
 
 		 342 aa  339  4e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.576064 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5509  putative transcriptional regulator  34.14 
 
 		 333 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63280  putative transcriptional regulator  34.14 
 
 		 333 aa  138  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0263362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 353 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  31.59 
 
 		 353 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  31.59 
 
 		 353 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 353 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 353 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2076  helix-turn-helix domain-containing protein  29.91 
 
 		 343 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000022651  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  30.89 
 
 		 333 aa  123  4e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 359 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  31.23 
 
 		 362 aa  119  7e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  30.84 
 
 		 348 aa  119  7.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0743  AraC family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 330 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.191444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 342 aa  113  5e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 337 aa  110  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  27.55 
 
 		 344 aa  109  7.000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  26.73 
 
 		 337 aa  107  4e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 344 aa  105  9e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  28.66 
 
 		 352 aa  103  4e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  27.64 
 
 		 347 aa  103  6e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3846  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 338 aa  103  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 345 aa  102  7e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 332 aa  102  9e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  28.43 
 
 		 358 aa  101  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 348 aa  100  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  27.74 
 
 		 343 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  28.47 
 
 		 347 aa  100  4e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 342 aa  100  5e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  30 
 
 		 337 aa  99  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 337 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2392  helix-turn-helix domain-containing protein  34.26 
 
 		 381 aa  96.3  8e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.733232  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5276  transcriptional regulator, AraC family  23.55 
 
 		 345 aa  94.4  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1446  transcriptional regulator, AraC family  26.14 
 
 		 344 aa  94.4  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.344284 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 338 aa  94.4  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0122  AraC family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 330 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.28926  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2307  Helix-turn-helix, AraC domain protein  26.67 
 
 		 345 aa  91.7  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394496  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3849  helix-turn-helix, Fis-type  31.09 
 
 		 352 aa  90.9  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1260  Helix-turn-helix, AraC domain protein  29.64 
 
 		 339 aa  90.9  3e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0717392  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  28.32 
 
 		 335 aa  91.3  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 360 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 343 aa  90.1  6e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3102  helix-turn-helix, AraC type  27.44 
 
 		 330 aa  89.7  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  28.31 
 
 		 345 aa  88.2  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326701  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 332 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  27.71 
 
 		 356 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  26.15 
 
 		 346 aa  88.2  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4663  helix-turn-helix domain-containing protein  26.57 
 
 		 347 aa  87.8  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150024 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5360  AraC family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 356 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.307827  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 336 aa  87.4  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1224  AraC family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 335 aa  86.3  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517703  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5339  AraC family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 356 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407019 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3195  Fis family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 374 aa  85.9  9e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3981  putative transcriptional regulator  30.32 
 
 		 339 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6100  putative transcriptional regulator  27.11 
 
 		 356 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177134  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2412  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 386 aa  85.9  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.462091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0042  AraC family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 344 aa  85.5  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3748  transcriptional regulator, AraC family  27.72 
 
 		 350 aa  85.9  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.668173  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1606  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 358 aa  85.1  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5052  AraC family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 333 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5388  AraC family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 330 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74038  normal  0.0344366 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5598  AraC family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 349 aa  84.7  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2577  AraC family transcriptional regulator  22.76 
 
 		 344 aa  84.3  0.000000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.25861  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 341 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2784  AraC family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 398 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00366686  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1998  transcriptional regulator, AraC family  29.04 
 
 		 334 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5295  AraC family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 347 aa  84  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0712927 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2010  AraC family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 360 aa  83.6  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5248  helix-turn-helix domain-containing protein  29.39 
 
 		 330 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.23442  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1666  AraC family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 337 aa  83.2  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3935  AraC family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 337 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  27 
 
 		 334 aa  83.2  0.000000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  26.91 
 
 		 358 aa  82.8  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  26.91 
 
 		 358 aa  82.8  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1389  transcriptional regulator, AraC family  24.08 
 
 		 337 aa  82.8  0.000000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.734423  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03889  transcription regulator protein  26.69 
 
 		 339 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.627641 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1439  AraC family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 340 aa  82  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0400  transcriptional regulator, AraC family  26.3 
 
 		 358 aa  82.4  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29180  AraC family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 339 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.173637 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 330 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5098  helix-turn-helix domain-containing protein  26.1 
 
 		 347 aa  81.3  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.109281  normal  0.521536 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0030  AraC family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 341 aa  81.3  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0645159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2141  AraC family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 308 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 337 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4254  AraC family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 343 aa  80.1  0.00000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5344  AraC family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 334 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.025482  normal  0.1179 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4573  AraC family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 342 aa  79.7  0.00000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1356  transcriptional regulator, AraC family  31.6 
 
 		 350 aa  79.7  0.00000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.496627  normal  0.0716856 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3046  transcriptional regulator, AraC family  32.53 
 
 		 356 aa  79.7  0.00000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1029  AraC family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 351 aa  79.3  0.00000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0596  helix-turn-helix domain-containing protein  27.7 
 
 		 356 aa  79.7  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37400  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 344 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0307932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2544  transcriptional regulator, AraC family  25.52 
 
 		 330 aa  79  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4693  helix-turn-helix domain-containing protein  29.37 
 
 		 350 aa  79  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.621446 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1372  transcriptional regulator, AraC family  23.92 
 
 		 341 aa  79  0.0000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0658306  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 340 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31480  AraC family transcriptional regulator  25.8 
 
 		 361 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.263324  hitchhiker  0.0000037216 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2508  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 353 aa  79.3  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>